На следующий день после катастрофы появилось сразу несколько версий причины, вызвавшей крушение «Эстонии». Однако ни одна из них так и не подтвердилась до сегодняшнего дня. По одной из гипотез, почему-то вышли из строя двигатели парома, судно «потеряло управление, попало под боковую волну и перевернулось». Некоторые утверждали, что паром затонул в результате несоблюдения элементарной техники безопасности. Они моделировали ситуацию следующим образом: из-за неплотно закрытой носовой аппарели (трапа для въезда транспорта) вода смогла проникнуть внутрь судна, что вызвало смещение центра тяжести и крен парома. Согласно другой версии, смещение центра тяжести могло появиться из-за того, что в сильный шторм «оторвались» находящиеся на автомобильной палубе плохо укрепленные грузовые машины.
Проверить версии оказалось практически невозможно, поскольку в 1995 году правительства Швеции, Финляндии, Эстонии, России, Великобритании, Латвии и Дании подписали соглашение, запрещающее обследовать лежащий на дне корпус судна. В тексте соглашения затонувшее судно и район катастрофы объявлялись «местом последнего упокоения экипажа и пассажиров» «Эстонии». А в 1997 году международная комиссия сделала официальный доклад о причинах крушения. Теперь основной причиной аварии назывались дефекты в конструкции судна, наличие которых вызвало отрыв носового визира – замка, удерживающего носовую часть судна. Яан Метсавеэр, профессор Таллиннского технического университета, один из членов комиссии, воссоздал возможную картину катастрофы: «Все началось с левого бокового замка, одного из трех, удерживающих носовую часть. Не выдержав напора волн, он стал расшатываться, треснул, а затем и вовсе развалился. После этого расшатались и развалились остальные два замка. На визире не видно следов взрыва. Да и краска сохранилась везде, кроме мест ударов. Аппарель, потеряв остойчивость, рухнула на механизм, обслуживающий визир, и он открылся. Пошел забор воды. Образовался крен градусов 15–20 на правый борт. Вода стала заливать трюмы парома все больше и больше, вследствие чего крен начал нарастать. Двигатели остановились. Затем в какой-то момент „Эстония“ стала выравниваться, но последовал резкий крен, градусов 50–60, и корабль в считанные минуты пошел ко дну».
Затем на несколько лет история гибели «Эстонии» отошла на второй план, но о ней не забыли. И вот в середине ноября 1999 года группа независимых экспертов из Швеции стала собирать новую экспедицию к месту катастрофы, намереваясь поднять останки погибших во время крушения и установить истинную причину аварии. Инициатива вызвала бурю протестов в странах, подписавших соглашение. Созданная в Швеции международная группа родственников погибших на пароме «Эстония» высказалась категорически: «„Эстония“ является местом упокоения и останется им. Несомненное большинство родственников погибших из 32 стран с 1995 года считает затонувшее судно общей могилой. Не исключено, что кто-нибудь может оспорить это решение, прикрывая свои действия рациональными, этическими или гуманными обстоятельствами».
В декабре того же года свое расследование начала немецкая судостроительная компания «Майер верфт», не согласная с выводами официальной комиссии. Приглашенные в альтернативную комиссию эксперты мирового уровня сделали заключение: причиной аварии не могли быть недостатки в конструкции носового люка. Вероятно, паром затонул из-за некачественного технического ухода за судном, «неверно выбранной скорости, теракта или неумелых действий экипажа». Они огласили результаты техосмотра «Эстонии» заводской комиссией, отметившей наличие трещин и ржавчины в креплениях носового люка парома. По мнению экспертов, это могло послужить причиной поломки визира во время шторма.
По второй гипотезе, высказанной компанией, паром мог затонуть в результате взрыва, произошедшего ниже ватерлинии. Председатель группы экспертов, директор компании Вернер Хюммель заявил, что, «вне всякого сомнения», на пароме был совершен террористический акт. В своем заявлении он подтвердил, что якобы обладает доказательствами причастности к теракту российских спецслужб. Произошедшая катастрофа – следствие попытки предотвратить нелегальную доставку в Россию оружия. Агенты российских спецслужб, готовившие диверсию, по мнению Хюммеля, рассчитывали лишь остановить паром и заставить его вернуться в Таллиннский порт, но не затопить его. Однако результат превзошел все их ожидания – взрыв вызвал разрушение сварного шва на носовых воротах, вода устремилась на автомобильную палубу, что вызвало сильный крен судна.
Незадолго до исследования, проведенного «Майер верфт», в конце октября 1999 года, в Шотландии состоялась международная конференция, где и прозвучала впервые гипотеза о взрыве, который произошел с правого борта чуть ниже ватерлинии. Шведскими учеными были представлены результаты компьютерного исследования, из которых становилось ясно, что «если бы забортная вода проникла на палубу через открытую рампу, судно затонуло бы с другой скоростью и в другом положении». Тут впервые выплыло сообщение о некоем подозрительном предмете оранжевого цвета, найденном рядом с одним из иллюминаторов в нижней части правого борта. По мнению некоторых экспертов, не исключено, что этот предмет мог быть «пластической взрывчаткой или элементом сухой батареи, применяемой при проведении взрывных работ для детонации». И хотя финны, со своей стороны, пытались доказать, что неопознанный предмет – всего лишь «часть груза парома, который выбросило наружу потоками воды», версия о взрыве получила дальнейшее развитие.
23 августа 2000 года началась новая экспедиция, изучающая причины гибели «Эстонии». К месту, где почти шесть лет назад затонул паром, подошло судно «Уан Игл» под флагом небольшого государства Сент-Винсент и Гренадины. Его хозяином оказался американский археолог-миллионер Грэгг Бемис, профессиональный водолаз и член американского «Общества морских инженеров-судостроителей», занимающегося изучением причин морских катастроф. Он привез с собой команду ныряльщиков, специальное оборудование для подводной работы и группу телевизионщиков программы Top Story известной немецкой журналистки Ютты Рабе. Событие было сразу же широко освещено в прессе. Целью экспедиции объявлялось проведение независимого обследования затонувшего парома. Протест финских властей Бемис проигнорировал. Поскольку судно затонуло в международных водах, а Соединенные Штаты, гражданином которых он являлся, не подписывали соглашение о запрещении обследования парома, Бемис продолжил работы, пытаясь отыскать подтверждение версии о том, что «причиной гибели „Эстонии“ стал взрыв». Его команда подняла со дна моря два обломка затонувшего судна. Исследование их в лаборатории тестирования материалов в немецком городе Бранденбурге и лаборатории технического университета Клаусталь-Целлерфельда подтвердили выводы Бемиса. В прессе появилось заключение экспертов: «Массивные структурные повреждения двух металлических кусков произошли в результате взрыва». Затем на телевидение попала видеозапись, сделанная официальной экспедицией, с совершенно отчетливым изображением на корпусе затонувшего корабля того самого оранжевого предмета неизвестного происхождения. Ютта Рабе, высказывая общее мнение команды, в интервью шведской газете «Экспрессен» заявила: «Власти не хотели отыскать правду. Есть сведения о том, что некоторым выжившим пассажирам угрожали и предупреждали, чтобы они не рассказывали всего, что видели». Несмотря на это, Бемису удалось отыскать свидетелей, подтвердивших, что взрыв имел место. Один из них, швед Рольф Сирман, показал, что, отплывая от тонущего парома, он заметил «огромную черную дыру в районе ватерлинии». Карл Овберг, второй свидетель, непосредственно перед катастрофой слышал нечто, похожее на два мощных взрыва.
Однако одной из самых скандальных и сенсационных гипотез гибели «Эстонии» стала версия, появившаяся еще в 1995 году в немецком журнале «Шпигель». Согласно ей, паром служил транспортом для перевозки контрабанды. Якобы в тот последний рейс на «Эстонию» был загружен героин и несколько грузовиков с 40 тоннами кобальта. О нелегальном грузе некто сообщил шведским властям. В Швеции уже готовились принять паром надлежащим образом, но капитану судна стало известно об этом. Опасаясь оказаться за решеткой, он решил сбросить контрабандный груз в море, открыл носовые ворота и… «случайно» утопил паром. Нашлись свидетели и для этой версии. Некоторые спасшиеся пассажиры, как оказалось, слышали вовсе не взрыв на пароме, а «шум моторов грузовиков, которые находились в трюме, и звуки открывавшихся дверей».