Когда Анна была встречаема в Москве, Феофан не посмел высказать ей публично того, что было бы ей приятно, но в своей речи, которую произносил перед нею, вставил несколько двусмысленных выражений, на которые впоследствии можно было указать, как на свидетельство его верности самодержавию. Есть известие (неизвестно – верно ли), что Феофан подарил Анне столовые часы, в которых под доскою государыня могла найти начертанное Феофаном наставление, как поступать ей. Не долго пришлось Феофану таиться и вилять. По просьбе, представленной разом несколькими стами человек из шляхетства, Анна отреклась от условий, на которых принуждена была принять престол от верховного совета, разорвала их публично, и самодержавная власть государя была восстановлена в России на прежних, стародавних основах. Феофан спешил и в речах и в стихах прославить это событие, подсмеиваясь над неудавшимися затеями и угрожая тем, которые бы когда-нибудь вздумали повторить подобные затеи:

В наступившее царствование, Феофану опять, до самой своей смерти, пришлось бороться с кознями своих врагов.

Родышевский, проживая в Симоновом монастыре, сошелся с духовником государыни, троицким архимандритом Варлаамом, с бывшим директором типографии Аврамовым, занимавшимся при Петре писанием истории, и с другими лицами. Было намерение повредить Феофану через посредство духовника государыни. Но все козни не удались. Родышевский написал житие Феофана, стараясь выставить в самом дурном свете своего противника, а главное – обвинить его в неправославии. Тот же неугомонный Родышевский составил огромную критику на духовный регламент и на объявление о монашестве; Родышевский силился разбить взгляд Петра на монашество, выраженный в указе, в котором излагался проект нового преобразования монастырей. Маркелл прямо называл эти документы сочинением Феофана. Феофан, со своей стороны, написал ответ, защищая новый взгляд на монашество, но Маркелл не расчел того, что, поражая Феофана за такие сочинения, которые были изданы не от его имени, а как правительственные документы, он вызывал на борьбу с собой уже не Феофана, а правительство, и потому в январе 1732 года ему поставили это в вину и, по высочайшему повелению, сослали в заточение в Кирилло-Белозерский монастырь, разом с ним отправили Аврамова и еще двоих лиц в монастыри. Варлаам успел в пору увернуться.

Зато в 1732 году Феофан низложил своего злейшего врага Дашкова, который, будучи членом Синода и энергическим приверженцем старины, давно уже думал сделать вред Феофану, тем более, что у него были в душе честолюбивые мечты сделаться патриархом. Случилось, что Синод должен был судить воронежского архиерея Льва Юрлова за то, что, уже после вступления на престол Анны Ивановны, этот архиерей, вместо нее, поминал при богослужении мать Петра II, Евдокию Феодоровну, объясняя это впоследствии тем, что не получил указа от Синода о вступлении на престол новой государыни. Когда в Синоде собирались составить указ о том, чтобы воронежского архиерея арестовать и везти в Петербург, Георгий Дашков советовал помедлить, подождать нового доношения от воронежского губернатора по этому делу, а когда привезли Льва в Петербург, то последний показал, что он просил заступничества у Георгия Дашкова. Льва лишили сана и предали гражданскому суду, но и Георгия, как уличенного заступника его, удалили из синода в монастырь. Тогда Феофан поднял против Георгия дело о взятках в ростовской епархии; это дело решилось не в пользу Георгия, и Феофан испросил у государыни построже наказания виновному: его лишили сана и сослали в Каменный вологодский монастырь.

Пользуясь большим почетом у императрицы Анны, Феофан употреблял свое положение для того, чтобы вредить своим врагам и преследовать даже тогда, когда они находились в совершенном падении; Феофан был безжалостен не только к своим врагам, но не прощал и тем, которые оказывали сострадание к его бессильным врагам. Бывший некогда коломенским митрополитом, Игнатий Смола, сторонник Дашкова и давний недоброжелатель Феофана, был сослан в Свияжский монастырь за нерешительность в деле осуждения Льва. Его принял радушно казанский митрополит Сильвестр Холмский. За это, по настоянию Феофана, Игнатия выслали подалее на берег Северного моря, в Никольский корельский монастырь, для содержания под крепким караулом, а Сильвестра, у которого при обыске в бумагах нашли доказательства, что и он не менее Игнатия и Георгия питал злобу к Феофану, сослали в Крипецкий монастырь близ Пскова. Сильвестр объявил за собою «слово и дело» и привезен был в Москву; там он запутался в показаниях: тогда его лишили сана и сослали в заточение в Выборг. Дашков, сосланный в вологодский Каменный монастырь, принял схиму под именем Гедеона, но Феофан узнал, что его держат в монастыре с послаблением, и отправил секретно синодского обер-секретаря Дудина узнать об этом подробно. Оказалось, что монастырское начальство действительно обращалось с заточенным ласково. По этому поводу взяли под арест каменского архимандрита и казначея, привезли обоих в Петербург к суду Синода. Архимандрит, страшась пытки, умер в тюрьме; по показанию казначея, притянули к делу вологодского архиерея Афанасия Кондоиди, за то, что он переменил у Георгия Дашкова караульных служителей. Афанасий как-то отделался от беды и, воротившись в свою епархию, начал содержать Дашкова уже с такою строгостью, что даже сам Синод приказал сделать послабление осужденному. Дашков от тоски заявил, что у него есть «государево слово и дело», но Синод, руководимый Феофаном, не обратил внимания на это заявление низложенного архиерея и приказал сослать его в Нерчинский монастырь в той надежде, что, находясь в такой дали, он уже не будет беспокоить правительство.

Еще Стефан Яворский написал книгу «Камень веры», направленную, главным образом, против лютеранства; она была издана уже после смерти автора, в 1728 году, под наблюдением тверского архиепископа Феофилакта Лопатинского. Вслед за тем в Лейпциге явилось на латинском языке опровержение этой книги, сочиненное Буддеем, человеком в свое время знаменитым по учености. Рецензент обвинял Яворского в угодничестве католичеству и предостерегал русских от его книги. Тогда в России появилось сочинение в защиту Яворского, составленное доминиканцем Рибейра, находившемся при испанском посланнике герцоге Делирия, а потом сам Феофилакт написал «Возражение на письмо Буддея», но не добился у правительства дозволения издать свое сочинение. Тогда как Феофилакту не дозволили писать сочинение в защиту Яворского, книга Рибейры была переведена на русский язык двумя духовными лицами, архимандритами и членами Синода: Евфимием Коллети и Платоном Малиновским. Против «Камня веры» написан был «Молоток на Камень веры», сочинение в протестантском духе. Феофан, и прежде расположенный к протестантству, увидел, что открыто стать на протестантскую сторону теперь будет выгодно, потому что, с могуществом любимца императрицы Анны, Бирона, немцы-лютеране подняли голову и получили первенствующее значение в России. Феофан притянул в тайную канцелярию переводчиков книги Рибейры и написал кабинетным министрам записку, в которой старался льстить протестантам, наводнившим тогда служебные сферы в России. «Иностранных в России мужей, – выражался Феофан о Рибейре, – ругательно нарицает человечками или людишками и предает, что русское государство их питает, а церковный закон оным гнушается…презуса петербургской академии, злодейством опорочив, предает сию речь: и то не дивно понеже вси лютеране суть, что таковая их правда и вера в делах гражданских. Всех сплошь протестантов, из которых многое число честные особы и при дворе, и в воинском и в гражданском чинах рангами высокими почтены служат, неправдою и неверностью помарал, из чего великопочтенным особам не малое учинил огорчение».