Почти независимые от хана владения татарской знати он преобразовал в шесть наместничеств-каймаканств — Бахчисарайское, Акмечетское, Карасубазарское, Гезлевское, или Евпаторийское, Кафинское, или Феодосийское, и Перекопское. Кай-маканства состояли из 44 кадылыков — округов, в которых насчитывалось 1474 деревни с 13 323 дворами. Ханом были конфискованы вакуфы — земли крымского духовенства. При попытке Шагин Гирея создать армию европейского типа в ноябре 1777 г. начался бунт. Разъяренные мятежники разграбили дворец Шагина и изнасиловали всех жен из его гарема. После высадки в Крыму в декабре 1777 г. назначенного в Стамбуле ханом Селим Гирея III, восстание охватило весь Крымский полуостров. Началась гражданская война. Восставшие против Шагин Гирея татары были разбиты русскими войсками.
Выздоровевшему Прозоровскому удалось убедить Румянцева убрать из Крыма Суворова. 29 ноября 1777 г. фельдмаршал назначил Суворова командовать Кубанским корпусом.
Но, увы, дела у Прозоровского без Суворова шли плохо. 23 марта 1778 г. Прозоровский был смещен, и вместо него командующим войсками Крыма и Кубани стал Суворов. 27 апреля Александр Васильевич прибыл в Бахчисарай. Он разделил Крым на четыре территориальных округа, организовал по побережью линию постов на расстоянии по 3–4 км между ними. Русские гарнизоны размещались в крепостях и сорока укреплениях — ретраншементах, фельдшанцах, редутах, вооруженных 90 орудиями.
16 мая 1778 г. Суворов обратился к своим войскам со специальным приказом, по которому русские должны были «соблюдать полную дружбу и утверждать обоюдное согласие между россиян и разных званиев обывателей».
В мае 1778 г. 10 турецких судов под командованием Гаджи-Мегмета бросили якоря в Ахтиарской бухте (на месте будущего Севастополя). 7 июня высадившиеся на берег турки атаковали русский дозор и убили казака. Туда немедленно поскакал Суворов. Суворов первым делом потребовал у турецкого адмирала найти и наказать убийцу. В ожидании ответа генерал-поручик поехал осматривать Ахтиарскую бухту. Его внимание привлек сравнительно узкий вход в бухту. Там он приказал построить земляные укрепления для «приличной артиллерии».
Как и следовало ожидать, Гаджи-Мегмет прислал письмо с уверениями в дружбе, но наказывать виновных не собирался. Суворов не стал вступать в полемику с турком. А в ночь на 15 июня по обеим сторонам бухты шесть пехотных батальонов приступили к постройке укреплений. Поутру разъяренный Гаджи-Мегмет разглядывал в трубу укрепления русских, закрывавшие ему выход в море. Немедленно к Суворову был отправлен посыльный с письмом, где запрашивалось, зачем русским понадобилось строить столь мощные укрепления.
Ответ Суворова не замедлил себя ждать: «Дружески получа ваше письмо, удивляюсь нечаянному вопросу, не разрушили ли мы обосторонней дружбы… к нарушению взаимного мира никаких намерений у нас нет, а напротив, все наше старание к тому одному устремлено, чтобы отвратить всякие на то неприязненные поползновения и чтоб запечатленное торжественными великих в свете государей обещаниями содружество сохранить свято. Итак, мой приятель, из сего ясно можете видеть мою искреннюю откровенность и что сумнение ваше выходит из действий вашей внутренности…».
Мало того, по всей бухте были расставлены многочисленные конные и пешие посты русских, которые под угрозой оружия не разрешали туркам высаживаться на берег. Офицерам это Суворов объяснил карантином против чумы, свирепствовавшей в Турции. Оставшись без воды, Гаджи-Мегмет приказал уходить в Синоп. Больше турецкие корабли здесь не появятся до 1918 г.
Дважды, в июле и августе 1778 г., турецкий флот численностью до 170 вымпелов появлялся в Феодосийском заливе с целью высадки десанта. Но в обоих случаях турки видели на берегу скопления русских войск, а с моря подходили суда Азовской флотилии. Турки надеялись повторить то, что сделали Прозоровский с Суворовым, — тихо, без большой баталии влезть в Крым и поставить ханом своего человека. Но времена изменились. Крым, формально еще независимый, фактически уже был русским. Изменить же ситуацию могла лишь большая война с Россией. А ее на тот момент султан не хотел, а главное, не были готовы турецкие армия и флот. В итоге турецкий флот вынужден был удалиться из Феодосийского залива в Константинополь.
Не сумев добиться своего силой, турки решили взять реванш на дипломатическом поприще. Кстати, переговоры с турками в Стамбуле шли почти непрерывно с 1775 г. Их начал князь Н.В. Репнин, затем продолжили А.С. Стахиев и А.В. Марков. Переговоры закончились подписанием 10 марта 1779 г. Айналы-Кавакской изъяснительной конвенции. Все основные статьи Кючук-Кайнарджийского договора были подтверждены. Главные артикулы конвенции подтверждали пол- ную административную независимость Крыма от Порты. Россия должна была вывести свои войска с Крымского полуострова и, как и Турция, не вмешиваться во внутренние дела ханства. Турция признала Шагин Гирея крымским ханом. Турция подтвердила независимость Крыма и право свободного прохода Босфора и Дарданелл для русских торговых судов. Российские войска, оставив шеститысячный гарнизон в Керчи и Еникале, в середине июня 1779 г. ушли из Крыма и Кубани.
Как видим, туркам удалось добиться на бумаге значительных успехов. Но время работало на Россию.
Осенью 1781 г. старший брат крымского хана Батырь Гирей, приверженец старинных обычаев, живший в Тамани, начал открыто призывать к свержению Шагин Гирея. В начале 1782 г. его публично поддержал крымский муфтий (главный богослов у мусульман и толкователь Корана). Шагин Гирей жестоко расправился с оппозицией — муфтий и еще двое знатных мурз были повешены. Это вызвало всеобщее недовольство татар. Родственник Шагин Гирея Махмут Гирей поднял восстание. Восставшие захватили Бахчисарай. Шагин Гирею снова пришлось бежать под защиту русских войск в Керчь. А Батырь Гирей переехал в Кафу и при поддержке Порты был провозглашен ханом Крыма. В это время в Никополе был сформирован новый корпус русских войск, который и направился к Карасубазару. Отряд Алим Гирея, насчитывающий несколько тысяч мятежных сторонников Батырь Гирея, пробовал остановить продвижение русских войск. Но в первом же бою татары были рассеяны, а Батырь Гирей попал в плен. Шагин Гирей снова был восстановлен в звании крымского хана.
Вернувшись в Бахчисарай, Шагин Гирей немедленно начал массовые казни своих противников. Махмут Гирей был публично побит камнями. Узнав об этом, Екатерина повелела Потемкину «объявить хану в самых сильных выражениях», чтобы он прекратил казни и отдал «на руки нашего военного начальника родных своих братьев и племянника, также и прочих, под стражею содержащихся». Так, вмешательство императрицы спасло жизнь Батырь, Арслан и Алим Гиреям.
Потемкин отправил Екатерине секретную «записку», где говорилось: «Крым положением своим разрывает наши границы. Нужна ли осторожность с турками по Бугу или со стороны Кубанской — во всех сих случаях и Крым на руках. Тут ясно видно, для чего хан нынешний туркам приятен: для того, что он не допустит их через Крым входить к нам, так сказать, в сердце. Положите же теперь, что Крым Ваш и что нет уже сей бородавки на носу, — вот вдруг положение границ прекрасное: по Бугу турки граничат с нами непосредственно, потому и дело должны иметь с нами прямо сами, а не под именем других. Всякий их шаг тут виден. Со стороны Кубанской сверх частых крепостей, снабженных войсками, многочисленное войско донское всегда тут готово. Доверенность жителей в Новороссийской губернии будет тогда несумнительна, мореплавание по Черному морю свободное… Приобретение Крыма ни усилить, ни обогатить Вас не может, только покой доставит».
Шагин Гирей оказался в безвыходном положении: с одной стороны он был ненавидим большинством татарского населения, с другой — русские отказали ему в поддержке. Единственным выходом было отречение, и в феврале 1783 г. Шагин Гирей отрекся от ханского престола.
В апреле 1783 г. Екатерина издала манифест «О принятии полуострова Крымского, острова Тамана и всей Кубанской стороны под Российскую державу». В нем говорилось: «В прошедшую с Портой Оттоманскою войну, когда силы и победы оружия Нашего давали Нам полное право оставить в пользу Нашу Крым, в руках Наших бывший, Мы сим и другими пространными завоеваниями жертвовали тогда возобновлению доброго согласия и дружбы с Портою Оттоманскую, преобразив на тот конец народы татарские в область вольную и неза- висимую, чтобы удалить навсегда случаи и способы к распрям и остуде, происходившим часто между Россиею и Портою в прежнем татар состоянии… Но ныне… по долгу предлежащего Нам попечения о благе и величии Отечества, стараясь пользу и безопасность его утвердить, как равно полагая средством, навсегда отдаляющим неприятные причины, возмущающие вечный мир между империями Российскою и Оттоманскою заключенный, который Мы навсегда сохранить искренно желаем, не меньше же и в замену и удовлетворение убытков Наших, решилися Мы взять под державу Нашу полуостров Крымский, остров Таман и всю Кубанскую сторону».