Еще более скорби пришлось испытать Мефодию как деятелю церковному. Спустя три месяца после рукоположения его в Москве на одну из епархий Киевской митрополии Киевский митрополит Дионисий Балабан рукоположил (3 августа), пользуясь своим правом, на ту же самую епархию своего епископа, бывшего пред тем архимандритом Лещинского и старшим виленского Свято-Духова монастырей, Иосифа Нелюбовича-Тукальского с оставлением за ним Лещинского монастыря. И это должно было служить постоянным свидетельством для всех и для самого Мефодия, что он рукоположен и называется Мстиславским незаконно. С наступлением 1662 г., в неделю православия, патриарх Никон изрек анафему на Крутицкого митрополита Питирима, между прочим, за то, что он поставил Мефодия епископом в чужую церковную область, подведомую Цареградскому патриарху. И эта анафема на рукополагавшего митрополита падала вместе по канонам на рукоположенного им, подвергая обоих низложению. Но если анафеме Никона, как уже отрекшегося от своей патриаршей кафедры, в Москве не придавали значения, то нельзя уже было не придавать значения и силы другой анафеме, разразившейся прямо над Мефодием в том же году. Что вызвало эту новую анафему и какое она произвела действие, довольно подробно объяснил сам Мефодий. В генваре 1663 г. он написал к царю Алексею Михайловичу: "Извещаю, что митрополит Балабан с изменником Юраской Хмельницким хотят до конца отвратить от тебя, великого государя, как духовный, так и мирской чин Малой России. Посылали они к святейшему патриарху Цареградскому трехтемировского игумена Краковецкого со многими дарами, клевеща на меня, твоего богомольца, и прося проклятия на меня и на всех, сообщающихся со мною. А клевету взвели на меня ту, будто я изгнал от престола митрополита Балабана и насильством, при помощи мирской власти восхитил престол Киевской митрополии. И по их просьбе святейший патриарх Цареградский выдал страшное проклятие на меня и на сообщающихся со мною. Копию с того проклятия Балабан прислал в Киев с выдубицким игуменом Клементием Старушичем, и в Киеве много произошло смущения от того проклятия между духовными и светскими; оно причиняет скорбь не мне только, но и всей твоей державе. Нисколько не расследовав, святейший патриарх произнес суд и проклятие по просьбе клеветников, между тем как митрополит Балабан, никем не изгоняемый, сам добровольно убежал от своего престола, благословил твоих подданных поднять руки на самого государя, навел басурман на православных христиан и сделался виновником многого междоусобия и кровопролития. Но да не продолжится навсегда смущение людей Божиих, духовных и мирских, в твоей державе - в Малой России; умилосердись, великий государь, изволь послать к святейшему патриарху Цареградскому, чтобы он очистил нас от проклятия, а обратил бы его на тех, которые ненавидят добро, нещадно проливают христианскую кровь и, будучи твоими подданными, забыв твои милости к себе, стали твоими великими врагами и изменниками. Балабан при своем избрании обещался нам желать тебе, великому государю, всякого добра как природному своему царю и проклятием грозил Выговскому в его присяге, утверждая его, чтобы он верно служил тебе, великому государю, а ныне сам сделался достойным того проклятия за свою измену против тебя, великого государя. Снова и со слезами прошу милости у тебя, великого государя, чтобы ты изволил послать к святейшему патриарху, ибо его проклятие весьма оскорбило мою душу". В Москве известие о проклятии Мефодия получено было, вероятно, еще прежде, нежели известил о том сам Мефодий, потому что еще в грамоте своей к Цареградскому патриарху, писанной в конце декабря 1662 г., государь поместил следующее прибавление: "Наконец, извещаем твое преблаженство с мольбою о Мефодии, епископе святой твоей паствы Белой России, который прошедшего года поставлен был в Москве от нашего Крутицкого митрополита по нашему соизволению благословением всего освященного Собора и советом нашего царского синклита. Думаем, что вы немало негодуете на нас за это. Но, преблаженнейший, отнюдь не из презрения к твоему святительству, не по насильству и не для нарушения св. правил, запрещающих епископам рукополагать кого-либо не в своем пределе, мы поступили так - да не будет. Объявляем тебе поистине, что ради благословной и неотложной причины, не успев написать к преблаженству Вашему о благословении, мы понудили рукоположить этого епископа. Вы слышали и прежде, что подданные наши казаки, называемые черкасами, живущие в городах Малой и Белой России, поползновенны и удобопреклонны к иноземному ярму; ныне же особенно узнали мы их удобопреклонность к соседним им папистам. Ибо отвергшийся нас и изменивший нам паствы твоей митрополит Киевский, и Галицкий, и всея Малыя и Белыя России Дионисий Балабан, отшедший к нашему неприятелю, польскому королю, по приказанию его приходил к ним и убедил многих из них быть под его рукою и соединиться с папистами. И как они уже готовы были отпасть, то мы убоялись, да не погибнут душами своими, болезненно попеклись о спасении их и, усмотрев сего мужа Мефодия, тамошнего же уроженца, могущего направить их на истину, понудили рукоположить его, да не увязнут в дьявольские сети и живы будут. Мы сотворили так не по преобладанию, но ради икономии, или строительства, спасения, а где бывает что-либо ради икономии спасения, как знаете и Ваше преблаженство, там по нужде допускается и пременение закона. Мы рассудили меньшим пожертвовать большему, ибо лучше нарушить правило, запрещающее епископу рукополагать в чужом пределе, но спасти в целости многие души в том пределе, нежели соблюсти правило, но допустить, чтобы те души впали в погибель. Если бы укоснили временем, послав предварительно к Вам спросить об этом, то весьма удобно они могли бы отпасть. Впрочем, предоставляем Вашему благоразумию рассудить, правильно ли мы поступили, и если нет, то просим прощения и в разуме наставления". Грамота была отправлена к патриарху 1 генваря 1663 г., и когда в продолжение четырех почти месяцев ответа на нее не было получено, то Паисий Лигарид, обыкновенно составлявший все такого рода грамоты, спрашивал в своей докладной записке от 24 апреля государя: "Должен ли есмь писать и повторить патриарху Вселенскому о деле патриарха Никона или точию писать о деле епископа Мефодия". Явно, что о Мефодии и о прощении его патриархом велено было приготовить новую грамоту. И надобно полагать, что патриарх Цареградский по ходатайству государя снял проклятие с епископа Мефодия, потому что киевское духовенство, которое теперь, по получении патриаршей грамоты о проклятии Мефодия, чуждалось его и даже враждовало против него, чрез несколько времени, как увидим, снова вошло с ним в сношение и признавало его епископом.

А теперь оно действительно настроено было по отношению к Мефодию весьма неприязненно и резко выразило эту свою неприязнь при первом открывшемся случае. В мае 1663 г., 10-го числа, скончался в Корсуне митрополит Дионисий Балабан, а около половины мая прибыл в Малороссию новый уполномоченный от государя, окольничий князь Великого-Гагин, с товарищи и разослал приглашения собраться в Нежин на генеральную раду для избрания гетмана. Получив известие о времени этой рады, главные представители киевского духовенства, печерский архимандрит Иннокентий Гизель, игумены: николо-пустынский Алексей Тур, михайловский Феодосий Сафонович, межигорский Варнава Лебедевич, кирилловский Мелетий Дзик и ректор братских школ Иоанникий Голятовский - написали послание к наказному гетману Самку и к старшине запорожского войска и, высказывая им свои благословения и благожелания, чтобы "рада принесла все доброе как запорожскому войску, так и Церкви Божией", слезно просили их вместе с панами полковниками, сотниками, есаулами, атаманами и всем знатным рыцарством позаботиться на раде не о своих только вольностях, но и о вольностях духовных, особенно же о том, чтобы теперь, когда по смерти митрополита Дионисия Церковь осиротела, дан был ей впредь до избрания нового митрополита достойный блюститель митрополии. "А если бы, - продолжали настоятели киевских монастырей, - отец Мефодий захотел пред вами присваивать себе на дальнейшее время блюстительство митрополитской кафедры, в таком случае усердно просим не допускать ему того, потому что мы не хочем иметь его за блюстителя по следующим причинам: а) отец Мефодий находится под проклятием как патриарха Константинопольского, так и Московского за то, что вмешался незаконно в чужую диецезию, а от таковых каноны св. отец не только запрещают духовным и мирским людям принимать благословение, но повелевают устраняться даже в пище и питии; б) он посвящен на епископство без всякой елекции (какая бывала в епархиях Киевской митрополии); в) он только по своему желанию, не имея никаких заслуг пред Церковию, выпросил себе блюстительство… вопреки канонам и нас всех фальшиво привел в подозрение у его царского величества. Для лучшего уразумения клятвы, положенной на него Константинопольским патриархом, посылаем вам с нее копию. Если отец Мефодий хочет быть блюстителем, то пусть покажет вам хоть какое-нибудь разрешение от этого проклятия; мы же отнюдь не желаем его блюстительства и не соизволяем на то. Если он и вам показал себя не пастырем, то тем более нам. Мы принимали его по грамоте нашего милостивого государя за блюстителя, ожидая от него, что он будет нам отцом; он же вместо отца явился нам великим неприятелем и вместо блюстителя - губителем. Между вами он произвел такое раздвоение и замешательство, что вовсе неприлично его званию и сану… Посылаем к вам от себя двух игуменов, выдубицкого Клементия Старушича и мгарского Виктора Загорского, для устных объяснений с вами, чтобы на генеральной раде не было допущено блюстительство отца Мефодия, и просим вас писать к его царскому величеству, да даст нам в блюстители отца епископа Черниговского, к тому пригодного и много заслуженного пред св. Церковию, которого отец Мефодий сместил с кафедры". В то же время настоятели киевских монастырей написали и к самому Лазарю Барановичу, просили его выслать на генеральную раду своего наместника для совокупного действия с игуменами выдубицким и мгарским против Мефодия и затем просили, "уважая его (Барановича) славные заслуги для Церкви Божией, чтобы он как прежде, так и теперь, если последует соизволение царского величества, благоволил своею личностию украсить осиротелую митрополитскую кафедру, пока будет избран новый митрополит". А наказной гетман Самко от себя письменно просил Лазаря Барановича даже лично пожаловать на нежинскую раду, чтобы благословить ее и утвердить. Осторожный и благоразумный Баранович хотя послал на раду своего наместника Иеремию Ширкеевича, но сам поехать не захотел, а от принятия на себя блюстительства митрополии решительно отказался. "И слабость моя непритворная, - писал он, - возбраняет мне то, и двукратное блюстительство, недостойно мною отправленное, страшит меня, как бы не дать за то Господу ответа, да к тому же блюстительство это я должен был бы отправлять из коштов моей убогой епископии, а не из митрополитских имений, лежащих на той стороне Днепра". Баранович с своей стороны предлагал и просил ходатайствовать пред государем о позволении избрать поскорее совершенного митрополита . Впрочем, напрасны были все эти хлопоты и переписка киевского духовенства и наказного атамана, направленные против епископа Мефодия. Распорядителем генеральной рады был царский посланник князь Великого-Гагин, и он прежде всего пригласил на раду епископа Мефодия. И на раде вовсе не поднималось вопросов о церковных делах, о блюстительстве митрополии и не делалось никаких заявлений против Мефодия. А в гетманы на раде был избран не Самко, как надеялись он сам и его приверженцы, но Брюховецкий, которому покровительствовал Мефодий и которого привел потом к присяге на верность государю. Самко же и Золотаренко, совместники Брюховецкого, выданы были по просьбе последнего на войсковой суд и казнены смертию как изменники с несколькими другими лицами.