Упрочив за собою владения верейского князя, в 1484 г. великий князь обратился еще раз к Новгороду: нашлись такие новгородцы, которые подали ему донос на богатых людей, будто они хотят обратиться к Казимиру. Московскому властелину хотелось приобрести имущество обвиненных: предлог был благовиден. По такому доносу привезли из Новгорода человек тридцать самых «больших» из житых людей и отписали на государя их дома и имущества в Новгороде. Привезенных посадили во дворе Товаркова, одного из приближенных Ивана Васильевича; великокняжеский подьячий Гречневик, по приказанию государя, принялся мучить их, чтобы вынудить сознание в том, в чем их оговорили. Новгородцы под пытками наговорили друг на друга. Великий князь приказал их перевешать. Когда их повели к виселице, они стали просить взаимно друг у друга прощения и сознавались, что напрасно наклепали одни на других, не в силах будучи вытерпеть мук пытки. Услышав об этом, Иван Васильевич не велел их вешать; он поступил тогда так, как часто поступали самовластители, когда, отменяя смертную казнь и заменяя ее томительным пожизненным заключением, на самом деле усиливали кару своим врагам, а чернь прославляла за то милосердие своих владык. Иван Васильевич приказал засадить новгородцев в тюрьму в оковах, и они, вместо коротких смертных страданий на виселице, должны были многие годы томиться в тюрьме; жен их и детей Иван отправил в заточение.
В 1485 году, похоронивши мать свою, инокиню Марфу, Иван Васильевич разделался с Тверью. Зимою в начале этого года великий князь московский обвинил великого князя тверского в том, что он сносится с Казимиром. Сперва Иван Васильевич взял с тверского князя договорную запись, в которой еще как будто признавал тверского князя владетельным лицом, только обязал его не сноситься с Литвой. Потом дело умышленно ведено было так, чтоб можно было опять придраться. Князья тверской земли, подручники тверского великого князя Андрей микулинский и Иосиф дорогобужский оставили службу своему великому князю и передались московскому: Иван Васильевич обласкал их и наделил волостями: первому дал город Дмитров, другому – Ярославль. По их примеру тверские бояре один за другим стали переходить к Москве: им нельзя уже было, – говорит современник, – терпеть обид от великого князя московского, его бояр и детей боярских: где только сходились их межи с межами московскими, там московские землевладельцы обижали тверских, и не было нигде на московских управы; у Ивана Васильевича в таком случае свой московский человек был всегда прав; а когда московские жаловались на тверских, то Иван Васильевич тотчас посылал к тверскому великому князю с угрозами и не принимал в уважение ответов тверского. Наконец, в конце августа того же года Иван Васильевич двинулся на Тверь ратью вместе со своими братьями; он взял и своего порабощенного итальянца Аристотеля с пушками. Предлог был таков: перехватили гонца тверского с грамотами к Казимиру. Михаил Борисович присылал оправдываться подручного своего князя Холмского, но московский государь не пустил его к себе на глаза. 8 сентября Иван Васильевич подступил к Твери; 10 числа тверские бояре оставили своего великого князя, приехали толпой к Ивану Васильевичу и били челом принять их на службу. Несчастный Михаил Борисович в следующую за тем ночь бежал в Литву, а 12 сентября остававшийся в Твери его подручник князь Михаил Холмский со своими братьями, с сыном и с остальными боярами, с земскими людьми и с владыкой Кассианом приехал к Ивану Васильевичу; они ударили московскому государю челом и просили пощады. Иван Васильевич послал в город своих бояр и дьяков привести к целованию всех горожан и охранить от разорения. Потом московский государь сам въехал победителем в Тверь, так долго соперничествовавшую с Москвой. Он отдал Тверь своему сыну Ивану Ивановичу и тем как будто все еще сохранял уважение к наследственным удельным правам: Иван Иванович был сын тверской княжны и по матери происходил от тех тверских князей, которых память еще могла для тверичей быть исторической святыней. Михаил Борисович напрасно просил помощи у Казимира; польский король дал приют изгнаннику, но отрекся помогать ему и заявил об этом Ивану Васильевичу.
В 1487 году московский государь снова обратился на Казань и на этот раз удачнее, чем прежде. Партия вельмож, недовольная своим царем Алегамом, обратилась к московскому великому князю. Она хотела возвести на престол меньшого брата Алегамова Махмет-Аминя, которого мать Нурсалтан, по смерти своего мужа, казанского царя Ибрагима, вышла за крымского хана Менгли-Гирея, друга и союзника Иванова. По приказанию московского государя русские после полуторамесячной осады взяли Казань и посадили там Махмет-Аминя. Это подчинение Казани, еще далеко не полное, сопровождалось со стороны московского государя жестокостями; он приказал передушить князей и уланов казанских, державшихся Алегама; самого плененного Алегама с женой заточил в Вологде, а мать его и сестер сослал на Белоозеро.
Овладевая новыми землями, Иван Васильевич продолжал добивать Новгород. Там составился заговор против наместника Якова Захарьевича; подробности его неизвестны, но по этому поводу множество лиц было схвачено: иным отрубили головы, других повесили, а затем более семи тысяч житых людей было выведено из Новгорода. На другой год вывели и поселили в Нижнем еще до тысячи житых людей. Иван Васильевич вывел с новгородской земли тамошних землевладельцев и раздавал им поместья в Нижнем, Владимире, Муроме, Переяславле, Юрьеве, Ростове, Костроме, а в новгородскую землю переводил так называемых детей боярских с московской земли и там раздавал им поместья. Первоначально дети боярские были действительно потомки бояр, обедневшие и лишенные возможности поддерживать значение, какое имели их предки, но помнившие свое знатное происхождение, и потому вместо того, чтобы по примеру предков называться боярами, назывались только детьми их. Впоследствии этим именем стали называться служилые люди, получавшие земли с обязанностью нести службу; такое получение земли называлось «испомещением». Этою системою испомещений Иван Васильевич устроил новый род военного сословия; получавшие земли от великого князя приобретали их не в потомственную собственность, а пожизненно, с условием являться на службу, когда прикажут. Учреждение поместного владения не было новостью: по своему основанию оно существовало издавна, но Иван Васильевич дал ему более широкий размер, заменяя таким образом господство вотчинного права господством поместного. Мера эта была выгодна для его самодержавных целей: помещики были обязаны куском хлеба исключительно государю; земля их каждую минуту могла быть отнята; и они должны были заботиться заслужить милость государя для того, чтобы избежать несчастья потерять землю; дети их не могли по праву наследства надеяться на средства к существованию, и, подобно своим отцам, должны были только в милости государя видеть свою надежду. В 1489 году окончательно присоединена была Вятка. Сначала митрополит написал вятчанам грозное пастырское послание, в котором укорял их за образ жизни, несообразный с христианской нравственностью; потом великий князь отправил туда войско под начальством Данила Щени (из рода литовских князей) и Григория Морозова. Они взяли Хлынов почти без сопротивления. Иван Васильевич приказал сечь кнутом и казнить смертью главных вятчан, которые имели влияние на народ и отличались приверженностью к старой свободе; с остальными жителями московский государь сделал то же, что с новгородцами: он вывел с вятской земли землевладельцев и поселил в Боровске, Алексине, Кременце, а на их место послал помещиков московской земли; вывел он также оттуда торговых людей и поселил в Дмитрове.
Иван Васильевич щадил Псков, потому что Псков боялся его. Не раз испытывал он терпение псковичей и приучал их к покорности. Перед покорением Новгорода псковичи были очень недовольны московским наместником князем Ярославом Васильевичем: «От многих времен, – говорит местный летописец, – не бывало во Пскове такого злосердого князя». Четыре года тяготились им псковичи, умоляли Ивана Васильевича переменить его: долго все было напрасно: Иван Васильевич то нарочно тянул дело и откладывал свое решение, то брал сторону своего наместника. Когда вражда к этому наместнику во Пскове дошла наконец до драки между его людьми и псковичами, тогда великий князь обвинил псковичей, хотя и видел, что виноват был наместник. Вслед за тем он вывел этого наместника и положил на него свой гнев, но давал псковичам знать, что делает это по своему усмотрению, а не по просьбе псковичей. После покорения Новгорода Иван Васильевич обещал псковичам держать их по старине; «а вы, наша отчина, – прибавил он, – держите слово наше и жалование честно над собою, знайте это и помните». И действительно, псковичи старались помнить это и заслужить милость великого князя. Братья великого князя, призванные псковичами для защиты от немцев, прибыли во Псков со своими ратями. Вдруг псковичи узнали, что они поссорились со старшим братом. Тогда псковичи не только просили их удалиться, но даже не позволили оставить во Пскове их жен и детей. Иван, однако, не выказал псковичам большой благодарности за такое послушание: псковичи жаловались на бесчинные поступки великокняжеских послов, а Иван Васильевич сделал псковичам же за эту жалобу строгий выговор и оправдал своих послов.