Юрисдикция обоих пап внутри вселенской церкви признавалась в зависимости от политико-властных интересов. Законность Урбана VI признали Германо-римская империя, Венгрия, Польша, Скандинавские страны и Англия; к церквам, которые выразили послушание Клименту VII, принадлежали церкви таких государств, как Франция, Шотландия, Неаполь, Сицилия и государства Пиренейского полуострова. Это деление в основном отражало состав противостоящих друг другу блоков в Столетней войне. Естественно, были и исключения; так, например, австрийский герцог Леопольд занял сторону Климента. Университеты, провинции монашеских орденов, епископства сами решали вопрос о своей юрисдикции. Факт формирования национальных церквей свидетельствует о том, что церкви, как правило, следовали за линией поведения, принятой светской властью. А в монашеских орденах разделение происходило по провинциям.

Схватка двух пап завершилась бесславной вооруженной борьбой в Италии, в которой помимо французов и неаполитанцев приняли участие и венгры. Интересы Климента VII защищали французские войска, союзные с Иоанной Неаполитанской, в то время как Урбан, признавая притязания венгерских Анжу на Неаполь, мог опереться на итальянское и венгерское оружие. Рим вновь раскололся на две партии; во главе оппозиции Урбану стоял род Орсини. В начале 1379 года победу одержали наемники Урбана, так что в их руки попал и Замок Святого Ангела, и Ватикан; Урбан укрепил свою власть и в Церковном государстве. Климент VII бежал из Фонди в Неаполь, а в июне 1379 года он окончательно поселился в Авиньоне. Из своих французских сторонников он назначил новых кардиналов и в не остывших еще папских дворцах тотчас приступил к новой организации курии. Таким образом, у святой матери-церкви появилось две главы — двое пап, две курии, и соответственно поступающие из Рима и Авиньона, в равной степени претендующие на свою исключительность и законность параллельные назначения, противоречащие друг другу постановления, налагаемые и той и другой стороной налоги — все это создавало анархию в управлении церковью. В этой обстановке блюстителями распадающегося церковного порядка стали выдавать себя светские князья; от их воли зависело осуществление того или иного папского постановления, заполнение бенефиций. Тем самым соперничающие между собой папы сами предоставляли возможность государству стать над церковью и содействовать созданию национальной церковной автономии.

В то время как в масштабе Европы борьба двух пап находилась в зависимости от результатов соперничества Англии и Франции, в Италии это определялось междоусобной борьбой между членами Анжуйской династии. Королева Иоанна Неаполитанская усыновила Людовика Анжуйского, желая этим с помощью французского королевства обеспечить для себя трон. Однако венгерский король Лайош I и военачальник папы Урбана Карл Дураццо разбили французское войско и заняли Неаполь. Урбан VI лишил Иоанну неаполитанского трона и в 1381 году короновал герцога Дураццо неаполитанским королем под именем Карл III, что давало папе право быть сюзереном над Неаполем. В 1382 году по приказу Карла Иоанна была убита.

В это время римляне взбунтовались против ненавистного им Урбана VI, который навязал им новую войну. Папа бежал к своим союзникам в Неаполь. Против явно нервнобольного Урбана его собственные кардиналы начали плести заговор при поддержке Карла III. Папа раскрыл заговор и в январе 1385 года в Ноцере велел схватить шесть замешанных в заговоре кардиналов и бросить в тюрьму. Когда выяснилось и соучастие короля, курия бежала в Геную, а Урбан предал анафеме своего прежнего союзника. Увезенных с собой кардиналов — за исключением одного — он велел безжалостно убить. Действия папы, недостойные главы церкви, вызвали глубокое отвращение.

В 1386 году неаполитанское королевство попало в руки французских Анжу, что отрицательно сказалось на положении Урбана в Италии, но позволило ему в 1388 году возвратиться в Рим. Хаос и разруха по-прежнему продолжались в Вечном городе. Папе пришлось издать специальное постановление, которое запрещало использовать покинутые кардиналами дворцы и церкви в качестве каменоломен. И все же каждый облегченно вздохнул, когда осенью 1389 года полусумасшедший папа Урбан скончался. Многие, в том числе и сам Климент VII, считали, что тем самым будет восстановлено единство церкви и его признают единственным папой. Выяснилось, однако, что раскол был намного глубже. Римские кардиналы быстро достигли согласия — ведь большинство из них принадлежало к неаполитанской партии. Папой был избран малообразованный в области теологии выходец из обедневшей неаполитанской баронской семьи кардинал Томачелли, принявший имя Бонифация IX (1389–1404). Ему удалось добиться признания Неаполем и таким образом укрепить свои позиции также и в Центральной Италии.

Понтификат Бонифация IX характерен, наряду с процветающим непотизмом, также дальнейшим упадком в области финансов, дальнейшим ростом задолженности курии. Он начал продавать за деньги должности в курии и в Церковном государстве. Смысл этих сделок состоял в том, что папа продавал определенные церковные должности «навечно» за наличные деньги, выплаченные единой суммой. Покупатель затем мог извлекать из этой должности столько дохода, сколько мог. С именем Бонифация IX связана также продажа по объявленным ценам бенефиций, подпадающих под папскую резервацию, передача в аренду банкирам или желающим нажиться церковным или светским феодалам права осуществлять сбор церковных налогов.

Последним римским папой периода Великого раскола был венецианец Григорий XII (1406–1415). Он искренне желал ликвидировать раскол и уже при вступлении на престол заявил, что готов отказаться от престола, если так же поступит и авиньонский папа.

В это время авиньонская курия снова отличалась блеском и роскошью, но в политическом и материальном отношении в еще большей степени находилась под властью французского короля, чем в XIV веке. Авиньонские кардиналы после Климента VII избрали папой под именем Бенедикта XIII (1394–1423) испанца Педро де Луна. Но если Климент VII действительно пользовался поддержкой со стороны французского двора и высокоавторитетного Парижского университета, то его преемник в лучшем случае мог рассчитывать лишь на герцога Орлеанского и испанцев. После убийства в 1407 году герцога Орлеанского — под воздействием стремления Парижского университета к достижению церковного единства — французский король стал также приверженцем согласия. В таком духе в 1407 году в Савоне должны были пройти личные переговоры между римским и авиньонским папами о восстановлении единства церкви. Оба папы вошли в город во главе своих войск; одну часть города занял Григорий, а другую — Бенедикт. Святые отцы хотели сесть за стол переговоров с оружием в руках, но именно из-за этого их личная встреча так и не состоялась.

Савонский спектакль однозначно показал, что папы, исходя лишь из добрых побуждений, не смогут договориться. Французский король осадил Авиньон, и Бенедикт XIII сначала бежал в Прованс, а затем к испанцам. Инициативу взяли в свои руки университеты и духовные ордена. Все более ширилось соборное движение, к которому примкнуло также большинство кардиналов обоих пап. Уже хотя бы потому, чтобы это движение не добилось успеха без них и тем паче — против них. Тогда Парижский университет, находившийся в зените своего авторитета, разработал четыре законных пути для преодоления кризиса. Папский престол окажется незанятым, если:

1) римский и авиньонский папы по своей доброй воле взаимно откажутся от престола,

2) оба папы подчинятся решению специально созданной комиссии,

3) вопрос о судьбе папства будет решен вселенским собором,

4) обоим папам будет отказано в повиновении.

Так как два первых предложения отпали из-за сопротивления пап, а четвертое показалось слишком революционным, то все больше пробивало себе дорогу решение, отвечающее духу времени, а именно идея созыва вселенского собора. Среди церковно-политических сторонников соборного принципа наиболее значительной фигурой в коллегии кардиналов был кардинал Франческо Зарабелла, а среди теологов — профессор Парижского университета Жан Жерсон. Общепринятым стало мнение, что ставшему уже для всех неудобным расколу положить конец может лишь собор и это будет подходящим форумом также и для осуществления церковной реформы. Идея папского абсолютизма была вынуждена уйти в оборону. (Лишь во времена контрреформации эта идея окончательно победит и конциляризм будет объявлен ересью.)