Возвратившись в 1882 году в Эстонию, Борнхёэ пробыл в течение двух лет домашним учителем в семье помещика, затем преподавал иностранные языки и музыку в семинарии. Некоторое время он работал журналистом, выполняя рисунки и карикатуры, как на родине, так и в Западной Европе, главным образом в Германии. В 1888 году он сдал экзамен на аттестат зрелости при гимназии и поступил в Тартуский университет, с тем, чтобы изучать филологию, но должен был прервать учение из-за материальных затруднений. В 1890 году Борнхёэ служил органистом в Новгородской губернии, а в следующем году был домашним учителем в Петергофе и в Тульской губернии, где он встречался с Львом Толстым. После странствования по Западной Европе Борнхёэ в 1893 году поселился в Таллине, работал в окружном суде, сначала переводчиком, затем архивариусом. В 1898 году он совершил свое самое далекое путешествие, побывав в Турции, Палестине, Египте, Греции и Италии. С 1907 года Борнхёэ работал судьей в гор. Йыхви, с 1919 года мировым судьей в Таллине, где и умер 17 ноября 1923 года.
Формирование Борнхёэ как писателя происходило в период значительных исторических перемен в жизни эстонского народа. С развитием в Прибалтике капиталистических отношений возникло национальное движение, зародилась литература и периодическая печать, сложилась эстонская национальная культура, которая была тесно связана с борьбой против экономического и национального гнета помещиков.
С особенной силой развернулось национальное движение в 1860–1880 гг., охватив широкие народные массы. В год рождения Борнхёэ вышло первое народное издание эпоса «Калевипоэг», в котором эстонцы впервые смогли прочесть о своей былой свободе и самоотверженной борьбе с поработителями-рыцарями. Появляется ряд книг и статей авторов, писавших на эстонские исторические темы, повысился интерес к материалам исторических хроник.
Обращение представителей эстонской демократической культуры к историческому прошлому вполне понятно. Этим путем стало возможно с особенной внушительностью рассказать народу о его многовековых страданиях, о жестоком произволе угнетателей, об упорной борьбе народа за свое освобождение. Обращение писателей к исторической тематике не было бегством из настоящего в прошлое, оно было вызвано стремлением найти в исторических фактах опору для социальной борьбы в настоящем. В то же время было переведено на эстонский язык много исторических произведений, созданных писателями других народов, в том числе «Капитанская дочка» Пушкина, «Тарас Бульба» Гоголя. Эти произведения способствовали появлению в эстонской литературе исторических повестей и привлекали внимание эстонских писателей к темам народных восстаний и борьбы за свободу.
Борнхёэ был знаком с этой исторической литературой, исследовал прибалтийские хроники. Владея многими языками, он имел возможность знакомиться с литературным богатством разных народов. Хотя Борнхёэ и получил образование в немецкой школе и ему приходилось тесно соприкасаться с остзейско-немецкой средой, он уже в юные годы стремился к приобретению культурных ценностей во всех доступных ему областях.
Мощное общественное движение против пережитков феодализма было источником смелых выступлений Борнхёэ против высокомерного, гордящегося своим сословием и национальностью прибалтийского немецкого дворянства. Уже в начале своего творческого пути Борнхёэ понял антинародную сущность остзейского «особого порядка». Основной темой в его творчестве является ненависть народных масс к угнетателям и их пособникам. Он показывал, что поработители обладают материальными богатствами, сословными привилегиями и крепкой организацией, которым порабощенный, униженный и эксплуатируемый народ может противопоставить свою стойкость, прирожденный ум, любовь к свободе и из поколения в поколение передающуюся ненависть к врагу.
Центральное место в творчестве Борнхёэ занимают его исторические повести — «Мститель» (1880), «Борьба Виллу» (1890) и «Князь Гавриил, или Последние дни монастыря Бригитты» (1893).
В повести «Мститель» и «Борьба Виллу» Борнхёэ впервые в эстонской литературе изображает народное восстание против угнетателей. Рассказав в этих произведениях о событиях 1343 года, писатель помог широким народным массам познакомиться с одной из самых героических страниц борьбы эстонцев за свою свободу.
Немецкие феодалы, осуществляя агрессивный «натиск на восток», в конце XII и начале XIII века устремились в Прибалтику. В длившейся двадцать лет упорной борьбе против превосходящих сил крестоносцев древние эстонцы защищали свою независимость, они наносили врагу тяжелые удары и с помощью союзников — русских неоднократно изгоняли его из своей страны. Но относительно лучшая военная техника захватчиков и неслыханно дикие, жестокие приемы ведения войны привели к тому, что разрозненные эстонские племена оказались не в состоянии сопротивляться врагу и подпали под иго чужеземцев. В 1219 году к немцам присоединились датчане, которые напали на эстонцев с тыла, захватив северную Эстонию. «Крестовый поход» против «диких язычников» поддерживали римский папа и германский император. В 1227 году истощенная длительной борьбой Эстония подпала под власть немецких феодалов, принесших ей, по выражению К. Маркса, «христианско-германскую скотскую культуру».
Но покоренный народ не прекратил борьбы с поработителями, изменился только ее характер. Эстонцы находились под жестоким гнетом, феодальным и колониальным. С едким сарказмом разоблачает Борнхёэ в «Мстителе» истинную сущность деятельности «носителей культуры» среди эстонского народа. Писатель приводит цитату из хроники Кельха: «Земли эстов и ливов для помещиков подобны небесам, для попов они сущий рай, для чужеземцев — золотое дно, но для крестьянина — ад».
Этот жестокий гнет встречал со стороны народа как пассивное, так и активное сопротивление, выраставшее иногда в значительные восстания. Русские и литовцы неоднократно наносили немецким захватчикам сокрушительные удары. Пользуясь этим, поднимали восстание и эстонцы, как это было, например, в 1260 году. В крупное восстание, которое можно назвать крестьянской войной, вылилось выступление эстонцев в ночь под Юрьев день 1343 года. В 1342–1343 годах велась война между Ливонским орденом и Псковским княжеством, в которой рыцари понесли ряд серьезных потерь. Это явилось благоприятным моментом для начала восстания, тем более, что орденские войска в это время были заняты осадой Изборска. Уничтожив феодальную власть во всей северной Эстонии, восставшие объединились в народную дружину численностью свыше десяти тысяч человек и приступили к осаде Таллина, в то время как другая часть восставших окружила епископский замок Хаапсалу. Сразу же после начала восстания эстонцы отправили послов в Псков, чтобы позвать на помощь русских; с такой же просьбой восставшие обратились и к шведским властям в Финляндии. Магистр ордена немедленно прекратил военные действия против Пскова и с большим войском поспешно направился к Таллину. Чтобы выиграть время и заманить руководителей восстания в ловушку, магистр ордена вызвал их к себе в Пайде для «переговоров». Туда прибыли четверо избранных старейшин (немецкая хроника называет их королями) в сопровождении трех воинов. Но вместо переговоров совершилось заранее подготовленное убийство — послы были изрублены на куски. После этого магистр отправился со своим войском под Таллин. По дороге этому войску пришлось выдержать несколько кровавых сражений с передовыми отрядами эстонцев. Только на десятый день орденские войска подошли к Таллину, где магистр вступил в новые «переговоры» с восставшими, а затем, успев тем временем привести свое войско в боевую готовность, вероломно атаковал их. Эстонцы сражались с отчаянной храбростью; один из отрядов в числе трех тысяч человек пал до последнего воина, остальные, понеся большие потери, вынуждены были отступить.
Несколько месяцев спустя вспыхнуло восстание на Сааремаа, куда переправилось много эстонцев с материка; снова восстала и северная Эстония. С юга на немцев напали русские войска. Но, получив большое подкрепление из Пруссии, немцы в конце 1343 года вторглись в северную Эстонию. Они разоряли охваченную восстанием местность, а население зверски убивали. После упорных и жестоких сражений были уничтожены последние очаги сопротивления эстонцев на материке. Дольше всего, до 1345 года, длилось восстание на Сааремаа, но и эта героическая борьба за свободу была подавлена огнем и мечом.