Модернизм вел свое начало от помыслов прогрессивных теологов, стремившихся согласовать католическую теологию с современной наукой. Наиболее значительным представителем среди них был профессор Католического института француз Альфред Луази, который, идя по стопам протестантской библейской критики, применял метод исторической критики при изучении источников веры. Наиболее значительная работа Луази увидела свет в 1902 году, это была книга под названием «L'evangeli et l'eglise» («Евангелие и церковь»). В ней Луази сделал попытку с помощью средств современной науки подвергнуть анализу Священное писание. В 1903 году Рим включил его работу в Индекс запрещенных книг, а папа осудил применение научных методов в теологии. (Другие модернисты, такие, как французы Леруа, Альберт Хутен, итальянец Ромоло Мурри, англичанин Джордж Тиррелл, немец Дёллингер, хотели совместить современные буржуазные философские системы с католическим вероучением и этикой и провозгласили относительность догматов по сравнению с абсолютистской концепцией церкви.

Для правильного культивирования экзегетики (толкования Библии) и для воспрепятствования критики Библии, подрывающей основы незыблемости христианской религии, папа 27 марта 1906 года в своем апостолическом послании «Quoniam in re biblica» установил для теологов 18 правил изучения Библии и определил также методы ее изучения. Он одновременно осудил историко-критический метод. В 1907 году папа поручил ордену бенедиктинцев пересмотреть Вульгату [52], а 7 мая 1909 года создал папский Институт по изучению Священного писания.

Борясь с модернизмом, Пий X обязал строго и твердо придерживаться схоластики. Программа интегризма, поддерживаемая папой (в защиту цельности учения), основанная на сектантском толковании неотомизма, исходила из того, что на все вопросы частной и общественной жизни ответ следует искать в вере. Это означало, что все стороны культуры и политики — в рамках «Католического действия» — непосредственно подчиняются церковной иерархии. Другой ее целью было исключение модернизма даже административными средствами.

Первым выражением официального интегристского направления можно считать изданный Пием X 3 июля 1907 года декрет «Lamentabili sane exitu» и приложенное к нему осуждение 65 модернистских тезисов. 65 тезисов представляли собой извлечение из экзегетики и истории догматов, а также, главным образом, из произведений А. Луази и других французских авторов, включенных в 1903 году в «Индекс». 28 августа 1907 года папская инквизиция отдала распоряжение, что те священнослужители, которые и впредь будут приверженцами перечисленных заблуждений, подлежат отстранению от должностей.

Еще более одиозной была энциклика от 8 сентября 1907 года, начинавшаяся словами «Pascendi dominici gregis», которая со всей резкостью объявляла модернизм источником и скопищем всех ересей. Большая часть энциклики была сформулирована французским иезуитом кардиналом Бийо, который в 1927 году — из-за того, что Пий XI осудил «Французское действие» («Аксьон Франсез») — отказался от кардинальского звания. Согласно этой энциклике модернистом считается каждый, кто положительно относится к современным идеям. Энциклика «Pascendi» в значительной степени представляла собой комментарий к декрету «Lamentabili». Она состояла из двух частей. В первой, теоретической, части излагалась суть модернизма и давалась его критика как агностицизма, который исключает веру из средств познания. Во второй части энциклики перечислялись административные контрмеры, с помощью которых папа хотел уничтожить модернизм не только дидактическим способом, но и законодательным путем. Предписывалось подозреваемых в модернизме преподавателей удалять с кафедр; семинаристам запрещалось посещать лекции в светских университетах; ужесточалась церковная цензура. В каждой епархии, как того требовала энциклика, создавались так называемые consilium vigilantiae, в задачу которых входило отыскание следов модернизма.

Пий X ввел действительно духовную диктатуру. 7 марта 1908 года на празднике Святого Фомы в Риме торжественно был отлучен от церкви Луази. В Италии и Франции из университетов были удалены известные профессора. Папа объявил модернизмом и так называемый реформаторский католицизм, который хотел привести церковь в соответствие с прогрессом в общественной и политической области, не нанося ущерба традиционному учению церкви. В результате этого в «Индекс» попали книги немца Альберта Эрхардта «Католицизм и 20-й век», а также три работы венгра Оттокара Прохаски.

Во главе антимодернистских атак стоял кардинал Умберто Бенини. По настоянию интегристов 1 сентября 1910 года папа в послании, начинавшемся со слов «Sacrorum Antistium», потребовал, чтобы священники, префекты и теологи давали антимодернистскую присягу. Того, кто возражал, отлучали от церкви. Против модернистов была предпринята по масштабам и характеру настоящая средневековая травля, жертвами которой пало много таких теологов, которые обвинялись в ошибках лишь за то, что не поддержали неотомизм, хотя модернистами вообще не были. Кардинал Бенини — с ведома Пия X — создал тайную службу «Sodalitum Pianum», которая быстро превратилась в устрашающее учреждение. (Папа укрепил эту насчитывавшую около 1000 человек организацию, подчинив ее консисторской конгрегации.) Интегристская тайная служба имела досье на каждого чем-то выделяющегося теолога и церковного деятеля; ее филиалы действовали в Милане, Фрейбурге, Вене, Берлине, Кельне, Женеве, Брюсселе и Париже.

Пий X, используя также административные средства, ликвидировал модернизм, проявившийся в политическом католицизме. О возврате папы к реакционной соотносительно с эпохой политике свидетельствует тот факт, что во Франции на первых порах его симпатии были на стороне «Французского действия». В то же время в своем послании от 25 августа 1910 года, адресованном французским епископам, папа запретил движение прогрессивных католиков «Sillon». Но в католическом движении во Франции была потребность большая, чем когда-либо раньше. В 1904 году были прерваны дипломатические отношения со Святым престолом, национализированы церковные школы, а в 1905 году был принят закон об отделении церкви от государства. Закон обеспечивал свободу совести и вероисповедания, а также полную свободу церкви, но лишил ее государственной поддержки. В отделении церкви от государства папа видел лишь отрицательные стороны, поэтому в 1906 году он выступил против него и запретил также французским католикам организовываться в автономные церковные общества (энцикликами «Vehementer nos» и «Gravissimi officii numere»).

Противоречиво складывалась политика папства в Италии. Для осуждения итальянского модернизма существовали также политические причины. Мурри и итальянские христианские демократы противились тому, чтобы папа вмешивался в политические дела; они хотели организовать автономную, народную и демократическую партию. Однако папа упорно отклонял мысль о создании итальянской католической политической партии. Что касается основных принципов, то он был приверженцем «Non expedit!» («Не разрешать!») и верующих-католиков желал во всех отношениях подчинить иерархии. Органом этого движения было «Католическое действие», предложенное папой в троицын день, 11 июня 1905 года, в энциклике «Il fermo Proposito». В 1906 году папа осудил Мурри, а в 1907 — отстранил его от должности священника. В 1908 году Мурри и его единомышленники добровольно покинули церковь, но Пий X отлучил их от церкви, ибо Мурри дал согласие на избрание его депутатом парламента.

В действительности же Пий X был с самого начала не против политики, а лишь против прогрессивной католической политики. С момента вступления на папский престол он ослабил трактовку «Non expedit!», основываясь на положительном опыте Венеции, признавал возможность участия в политике на уровне местного самоуправления. Более терпимым к национальному государству его сделали народное происхождение, естественный итальянский патриотизм и то, что он прежде никогда не входил в курию. Пий в первую очередь выказывал понимание там, где речь шла о сплочении буржуазных сил против социалистов. В 1905 году в связи с успехами социалистов он разрешил католикам при поддержке церковной иерархии участвовать в парламентских выборах там, где избранию кандидата-социалиста и антиклерикала другими путями нельзя помешать. В 1909 году уже 24 депутата, называвшие себя католиками, заняли место в парламенте (из 484). В 1913 году пакт католиков и либерала Джолитти на парламентских выборах означал дальнейший подрыв принципа «Non expedit!».