Его смерть послужила сигналом для сильного восстания в Москве, в ходе которого царями провозгласили Ивана и Петра Алексеевичей, регентшей при них — Софью Алексеевну. Реально государством управляло в 1682—1689 гг. правительство Софьи — Голицына.
Царевна Софья к моменту провозглашения регентшей имела неполных 25 лет (родилась 17 сентября 1657 г .). Она — дочь царя Алексея Михайловича от первого брака. Получила при дворе хорошее для того времени образование, училась у просветителей Симеона Полоцкого, Сильвестра Медведева, Кариона Истомина. Современники отмечают ум, честолюбие, энергию царевны.
После кончины брата-царя и майского восстания в Москве Софья возглавила придворную партию Милославских и их сторонников, пришедших к власти. Она направляла действия нового правительства, которое возглавил князь ВВ. Голицын. Умело, последовательно она овладела положением в столице; с помощью дворянского войска, собранного вокруг Москвы, заставила осенью того же года восставших капитулировать.
Софья и ее правительство продолжали политику предшественников. Они организовали два похода на Крым (1687, 1689), нанесли несколько поражений ханским войскам. Были ослаблены позиции Турции, которая вела военные действия против союзников России по антитурецкой «Священной лиге» — Австрии, Польши, Венеции. С Речью Посполитой заключили «Вечный мир» (1686), окончательно закрепивший за Москвой Левобережную Украину и Киев. Переговоры с Китаем по поводу спорных земель в Приамурье завершились заключением (уже после падения Софьи) Нерчинского договора (1689).
Во внутренней политике проводились мероприятия по увеличению землевладения, прав и привилегий дворян, усилению крепостного права (сыск беглых), преследованию раскольников.
В августе 1689 г . правительство Софьи пало. Петр I заключил ее в келью Новодевичьего монастыря. Девять лет спустя восставшие московские стрельцы прочили ее, в случае успеха своего дела, в правительницы государства. Разгром восстания, последовавший за ним «стрелецкий розыск» означали для Софьи еще большее ухудшение ее и без того тяжелого положения — ее постригли в монахини под именем Сусанны в том же монастыре, в котором она жила до своей кончины (3 июля 1704 г .). В далекой ссылке оказался Голицын. Выдающийся государственный деятель, реформатор, один из предшественников Петра I, он оказался во враждебном ему лагере.
Родился Голицын в 1643 г ., происходил из рода Гедиминовичей, потомков великого князя литовского Гедиминаса. перешедших на русскую службу в конце XIV в. В детстве и юности князь получил хорошее образование — от домашних учителей познал не только чтение и письмо, но и «свободные мудрости»; он был человеком книжным, начитанным в богословии, истории, философии, астрономии, медицине. Читал и свободно говорил по-гречески и на латыни, польском и немецком языках. Князь собрал большую библиотеку. С 1658 г . началась его служба при дворе — как стольника царя Алексея Михайловича. Как и ряд других деятелей, его современников, князь был сторонником контактов с иноземной культурой, ее представителями внутри страны и за рубежом, преобразований в самой России.
С воцарением Федора Алексеевича (январь 1676 г .) начинается его возвышение. Он становится боярином, исполняет чрезвычайные поручения правительства на Украине, способствует смещению П.Д. Дорошенко, гетмана Правобережья, сторонника Турции, и занятию Чигирина — его ставки. Во время русско-турецкой войны 1677—1678 гг. возглавляет корпус в составе армии Г.Г. Ромодановского, ведшей бои за Чигирин. По возвращении из второго Чигиринского похода князь возглавляет Владимирский судный приказ. Он вынашивает замыслы реформ; его идеи — справедливое налогообложение крестьян, регулярная армия, прежде всего из дворян, правый суд. В стране провели общее описание земель, дворов (1678—1679), налоговую реформу (1679—1681), военно-окружную реформу (1680) — к пограничным округам-разрядам добавили еще несколько. Снизили численность дворянского ополчения с 37,5 тыс. (1651) до 16 тыс.; полков же нового строя увеличили (до 80% численности русской армии): рейтар — с 1,5 до 30,5 тыс.; солдат насчитывалось 61 тыс. Стрельцов стало 55 тыс. Проводятся другие реформы — в армии ввели ротную систему (1681). В январе 1682 г . отменили «враждотворное местничество», сильно вредившее при служебных назначениях. В проведении этих мер активно участвовал Голицын.
Как глава внешней политики России, он вел переговоры с иностранными послами, вникал во все детали международной обстановки, отношений с воинственными соседями — Турцией и Крымом. Польшей и Швецией. Ему удалось продлить Кардисский мир (1661) со Швецией, заключить после Долгих и трудных переговоров «Вечный мир» с Речью Посполитой.
Голицын приглашает в Россию сотни специалистов из-за границы, и они впоследствии принимают участие в проведении петровских преобразовании. В крымских походах 1687 и 1689 гг. Голицын был главнокомандующим.
С падением Софьи и приходом к власти Нарышкиных он оказался в ссылке на севере, его лишили чинов, имущества. Там он и умер (1713).
Несомненно, наиболее выдающийся из многочисленных детей царя Алексея — младший из его сыновей Петр, будущий первый император всероссийский. Он появился на свет 30 мая 1672 г . В неполные четыре года потерял отца. Вместе с новым царем Федором, как сказано выше, Милославские и их родственники, свойственники и сторонники стали у кормила власти. Матушка Петра Наталья Кирилловна, боярин А.С. Матвеев, ее воспитатель и фактический глава правительства до конца января 1676 г ., их сторонники вынуждены были отойти в тень. Матвеев же оказался в ссылке.
Младший царевич с матушкой проживали по-прежнему в Кремле. Царь Федор заботился о Петре, своем крестнике, и под присмотром старшего брата ему назначили в учителя Н.М. Зотова — подьячего из Приказа Большой казны. Царевич выучил с ним чтение и письмо. Часослов и Псалтырь, Евангелие и Апостол. Читали они вместе книжки с кунштами (картинками, рисунками), в том числе летописи и хронографы.
После кончины царя Федора (27 апреля 1682 г .) и провозглашения 10-летнего Петра царем последовали грозные события — восстание в Москве (середина мая), провозглашение первым царем Ивана Алексеевича, Петр стал вторым царем, Софья — регентшей при них. Ее фактическое правление государством продолжалось семь лет. Эти годы — время почетной ссылки царицы Натальи и ее сына Петра в селе Преображенском. Правда, второй царь иногда присутствовал в Кремле на приемах иностранных послов и других торжественных церемониях.
Подраставший мальчик-царь был занят другим — своими «потешными робятками» (сокольники, кречетники и прочие, оставшиеся от отца, любившего охоту), изучением всякого рода математических наук, разного оружия, маневрами и фортификацией, строительством кораблей и штурмом крепостей в окрестностях Преображенского и Семеновского.
События «заговора Шакловитого» (начало августа 1689 г .) закончились полной победой Петра над «зазорным лицом» — Софьей, ее заточением в Новодевичий монастырь. Власт снова оказалась в руках Нарышкиной «партии». Правда, наряду с Петром царем оставался и Иван Алексеевич (до свое кончины в 1696 г .). По слабости здоровья, по слабоумию он в дела не вмешивался. Петра же управление государством не очень-то интересовало. Как и раньше, он продолжал «Марсовы потехи», теперь — с гораздо большим размахом (десятки тысяч солдат и стрельцов). Привлекал на службу иностранных специалистов, собрал вокруг себя сотни, тысячи людей, в том числе — будущих генералов, адмиралов и проч.
Середина 90-х годов стала временем практической проверки достижений и честолюбивых устремлений Петра в годы «Марсовых потех». Два Азовских похода (1695—1696), несмотря на первоначальную неудачу, привели к успеху — к России перешел Азов, турецкая крепость, запиравшая выход из Дона в Азовское и Черное моря. А на следующий год началось знаменитое «Великое посольство» Петра I (1697— 1698) — молодой царь и его помощники, сотрудники из русских и иноземцев, пребывание в Западной Европе посвятили изучению ее опыта в делах кораблестроения и кораблевождения, организации фабрик и заводов, ремесел и художеств. Первым, самым любознательным учеником был Пётр Михайлов — так, по его желанию, называли царя во время посольства. Инкогнито никого не ввело в заблуждение, и при европейских дворах с любопытством и ожиданием, порой снисходительно-высокомерно наблюдали за московитом, варваром из далекой, обширной и богатой страны.