Случай к тому скоро представился. Во главе недовольных избранием Выговского в гетманы находился полтавский полковник Мартын Пушкарь. Он утверждал, что Выговский избран меньшинством, только людьми, к нему близкими и преданными, а не всею запорожскою чернью, не хотел ему повиноваться, доносил на него боярам и в Москву, что он сносится с крымцами и ляхами и замышляет измену. Не поехал Пушкарь и на переяславскую генеральную раду, хотя там его ожидали. Все усилия Выговского помириться с ним, подчинить его себе были напрасны. В Москве тогда еще не верили измене Выговского и также выразили желание, чтобы Пушкарь смирился, не затевал смуты. И вот новый Киевский митрополит вскоре после переяславской рады послал к Пушкарю свою грамоту с нежинским протопопом Максимом Филимоновым, в которой, извещая, что возложил на переяславской раде с согласия всего запорожского войска свое архипастырское благословение на Выговского как на гетмана в присутствии царского посла Хитрово, убеждал Пушкаря признать этого нового гетмана, покориться ему и не чинить бунтов, иначе угрожал своим "неблагословением" Пушкарю и всему его полтавскому полку. Пушкарь в своей ответной грамоте благодарил митрополита за присланное известие, усердно просил его святительского благословения себе, и своему полку, и всему запорожскому войску, но объявлял, что бунтов он никаких не чинит, а верно служит его царскому величеству и что тогда только покорится Выговскому, если он на новой генеральной раде избран будет в гетманы всею запорожскою чернию и войском. "А неблагословение ваше пастырское, - писал полковник, - налагайте, Ваша святительская милость, на кого-нибудь иного, кто неверных царей принимает, а мы одного православного царя за царя имеем… налагайте на тех, которые его царскому величеству и всему войску запорожскому не добре чинят" (намек на Выговского). Митрополит Дионисий в настоящем случае хотел послужить главным образом Выговскому, хотя это согласовалось и с желанием московского правительства, но не достиг никакого успеха. После того Выговский решился позвать к себе на помощь крымскую орду, чтобы вместе с нею поразить Пушкаря со всеми его единомышленниками, и начал ссылаться с поляками. Все в Малороссии испугались последствий от нашествия орды. В двадцатых числах мая киевские воеводы писали к государю: "Нам говорят беспрестанно Киевский митрополит Дионисий Балабан, и архимандриты, и игумены, и все духовенство, и мещане, и всяких чинов киевские и иных черкасских городов приезжие люди, что гетман призвал к себе крымцев и с ними соединился, а с поляками непрестанно ссылается, а твоих государевых бояр, и воевод, и ратных людей в черкасских городах и на Украине нет… почему и просят нас со слезами отписать тебе, великому государю, чтобы ты для защищения их и св. церквей вскоре прислал в украинские города ратных людей". Митрополит, как живший в Киеве, не мог, конечно, отделиться в этом случае от всех прочих жителей Киева и вопреки им говорить что-либо в защиту Выговского, не просить вместе со всеми о присылке против него ратных людей из Москвы. Этого мало: в июне, когда государь прислал в Киев новых воевод, боярина Василия Борисовича Шереметева и князя Юрия Никитича Барятинского, с ратными людьми митрополит Дионисий выезжал встретить их (17-го числа) за пять верст от города и сказывал им, что гетман Выговский с неделю уже в Чигирине, но отпустил ли татар или не отпустил, того не знает. Кажется, и в Москве считали Дионисия человеком верным и благонадежным: бывший царским послом в Переяславе на недавней раде окольничий Хитрово по приказанию самого государя написал от 30 июня к митрополиту Дионисию лист о государевых делах и поручил киевскому воеводе Шереметеву передать тот лист Дионисию секретно, хотя за отъездом его из Киева в деревню Шереметев не мог исполнить поручения. А между тем посланник польского короля Беневский, которого называли другом Выговского, недаром писал в том же июне в Варшаву: "Прошу предоставить место подсудка владимирского Адаму Белостоцкому, шурину отца митрополита Киевского". Управившись в июне месяце с своим домашним врагом, полковником Пушкарем, разбив его сторонников, причем сам Пушкарь погиб, Выговский смелее и смелее приступал к осуществлению своих замыслов изменить Москве и передаться Польше, а чрез несколько времени перестал двоедушничать и митрополит Дионисий и перешел на сторону гетмана. Киевские воеводы от 12 июля извещали государя, что гетман Выговский разослал универсал ко всем полковникам и велел им со всеми полками собираться к нему в Чигирин, что он послал звать к себе и крымского хана с татарами, что от такого сбора войск сами полковники не чают добра, и далее писали в своем донесении: "А митрополит Киевский, не сказався там, поехал в Чигирин к гетману Ивану Выговскому. Когда он поехал из Киева и мы, проведав, посылали спрашивать людей его, то люди его сказали, что он поехал в деревню. Но в деревне он был немного и ныне в Чигирине, а сказывают, будто поехал для рады". Странное совпадение! В том же самом месяце 1658 г. и даже почти в те же самые числа, когда Московский патриарх Никон самовольно оставил свою кафедру и удалился из Москвы, и Киевский митрополит Дионисий Балабан самовольно оставил свою кафедру и удалился из Киева, прожив в нем всего около полугода, и уже никогда более в него не возвращался.

С половины августа войска Выговского, соединившиеся с поляками и крымскими татарами, осаждали Киев, но безуспешно. В конце августа Выговский в обозе под Гадячом вступил в переговоры с польскими комиссарами Беневским и Яблоновским и 8 сентября заключил с ними от имени всего запорожского войска договор, статьи которого, насколько он касался православной Церкви и духовенства, были следующие: а) митрополит Киевский будет иметь место в сенате после арцибискупа Львовского; б) владыки Львовский, Луцкий, Перемышльский и Холмский будут иметь места там же после бискупов своих поветов; в) имения православных, как мирских людей, так и монастырские, отданные Римскому Костелу, будут возвращены; г) мещане православной веры будут пользоваться правами и вольностями наравне с мещанами римской веры; д) крепости на церковные вотчины будут при митрополитах и владыках, а после смерти митрополита или владыки король будет утверждать на владычество одного из четырех избранных кандидатов; е) два училища, одно в Киеве, другое в княжестве Литовском, где сами себе укрепят, равно и учители, будут дозволены православным; ж) еретики всякого рода отнюдь не будут допускаться в те училища, а только католики и греки; з) школам, противным (православному) училищу, в Киеве не быть; и) библиотеки и печатни дозволяются везде, но только в касающемся веры будут оберегаемы, чтобы кто не внес чего-либо противного. Во всех этих статьях Гадяцкого договора, как они изложены в окончательной его редакции, утвержденной 8 сентября, повторялись поляками все те же обещания, какие не раз даваемы были православным и прежде, но некоторые обещания, например относительно заведения училищ православными, повторялись теперь гораздо скромнее, чем выражены были в известных "Статьях" короля Владислава IV. А об унии, об ее уничтожении, чего так сильно добивались прежде православные, особенно при Хмельницком, при заключении Зборовского договора, в окончательной редакции Гадяцкого договора вовсе не упоминалось. В этой редакции значительно поубавлено даже то, что предлагалось православным в предварительной редакции того же самого договора, составленной 6 сентября. Здесь, хотя не прямо, говорилось и об униатах как о людях, которых "вера противна вере греческой православной и умножает несогласие между римским и старогреческим народом", и им запрещалось основывать свои церкви и монастыри и умножать имения своих духовных; здесь предоставлялось православным иметь две Академии, одну в Киеве, другую в Литве, со всеми правами и привилегиями Академии Краковской, а коллегии и училища заводить везде, где будет нужно. Очевидно, что при утверждении Гадяцкого договора в его окончательной редакции не поляки делали уступки православным, а гетман Выговский с своими клевретами сделал уступки полякам. При заключении Гадяцкого договора с польскими комиссарами "от всего войска запорожского послы королевскому величеству присягали, и гетман Выговский, и вся их войсковая старшина, и духовные станы своими руками подписали на том, что всей Украйне обопольных народов Днепра и всему войску запорожскому опричь королевского величества ни у которого великого христианского государя в подданстве не быть". Значит, не один митрополит, а за ним и другие духовные лица перешли тогда на сторону Выговского и подписали Гадяцкий договор. Но среди малороссийского духовенства даже самые значительные особы оставались верными московскому государю. Например, в ноябре киевские воеводы писали ему: "Печерский архимандрит Иннокентий Гизель тебе, великому государю, служит верно и гетману и полковникам говорит, не боясь от них ничего". В следующем году еще яснее обнаружилось, что на сторону Выговского перешли высшие лица собственно коронного духовенства, а не малороссийского, за исключением одного черниговского архимандрита Мещеринова, родственника Выговскому. Нежинский протопоп Максим Филимонов, отличавшийся особою преданностию московскому правительству, в письме своем от 25 мая 1659 г. к боярину князю Алексею Никитичу Трубецкому, командовавшему московскими войсками в Малороссии, между прочим, извещал его: "Митрополит Киевский и все владыки и архимандриты, как Тукальский, Василевич, игумен (слуцкий), и протопопы некоторые до Варшавы к королю на сейм поехали, на нечестивое сборище. Только отец Гизель, игумен межигорский отец Варнава и отец Клементий Старушич, игумен выдубицкий, непоколебимо стоят, а отец Баранович (епископ Черниговский), також в Печерском монастыре немощен. Уже отцу митрополиту король обещал дать архимандрию печерскую. Там же и Мещерин у короля". Но едва прошел год со времени заключения Гадяцкого договора, как затея Выговского окончилась: казаки бросили его, собрались вокруг молодого Юрия Хмельницкого и объявили (в начале сентября 1659 г.), что желают служить московскому государю. И Гадяцкий договор, внесенный поляками в сеймовую конституцию и утвержденный клятвою самого короля, потерял все свое значение.