Дарнлей в последние месяцы своей жизни пытался представить себя поборником интересов лагеря контрреформации, обращался за поддержкой к Филиппу II и римскому папе. Но его прошлое поведение было настолько двусмысленным, что в Мадриде и Риме его явно не могли считать ревностным католиком, которого следует предпочесть Марии Стюарт. Поведение Марии, заманившей Дарн-лея в Эдинбург, может быть объяснено политическими мотивами - боязнью его бегства за границу. Роль заботливой жены, которую королева играла в Кирк о'Филде, могла объясняться тем, что она стремилась таким образом «узаконить» ожидавшегося ею ребенка. (Мария в прошлом не раз ошибочно считала себя беременной, и сама могла быть источником ходивших на этот счет слухов.) Одним словом, существует множество косвенных данных, уличающих королеву в участии в заговорах против ее мужа, что, однако, отнюдь не равнозначно ее прямой причастности или просто согласию на взрыв в Кирк о'Филде.
После убийства Дарнлея, потерпев поражение в борьбе с шотландскими лордами-протестантами, Мария Стюарт бежала в Англию. Елизавета приказала держать ее под арестом и организовала суд, чтобы формально снять с шотландской королевы обвинение в убийстве мужа. Во время первого процесса Марии Стюарт на ее сторону фактически перешел один из членов судившей ее комиссии - Томас Говард, герцог Норфолк. Вражда с главным министром Сесилом и фаворитом Елизаветы герцогом Лейстером, несогласие с проводимым ими антииспанским курсом во внешней политике, а главное - такая заманчивая цель, как шотландская корона, побудили герцога Норфолка искать руки Марии Стюарт. Разгневанная Елизавета приказала обвинить Норфолка в государственной измене на основании того, что, мол, шотландская королева не отказывалась от своих прав на английский престол (как утверждала сама Мария - только от права наследовать Елизавете, но эта оговорка не принималась во внимание английским правительством).
В 1569 году в северных графствах Англии вспыхнуло восстание - народное недовольство, как это не раз случалось во времена Реформации, вылилось в движение под знаменем католицизма. Как уже упоминалось, в феврале 1570 года папа Пий V издал буллу, отлучающую Елизавету I от католической церкви (к которой она, впрочем, и не принадлежала) и, главное, освобождающую подданных от присяги «королеве-еретичке». Булла эта была издана в расчете на восстание, уже, однако, жестоко подавленное к моменту ее опубликования.
Папская булла содержала немало юридических неясностей и неточностей, и они были сразу же использованы ловкими английскими интерпретаторами, чтобы привести доводы для несоблюдения ее британскими католиками (большинство из которых нуждалось для этого лишь в благовидном предлоге). Как бы то ни было, никаких заметных признаков неповиновения правительству Елизаветы - после подавления восстания в северных графствах - так и не последовало. Тем не менее интенсивная католическая пропаганда - особенно с помощью эмиссаров, присылаемых из-за границы, - приносила некоторые плоды. А воображение английской католической эмиграции безмерно преувеличивало достигнутые, по всей вероятности весьма ограниченные, успехи. Позднее руководитель этой эмиграции доктор (впоследствии кардинал) Уильям Аллен слышал от лиц, прибывших из Англии, будто «число тех, кто ежедневно возвращается в лоно католической церкви, превосходит всякое вероятие, что один из посланных Римом миссионеров обращал в католичество не менее 80 человек в день» .
Восставшим в 1569 году не удалось освободить Марию Стюарт, а герцог Норфолк, которого стоявшие во главе восстания католические феодалы собирались сделать главнокомандующим повстанческой армией, струсил, предал своих сообщников и, явившись по приказу Елизаветы в Лондон, был посажен в Тауэр. Поскольку против Норфолка не было прямых улик, его выпустили из тюрьмы, но оставили под домашним арестом. Это не помешало вовлечению герцога в «заговор Ридольфи».
Флорентийский банкир Роберто Ридольфи, по имени которого назван заговор, выступал в качестве агента римского папы, короля Филиппа II и его кровавого наместника в Нидерландах герцога Альбы. Итальянец поддерживал тесные связи с испанским послом доном Герау Деспесом, с католическим епископом Лесли - послом Марии Стюарт при английском дворе, сластолюбивым жуиром и трусом, готовым на любое предательство. При тайном свидании с Ридольфи герцог Норфолк обещал в случае получения денежной субсидии поднять восстание и держаться до прибытия из Нидерландов испанской армии численностью 6 тысяч человек. Планы заговорщиков предусматривали убийство Елизаветы. Однако Альба счел планы Ридольфи трудноосуществимыми и к тому же сомневался в том, что удастся сохранить в тайне заговор, в который итальянец успел посвятить слишком многих. Альба предпочитал избавиться от Елизаветы с помощью наемного убийцы, о чем и сообщил Филиппу II. Ридольфи счел необходимым уведомить о положении дел епископа Лесли, герцога Норфолка и еще одного заговорщика - лорда Лэмли. Курьером он выбрал молодого фламандца Шарля Байи, неоднократно бывавшего в Англии.
Байи бегло говорил по-английски и на нескольких других языках, и поэтому ему удавалось легко менять обличье, обманывая бдительность властей. Но на этот раз - дело происходило в апреле все того же 1571 года - счастье изменило фламандцу. В Дувре при таможенном досмотре у него обнаружили изданное во Фландрии на английском языке сочинение епископа Лесли «Защита чести Марии, королевы шотландской», в котором недвусмысленно обосновывались ее права на престол. Одного такого мятежного произведения было вполне достаточно для ареста Байи. Кроме того, у него были изъяты еще какие-то подозрительные бумаги и письма, явно написанные шифром. На них не были указаны адресаты, стояли лишь числа 30 и 40. Арестованный уверял, что его попросту попросили доставить эти письма в Лондон и что ему не известны ни имена лиц, которым они адресованы, ни шифр, которым они написаны. Вскоре же, однако, выяснилось, что Байи лгал. При более тщательном обыске под подкладкой его камзола был обнаружен шифр. Не оставалось сомнений, что в руки властей попали нити нового заговора против королевы. Губернатор южных портов сэр Уильям Кобгем, который допрашивал Байи, решил, не теряя времени, отправиться с захваченными бумагами к главному королевскому министру Уильяму Сесилу, лорду Берли. При допросе присутствовал брат губернатора Томас Кобгем, тайно принявший католичество. Фламандец успел обменяться с ним многозначительными взглядами. После этого Томас неожиданно заявил, что, если бумаги попадут к лорду Берли, герцог Норфолк - конченый человек. Губернатор, однако, не стал слушать брата и приказал подать лодку. Томас взялся сопровождать его и по дороге снова стал настойчиво убеждать не торопиться с передачей бумаг главному министру. Уильям Кобгем заколебался, сообразив, что речь идет о заговоре, организованном Ридольфи, с которым он и сам был как-то связан, и боялся, что это обстоятельство выплывет наружу.
Кобгем понял, что не в его интересах передавать бумаги Уильяму Сесилу. Но скрыть их было еще опаснее. Лорд Берли все равно бы вскоре узнал об аресте Байи и его допросе Уильямом Кобгемом. Лодка уже приближалась к дому Берли, надо было на что-то решиться, и… Кобгем приказал повернуть обратно. Он пошел на хитрость. Бумаги были отправлены Джону Лесли с вежливой просьбой к епископу как иностранному послу явиться на следующий день к губернатору и вместе с ним распечатать и прочесть полученную корреспонденцию. Иначе говоря, Кобгем давал шотландцу драгоценное время для подмены бумаг. Почтенного прелата не надо было просить дважды. Он сразу ринулся к испанскому послу дону Герау Деспесу. Началась лихорадочная работа. Взамен подлинных писем были составлены подложные, написанные тем же шифром. Для правдоподобия в них содержались полемические выпады в адрес королевы, но было опущено все, что могло бы навести на мысль о существовании антиправительственного заговора. В пакет даже были дополнительно вложены другие подлинные письма, которыми обменивались заговорщики, но в которых не содержалось никаких улик. Настоящие же письма, полученные от Ридольфи, были отправлены Норфолку и лорду Лэмли. Теперь Кобгем мог переслать фальсифицированную корреспонденцию по прямому назначению - лорду Берли, а Лесли, играя свою роль, даже официально потребовал возвращения адресованных ему писем, на которые распространялась дипломатическая неприкосновенность.