Тогда царь сошел с своего возвышенного места, стал у конца стола пред патриархами и начал говорить, обливаясь слезами: "От начала Московского государства не бывало такого бесчестия соборной и апостольской Церкви, какое учинил бывший патриарх Никон. Он по своим прихотям, самовольно, без нашего царского повеленья и без соборного совета оставил ту соборную нашу Церковь и отрекся патриаршества, никем не гонимый. И от того его отшествия многие смуты и мятежи учинились, и соборная апостольская Церковь вдовствует без пастыря тому ныне девятый год. Допросите его, бывшего патриарха Никона, для чего он патриаршеский престол оставил и сошел в Воскресенский монастырь". И патриархи при виде царя плачущего, с трудом удерживавшиеся от слез, предложили Никону этот вопрос чрез толмача, архимандрита Дионисия святогорца. Но Никон вместо ответа сам спросил патриархов: "Да есть ли у вас совет и согласие с патриархами Константинопольским Вселенским и Иерусалимским, чтобы меня судить? Без их совета с вами я отвечать вам не буду, потому что я рукоположен на патриаршеский престол от Константинопольского патриарха. А если у вас совет и согласие патриархов Константинопольского и Иерусалимского есть, чтобы меня судить, я пред вами готов давать ответ". Патриархи Паисий и Макарий сказали, что у них. совет, и согласие, и подписи рук патриархов Константинопольского и Иерусалимского есть с ними, и указали на лежавший на столе в двух списках известный свиток четырех патриархов, подписанный всеми ими и другими архиереями. Никон понял, что ему остается покориться и подвергнуться суду, и только бил челом государю и патриархам, чтобы выслали из Собора недругов его, Питирима, митрополита Новгородского, да Павла, митрополита Сарского, потому что они будто бы хотели отравить его и удавить. Митрополиты Питирим и Павел сказали: "Бывший патриарх Никон на нас говорит ложь; у нас про то и в помышлении не бывало, да и у великого государя есть тому всему дело черного дьякона Феодосия". И государь сыскное дело про дьякона Феодосия поднес патриархам. Никон потерпел новую неудачу: не мог он отклонить от себя суда патриархов, не мог и устранить от участия в суде над ним своих недругов. После этого начался суд.

Патриархи снова спросили Никона: "Почему он оставил соборную Церковь и паству свою и отрекся патриаршества?" Никон рассказал, что он в день бывшего стола у государя для грузинского царевича Теймураза посылал своего домового человека, князя Димитрия Мещерского, на Красное крыльцо для строения церковных дел, и того человека царский окольничий Богдан Хитрово сильно зашиб, что он, Никон, просил государя дать оборону на Богдана Матвеевича, и государь обороны не дал и потом не пришел на службы патриарха, ко всенощной и к литургии, ни в праздник Казанской Божией Матери, ни в праздник Ризы Господней, а прислал только князя Юрия Ромодановского сказать ему, Никону: "Государь на тебя гневен: зачем пишешься великим государем? Вперед так не пишись", хотя прежде сам велел ему, Никону, так писаться. Слыша про тот на себя гнев государев, он, Никон, и оставил соборную Церковь, сошел с престола и жил три дня на Воскресенском подворье, ожидая к себе присылки от государя. Но государь никого не присылал звать его опять на патриаршество, и он поехал из Москвы в Воскресенский монастырь. Когда Никон окончил свою речь, царь снова сошел с своего места и стал посредине перед столом, чтобы отвечать на эту речь. Но, заметив, как свидетельствует Паисий Лигарид, что и патриархи поднялись и стоят, сказал им: "Мне следует теперь стоять, так как меня обвиняет отец мой Никон, а вы сидите как судьи и преемники апостолов и слушайте обвинения на меня и мои оправдания". И действительно, с этого времени до самого конца весьма продолжительного заседания государь оставался на ногах. Он отвечал на речь Никона по пунктам: "Никон говорит, будто посылал своего домового человека на Красное крыльцо для строения церковных дел, но в ту пору на Красном крыльце церковных вещей строить было нечего. И окольничий Богдан Хитрово зашиб того человека за его невежество, что он пришел не вовремя и учинил смятение, и то-де бесчестье к самому Никону патриарху не относится… Писал ко мне Никон патриарх и просил обороны на окольничего Богдана Матвеевича Хитрово, но писал в то время, как у меня был у стола грузинский царь, а в ту пору сыскивать и оборону давать было некогда… В праздники Казанской Богородицы и Ризы Господней ко всенощному и к литургии выходу у меня не было за многими государственными делами. И патриарх Никон, осердясь на то, престол свой оставил и патриаршества отрекся. Посылал я к нему стольника князя Юрья Ромодановского, чтоб он, Никон, впредь великим государем не писался, потому что прежние патриархи так не писывались, а то к нему не приказывал, что я на него гневен". Тут князь Юрий Иванович Ромодановский молвил, что он бывшему патриарху Никону о государево гневе не говаривал. Государь продолжал: "Великим государем писаться ему, Никону, я не приказывал, а только сам, почитая его, писал так в своих грамотах; да и Никон по отшествии с патриаршества в письме ко мне писал своею рукою: теперь ты один будешь великий государь, а я, Никон, яко един от простых епископов, - и то письмо ему отдано было назад". Никон: "Я так не писывал". Государь снова продолжал: "Посылал я к нему боярина князя Алексея Никитича Трубецкого да окольничего Родиона Матвеевича Стрешнева, чтобы он, Никон, на свой патриаршеский престол возвратился, и он им в том отказал". При этом окольничий заявил, что он к Никону патриарху с князем Алексеем Никитичем был посылан и о возвращении его на патриаршество говорил ему. И он, патриарх Никон, патриаршества отрекался, что впредь патриархом быть не хочет, и сказывал: "Как-де на патриаршество избирали, он на себя клятву положил, что ему на патриаршестве быть только три года, а больше того не быть".

Выслушав все эти объяснения Никона, царя и бояр, патриархи предложили новый вопрос, обращаясь к митрополитам, архиепископам и епископам: "Какие обиды были Никону патриарху от великого государя?" И митрополиты, архиепископы и епископы отвечали, что от великого государя бывшему патриарху Никону никаких обид не бывало. И только рассказали митрополиты Питирим Новгородский и Павел Сарский, как окольничий Хитрово бил домового человека Никонова и Никон просил государя дать оборону, а государь обороны не дал, и как потом государь в два праздника не приходил в церковь на службу Никона. Патриархи предложили тот же вопрос самому Никону, и Никон сказал, что никаких обид ему от великого государя не бывало, а как-де государь начал гневаться и к церкви ходить перестал, он потому и оставил патриаршество. И присовокупил: "Я об обиде не говорю, а говорю о государево гневе. И прежние патриархи от гнева царева бегали, каковы Афанасий Александрийский и Григорий Богослов". Патриархи: "Иные патриархи оставляли на время престол, да не так, как ты; ты отрекся, чтоб и впредь не быть тебе патриархом, а если будешь патриархом, анафема будешь". Никон: "Я так не говорил, а говорил, что за недостоинство свое иду, а если бы я отрекся патриаршества с клятвою, то не взял бы с собою и святительской одежды". (Здесь нельзя не заметить, что сам же Никон не раз объяснял прежде, что он отрекся только патриаршества в Москве, не хочет быть Московским патриархом, но не отрекался от сана патриаршеского, не перестает быть патриархом, а теперь, когда его спрашивали, зачем он отрекся патриаршества, разумеется, Московского, он отвечает, что сана патриаршеского он не отрекался, не перестал быть патриархом, иначе не взял бы с собою святительской одежды.)

Патриархи: "Когда ставят в священный чин, то говорят "????? (достоин)", а ты, как снимал с себя святительскую одежду, говорил, что не достоин".

Никон: "То-де на меня затеяли".

Вопрос об отречении Никона от кафедры еще не был исчерпан, и патриархи еще не сказали по этому вопросу своего последнего слова, как государь, естественно находившийся в возбужденном состоянии, обратил внимание патриархов на другой предмет, при обсуждении которого, впрочем, пришлось заняться вновь и этим вопросом. Государь указал на письма Никона к четырем Восточным патриархам, лежавшие тут же на столе под тафтою, и сказал патриархам Паисию и Макарию: "Бывший патриарх Никон писал к вам, патриархам, в грамотах своих многие на меня бесчестья и укоризны, а я на него к патриархам никакого бесчестья и укоризны не писывал. Допросите его, все ли он истину без всякого прилога в грамотах своих писал, и за церковные ли догматы он стоял, и Иосифа патриарха святейшим и братом себе считает ли, и церковные, движимые и недвижимые, вещи продавал ли?.." Патриархи предложили Никону эти вопросы, и он отвечал, "что в грамотах писано, то и писано, а стоял-де он за церковные догматы и Иосифа патриарха почитает за патриарха, а свят ли он, того не ведает; церковные же вещи продавал по государеву указу". Такой общий ответ никого не мог удовлетворить, и государь приказал читать на Соборе по статьям грамоту Никона к Цареградскому патриарху Дионисию в переводе, чтобы рассмотреть порознь все изложенные в ней неправды Никона.