Венчанный Димитрий продолжал несколько времени носить титул великого князя владимирского и московского, но находился с матерью в отдалении от деда; наконец, 11 апреля 1502 года государь вдруг положил опалу на него и на его мать. Как видно, в этом случае действовали внушения не только Софии, но и духовных лиц, обвинявших Елену в том, что она принимала участие в явившейся в то время «жидовской ереси». Василий объявлен был великим князем всея Руси. Запретили поминать Димитрия на ектеньях. Через два года Елена умерла в тюрьме в то самое время, когда только что в Москве совершены были (1504 г.) жестокие казни над еретиками. Несчастный сын ее должен был пережить мать и деда и изнывать в тяжком заключении по воле своего дяди, преемника Иванова. Событие с Димитрием и Василием было проявлением самого крайнего, небывалого еще на Руси самовластия; семейный произвол соединялся вместе с произволом правительственным. Ничем не осенялся тот, кто был в данное время государем: не существовало права наследия; кого государь захочет, того и облечет властию, тому и передаст свой сан; венчанный сегодня преемник завтра томился в тюрьме; другой, сидевший в заключении, возводился в сан государя; подвластные земли делились и соединялись по произволу властелина и не смели заявлять своего голоса. Государь считал себя вправе раздать по частям русскую землю кому он захочет, как движимое свое имущество. В это время Иван Васильевич, привыкший так долго повелевать и приучивший так долго и многообразно всех повиноваться себе, выработался окончательно в восточного властелина: одно его явление наводило трепет. Женщины – говорят современники – падали в обморок от его гневного взгляда; придворные, со страхом за свою жизнь, должны были в часы досуга забавлять его, а когда он, сидя в креслах, предавался дремоте, они раболепно стояли вокруг него, не смея кашлянуть или сделать неосторожно движения, чтоб не разбудить его. Таков был Иван Васильевич, основатель московского единоначалия.

В последние годы XV века Иван Васильевич, заключивши союз с Данией, в качестве помощи союзникам, вел войну со Швецией: война эта, кроме взаимных разорений, не имела никаких последствий. Важнее был в 1499 поход московского войска в отдаленную Югру (в северо-западный угол Сибири и восточный край Архангельской губернии). Русские построили крепость на Печоре, привезли взятых в плен югорских князей и подчинили югорский край Москве. Это было первым шагом к тому последовательному покорению Сибири, которое решительно началось уже с конца XVI века.

В 1500 году вспыхнула война с Польшею и Литвою. Натянутые отношения между тестем и зятем разразились явною враждою по поводу новых переходов на сторону Москвы князей, подручных Литве. Сначала отрекся от подданства Александру и поступил на службу к Ивану Васильевичу князь Семен Иванович Бельский, за ним передались потомки беглецов из московской земли, – внук Ивана Андреевича Можайского Семен и внук Шемяки Василий; они отдавали под верховную власть московского государя пожалованные их отцам и дедам владения: первый владел Черниговом, Стародубом, Гомелем и Любечем, второй Новгород-Северским и Рыльском. Так же поступили князья Мосальские, Хотетовские, мценские и серпейские бояре. Предлогом выставлялось гонение православной веры. Александр дозволял римско-католическим духовным совращать православных и хотел посадить на упраздненный престол киевской митрополии смоленского епископа Иосифа, который был ревностным сторонником флорентийского соединения церквей вопреки прежним митрополитам, которые, кроме преемника Исидорова, Григория, все сохраняли восточное православие. Иван Васильевич нарушил договор с зятем; по этому договору запрещено было принимать с обеих сторон князей с вотчинами, а Иван Васильевич их принял.

Иван Васильевич послал зятю разметную грамоту и вслед за тем отправил на Литву войско. Русская военная сила в те времена делилась на отделы, называемые полками: большой или главный полк, по бокам его – полки правой и левой руки, передовой и сторожевой.

Ими начальствовали воеводы. Между начальниками уже в то время существовал обычай местничества: воеводы считали долгом своей родовой чести находиться в такой должности, которая бы не была ниже по разряду другой, занимаемой лицом, которого отец или дед были ниже отца или деда первого. Это счет переходил и на родственников, а также принимались во внимание случаи, когда другие, посторонние, но равные по службе, занимали места выше или ниже. В татарский период между князьями нарушилось древнее равенство: одни стали выше, другие ниже; то же, вероятно, перешло и к боярам; когда же князья и бояре сделались слугами московского государя, тогда понятие об их родовой чести стало измеряться службою государю. Обычай этот, впоследствии усложнившийся в том виде, в каком мы застаем его в период московского государства, мог быть еще недавним при Иване Васильевиче. С одной стороны, он был полезен для возникавшего самодержавия, так как потомки людей свободных и родовитых стали более всего гордиться службой государю, и потому понятно, отчего все государи до конца XVII века не уничтожали его; но, с другой стороны, этот обычай приносил также много вреда государственным делам, потому что начальники спорили между собою в такое время, когда для успеха дела нужно было дружно действовать и сохранять дисциплину. Иван Васильевич, конечно, мог бы уничтожить местничество в самом его зародыше. Он этого не сделал, но умерял его своею самодержавною волею. Таким образом, когда в походе против Литвы боярин Кошкин, начальствуя сторожевым полком, не хотел быть ниже князя Даниила Щени, то государь приказал ему сказать: «Ты стережешь не Даниила Щеню, а меня и мое дело. Каковы воеводы в большом полку, таковы и в сторожевом. Это тебе не позор». Итак, Иван Васильевич на этот раз лишил местничество своей силы на время войны. Этим он оставил пример своим преемникам в известных случаях прекращать силу местничества, объявляя наперед, что все начальники будут без мест, но все-таки не уничтожая местничества в своем основании. Кроме русского войска, московский государь отправил на Литву татарскую силу под начальством бывшего казанского царя Махмет-Аминя, которого он, по желанию казанцев, недавно заменил другим. Со своей стороны, неизменный союзник Ивана Менгли-Гирей сделал нападение на южную Русь. Война шла очень успешно для Ивана; русские брали города за городами; многие подручные Александру князья попались в плен или же сами предавались Москве: так сделали князья трубчевские (Трубецкие). 14 июля 1500 года князь Даниил Щеня поразил наголову литовское войско и взял в плен гетмана (главного предводителя) князя Острожского, потомка древних волынских князей: Иван силою заставил его вступить на русскую службу. Владения Александра страшно потерпели от разорения. Мало помогло Александру то, что в следующем году, по смерти брата своего Альбрехта, он был избран польским королем и заключил союз с ливонским орденом. Ливонские рыцари под начальством своего магистра Плеттенберга сначала, вступавши в русские края, одерживали было верх над русскими, но потом в их войске открылась жестокая болезнь: рыцари, потерявши множество людей, ушли из псковской области, а русские воеводы, вслед за ними, ворвались в ливонскую землю и опустошили ее. Так же мало оказал Александру помощи союз с Шиг-Ахметом, последним ханом, носившим название царя Золотой Орды. Шиг-Ахмет колебался и, служа Александру, в то же время предлагал свои услуги московскому государю против Александра, если московский государь отступит от Менгли-Гирея. Но Иван Васильевич естественно нашел более выгодным дорожить союзом с крымским ханом. Менгли-Гирей поразил Шиг-Ахмета и вконец разорил остатки Золотой Орды. Шиг-Ахмет бежал в Киев, но Александр, вероятно, узнавший об его предательских намерениях, заточил его в Ковно, где он и умер.

Положение дочери Ивана, жены Александра, было самое печальное. Она не могла отвратить войны, несмотря на все благоразумие, которое она до сих пор выказывала в сношениях с отцом, всеми средствами стараясь уверить его, что ей нeт никакого оскорбления и притеснения в вере, что ему, следовательно, нет необходимости защищать ее. Польские и литовские паны не любили ее, называли причиною несчастья страны, подозревали ее в сношениях с отцом, вредных для Литвы. До нас дошли ее письма к отцу, к матери и братьям, очень любопытные, так как в них высказывается и личность Елены, и ее отца, и дух того времени, когда они были писаны. «Вспомни господин государь, отец, – писала она, – что я служебница и девка твоя и ты отдал меня за такого же брата, как и ты сам. Ведаешь государь, отец мой, что ты за мною дал и что я ему принесла; однако, государь и муж мой король и великий князь Александр, ничего того не жалуючи, взял меня с доброю волею и держал в чести и в жаловании и в той любви, какая прилична мужу к своей подруге; и теперь держит в той же мере, ни мало не нарушая первой ласки и жалованья, позволяет мне сохранять греческую веру, ходить по своим церквам, держать на своем дворе священников, дьяконов и певцов для совершения литургии и другой службы божией как в литовской земле, так и в Польше, и в Кракове, и по всем городам. Мой государь, муж не только в этом, да и в других делах, ни в чем перед тобой не отступил от своего договора и крестного целования; слыша великий плач и докуку украинных людей своих, он много раз посылал к тебе послов, но не только, господин, его людям никакой управы не было, а еще пущена тобою рать, города и волости побраны и пожжены. Король, его мать, братья, зятья, сестры, паны, рада, вся земля – все надеялись, что со мною из Москвы в Литву пришло все доброе, вечный мир, любовь кровная, дружба, помощь на поганство; а ныне, государь отец, видят все, что со мной все лихо к ним пришло: война, рать, осада, сожжение городов и волостей; проливается христианская кровь, жены остаются вдовами, дети сиротами, плен, плач, крик, вопль. Вот каково жалованье, какова любовь твоя ко мне… Чего на всем свете слыхом не слыхать, то нам, детям твоим, от тебя, государя христианского, деется: если бы государь мой у кого другого взял себе жену, то оттого была бы дружба и житье доброе и вечный покой землям… Коли, государь отец, Бог не положил тебе на сердце жаловать своей дочери, зачем меня из земли своей выпускал и отдавал за такого брата, как ты сам? Люди бы из-за меня не гибли и кровь христианская не лилась бы. Лучше бы мне под ногами твоими в твоей земле умереть, нежели такую славу о себе слышать; все только то и говорят: затем отдал дочь свою в Литву, чтобы беспечнее было землю высмотреть… Писала бы я и шире, да от великой беды и жалости ума не могу приложить, только с горькими и великими слезами тебе, государю отцу, челом бью. Опомнись Бога ради, помяни меня, служебницу и кровь свою. Оставь гнев безвинный и нежитье с сыном и братом своим, соблюди прежнюю любовь и дружбу, какую сам записал ему своим крепким словом в докончальных грамотах, чтобы от вашей нелюбви не лилась христианская кровь и поганство бы не смеялось, и не радовались бы изменники предатели ваши, которых отцы изменяли предкам нашим в Москве, а дети их делают то же в Литве. Дай Бог им, изменникам, того, что родителю нашему было от их отцов. Они-то промеж вас государей замутили, а с ним Семен Бельский иуда, который, будучи здесь на Литве, братью свою князя Михаила и князя Ивана переел, а князя Феодора на чужую сторону загнал. Сам смотри, государь, годно ли таким верить, которые государям своим изменили и братью свою перерезали, и теперь по шею в крови ходят, вторые каины, а между вас государей мутят… Вся вселенная, государь, ни на кого, а только на меня вопиет, что это кровопролитие сталось от моего прихода в Литву, будто я государю моему пишу и тебя на это привожу; коли б, говорят, она хотела, никогда бы того лиха не было! Мило отцу дитя; какой отец враг детям своим! И сама разумею и вижу по миру, что всякий печалуется детками своими, только одну меня по моим грехам Бог забыл. Слуги наши через силу свою, трудно поверить какую, казну дают за дочерьми своими, и не только дают, но потом каждый месяц навещают и посылают, и дарят, и тешат, и не одни паны, все простые люди деток своих утешают: только на одну меня Господь Бог разгневался, что пришло твое нежалование. Я, господин государь, служебница твоя, ничем тебе не согрубила, ничем перед тобою не согрешила и из слова своего не выступила. А если кто иное скажет – пошли, господин, послов своих, кому веришь: пусть обо всем испытно доведаются и тебе откажут… За напрасную нелюбовь твою нельзя мне и лица своего показать перед родными государя моего мужа, и потому с плачем тебе, государю моему, челом бью, смилуйся над убогою девкою своею. Не дай недругам моим радоваться о беде моей и веселиться о плаче моем. Когда увидят твое жалованье ко мне, то я всем буду и грозна и честна, а не будет ласки твоей – сам, государь отец, можешь разуметь, что все родные и подданные государя моего покинут меня… Служебница и девка твоя, королева польская и великая княгиня литовская Олена со слезами тебе государю отцу своему низко челом бьет».