Феофан сделался епископом, и с тех пор, при всяком удобном случае, старался нравиться Петру; так, говоря проповедь в день Александра Невского, он очень ловко восхвалил царя: «Ты един показал еси дело превысокого сана царского быти собрание всех трудов и попечений… ты являеши нам в царе и простого воина, и многодельнаго мастера, и многоимянитаго делателя, и где бы довлело повелевати подданным должное, ты повеление твое собственными труды твоими предваряешь и утверждаешь… Аще бы всех князей наших и царей целая к нам пришла история, была бы то малая книжица противо повести о тебе едином». Благодаря своей большой начитанности и учености, Феофан, по воле государя, написал «Апостольскую географию», «Краткую книгу для учения отрокам» и знаменитый «Духовный регламент». Его книга для учения отроков вооружила против себя молдавского господаря Дмитрия Кантемира, написавшего без своего имени возражения, в которых указывалась неправославность некоторых выражений Феофана. Таким образом, Кантемир нашел, что Феофан, изъясняя вторую заповедь, причисляет почитание икон к идолослужению, выразившись, что тот есть идолослужитель, кто поклоняется какому-нибудь изображению, боится его и надеется на него, как на имеющего некоторую удивительную силу. Не понравился возражателю намек Феофана и на то, что нередко, под покровом святости, обманщики, ради прибытка, утверждают простых людей в почитании ложных мощей, млека Пресвятые Богородицы, крови Иисуса Христа и волос бороды Его. Но никакие возражения подобного рода не могли иметь силы, когда все, что ставили в вину Феофану, до чрезвычайности было согласно со взглядами и намерениями государя. Не менее в духе Петра было тогда же написано сочинение Феофана «О мученичестве», где автор обличал тех фанатиков, которые, будучи недовольны государем за введение иностранной одежды и за бритье бород, сами добровольно отваживались на поступки, которые влекли за собой царский гнев, а нередко и казнь. Из всех русских архиереев, Феофану мог быть один только соперник – Феодосий Яновский, архимандрит Невского монастыря, потом возведенный Петром в сан новгородского епископа. Он был близок к государю, совершал с ним и с Екатериной путешествие за границу почти в продолжение трех лет и, не менее Феофана, усвоил искусство подделываться к Петру; он при всяком удобном случае служил видам царя, и за это его недолюбливали духовные. Феофан, впоследствии погубивший этого человека, при Петре старался оказывать ему уважение как старшему, и во всем отдавал ему наружное преимущество. В январе 1721 года учреждена была духовная коллегия, вскоре в том же году переименованная в Святейший правительствующий Синод. Это учреждение руководилось регламентом, сочиненным Феофаном. Председателем Синода по старшинству, с титулом президента, назначен был Стефан Яворский, но на деле более влиятельными были два вице-президента: первым был Феодосий, вторым – Феофан; последний был всех ученее и искуснее в умении угадывать волю государя, а потому он собственно и заправлял всеми важными делами. На первых же порах своего существования Синод посылал распоряжения за распоряжениями: они клонились к уничтожению всех тех обычаев, какие только можно было отменять без нарушения сущности православной веры. Стефан внутренне на многое смотрел иначе, но должен был соглашаться, не отваживаясь идти против воли государя. Только по поводу вопроса «о возношении имени восточных патриархов в церковном богослужении» Стефан заявил было протест. По проекту, написанному Феофаном, Синод определил не упоминать в богослужении имен восточных патриархов, так как после учреждения Святейшего Синода русская церковь в иерархическом отношении обособилась от греческой. Стефан, желая сохранить единство вселенской церкви и независимость ее от всяких национальных видов, сочинил против этого распоряжения вопросо-ответы; но государь не терпел нигде и никогда противоречий своим воззрениям: он приказал Синоду отвергнуть эти вопросо-ответы «яко зело вредные и возмутительные» и послать к Стефану указ, чтоб он никому их не сообщал и не объявлял, «опасаясь не без трудного перед его царского величества ответа». Стефан проглотил эту неприятную пилюлю и, зная, что всему виною Феофан, хотел во что бы то ни стало удалить его из Синода. Упразднилось место киевского митрополита; Стефан предлагал Святейшему Синоду назначить на это место Феофана, но Петр не поддался на эту уловку. Стефан видел, что ему ничто не удается: еще со времени смелой проповеди против фискальства Петр невзлюбил его, и хотя не делал ему решительного зла, но всегда почти обращался с ним холодно, отвергал всякие его заявления и делал все наперекор ему. В июле 1722 года Стефан письмом к царю просил прощения за все, в чем царь считал его виновным, и по-прежнему желал, чтоб его уволили на покой. Ему не отвечали. Осенью в том же году Стефан скончался. Синод остался без президента с двумя вице-президентами.

Значение Феофана все более и более усиливалось; ловкий архиерей всегда умел кстати представлять перо свое к услугам государя, сообразно текущим обстоятельствам. Когда Петр издал знаменитый указ 5 февраля 1722 года о престолонаследии, Феофан взялся, по царской воле, защищать, всею силою научных доводов, справедливость и полезность такого закона и напечатал книгу «Правда воли монаршей». Потакая давнему и постоянному стремлению Петра быть фактическим господином и правителем русской церкви, Феофан написал и напечатал «Розыск исторический», в котором доказывал, что христианский государь имеет право управлять делами церкви, хотя ему неприлично отправлять богослужение. Петра, по соответствию с событиями его собственной жизни, занимал вопрос о браках; Феофан написал два рассуждения: одно – «О браках правоверных с иноверными», другое – «О правильном разводе мужа с женою». В последнем – Феофан полагает, что в случае развода, совершившегося по вине одного из супругов, можно дозволить вступать в новый брак не только невинному лицу, но и виновному, потому что супруг прелюбодейный в первом супружестве может быть верным во втором. Феофан, по воле государя, составлял небольшие увещания к раскольникам, которые публиковались в виде указов от Святейшего Синода; между прочим, им были написаны: увещание о том, чтобы раскольники безбоязненно являлись в Синод для рассуждений о своих сомнениях, сочинение: «О продерзателях, нерассудно на мучение дерзающих», которое Святейший Синод предписал читать два раза в месяц, и сочинение: «О поливательном крещении», где доказывалось, что поливательное крещение имеет такую же силу, как и крещение с погружением. Последнее сочинение навлекло на Феофана укоры не только от раскольников, но и от православного духовенства.

В своих проповедях Феофан постоянно касался современных событий и при всяком случае восхвалял деяния Петра, так что его «Слова и речи», изданные при Екатерине II, могут считаться скорее не церковными проповедями, а политическими руководящими статьями. В своих восхвалениях Петру Феофан мало пускался в праздную риторику, но всегда касался практической стороны и полезности для государства мероприятий государя. Все тогдашние уставы, касавшиеся церковного управления, писаны были Феофаном. Он составил устав семинарии или духовной академии, которую Петр предположил завести для приготовления пастырей церкви. Феофан составил духовный штат, не приведенный в исполнение при жизни Петра. Наконец, в январе 1724 года, Феофан, соображаясь с видами государя, по его приказанию, написал указ об устроении монашества, указ, которым предполагалось поставить монастыри по древнейшему образцу на такую степень, чтобы иноческое житье отнюдь не было бесполезным и монастыри не делались притоном ленивцев, но приносили бы свою пользу обществу, как и все другие общественные учреждения. Труды Феофана не ограничивались сферою церкви. Как человек, владевший хорошо пером, он, по поручению Петра, писал уставы и законоположения, относившиеся к другим сферам государственного порядка; так, им написано было предисловие к морскому регламенту. Вероятно, и в других случаях употреблял его Петр: между прочим известно, что в 1722 году Феофан получил поручение от государя пополнить историю Петра, написанную неизвестно кем, быть может, самим Петром; она в значительной степени была исправлена и выглажена Феофаном, а напечатана была уже при Екатерине II. Эта история обнимает первую половину царствования Петра до Полтавской битвы.