Русское правительство готовилось начать войну в 1482 году: в Нижний была отправлена артиллерия с иностранными инженерами, в том числе знаменитым Аристотелем Фиораванте во главе, войско же собиралось к Владимиру, и сам Иван III предполагал выступить в поход. Однако, война была предотвращена, так как казанское правительство начало дипломатические переговоры о сохранении мира.[38]

Русские летописи совершенно не освещают казанских событий, происходивших между 1482 и 1487 годами, но этот пробел пополняется разрядными книгами. Этот источник был отчасти использован Карамзиным, сделавшим ссылку на разрядную книгу Бекетова,[39] и Соловьевым, который дал выписку из разрядной книги Московского Архива мин. ин. дел,[40] но впервые на него обратил должное внимание Вельяминов-Зернов, который имел в своем распоряжении еще одну разрядную книгу — Башмакова. Вельяминов-Зернов говорит: "Если б о Казани за эпоху Ильгама (т. е. хана Али) только и были те данные летописей и Герберштейна, которые мы привели, то мы бы смело могли сказать, что эта эпоха составляет один из самых темных периодов истории Казанского ханства. Но существует еще один источник, на который до сих пор, сколько мне известно, не было обращено должного внимания. В виду у меня разрядные книги… Сведения, находимые в Башмаковской разрядной книге, значительно пополняют пробел между 1484 и 1487 г..[41] [46]

В этот период русское правительство постоянно вмешивалось во внутренние дела Казанского ханства и из экономических соображений оказывало военную помощь то одной партии, то другой. В 1484 году в Казани одержала верх русская партия, на поддержку которой приходило московское войско; хан Али был низложен с престола, и ханом был провозглашен Мухаммед-Эмин. Новое правительство, действовавшее именем 16-летнего хана, оказалось неработоспособным. Восточная партия снова ободрилась, и даже русское правительство нашло целесообразным ее поддержать: в следующем же 1485 году московское государство решило восстановить в Казани прежнее правительство и прислало с этой целью войско. Мухаммед-Эмин должен был покинуть Казань, и престол был вновь занят ханом Али. События следующего 1486 года в русских источниках противоречат друг другу, так как имена ханов в них перепутаны. Совершенно очевидно, что середина 80-х годов была наполнена в Казани гражданскими войнами, в которых принимало участие и русское правительство, посылавшее войско к Казани и добивавшееся экономических выгод. Партийная борьба происходила с переменным успехом, но только отдельные эпизоды ее вскользь упоминаются в русских источниках. Следы этой борьбы отражаются в сообщениях о том, что казанское правительство в 1486 году обращалось к русским с просьбою прислать войска "для береженья", так как русская партия пыталась выслать в Москву своих противников и претендента восточной партии; что восточная партия оказала энергичное сопротивление и пыталась свергнуть правительство, которому удалось снова вернуть себе власть лишь при помощи русского войска.

Весной 1487 года состоялся второй большой поход русских против Казани. Попытка хана Али задержать наступление неприятельской армии окончилась неудачею, и 18 мая русские начали осаду столицы. Во время осады из Казани постоянно делались вылазки, а с тыла русским наносил сильный урон конный отряд князя Али-Газы. Русским удалось разбить Али-Газы и затем обложить Казань тесным кольцом. Среди защитников не было единодушия, и русская партия настойчиво требовала заключения мира. Герберштейн говорит, что сами казанцы низложили хана Али и выдали его русским. 9-го июля городские ворота были открыты для осаждавших, и русское войско вступило в Казань.

Хан Али, его жены, мать — царица Фатима, сестры и братья Мелик-Тагир и Худай-Кул были арестованы и отправлены в Россию[47]. На престол вновь был возведен Мухаммед-Эмин. Видные деятели восточной партии были преданы казни. Русское правительство расправилось с ханским семейством по своему усмотрению. Хан Али с женами был сослан в Вологду, куда в 1480 г, был также сослан крымский царевич Хайдар, сын Хаджи Гирея, только что выехавший на службу в Россию.[42] Царица Фатима, царевичи и царевны были сосланы в Белозерскую область — в отдаленный городок Карголом.

Соседние мусульманские государства не остались равнодушными к судьбе хана Али: перемена режима в Казани была далеко не безразличною для торговых сношений, и со стороны Ногайского княжества и Сибирского ханства последовал протест по поводу низложения хана Али. Сибирский хан Ибак писал московскому государю: "Ты мне брат: я государь мусульманский, а ты христианский. Хочешь ли быть в любви со мною? Отпусти моего брата, хана Али. Какая тебе польза держать его в неволе. Вспомни, что ты, заключая с ним договоры, обещал ему доброжелательство и приязнь".[43] Ногайское правительство присоединило к своему протесту экономическое требование, имевшее в виду облегчение торговых сношений — право свободного въезда в Россию ногайских купцов и право безпошлинного ввоза товаров. Русское правительство отказалось освободить хана Али и изъявило согласие на установление торговых сношений лишь при том условии, если сибирское правительство казнит казанских эмигрантов, сторонников хана Али, которые готовили нападение на Казанское ханство. Свое требование русское правительство подкрепило арестом одного из ногайских послов.

Ханское семейство навсегда осталось в плену. Хан Али скончался в Вологде, и только одна из его жен после его смерти была освобождена из-под ареста и, согласно обычаю, на ней женился Мухаммед-Эмин. Царица Фатима и царевич Мелик-Тагир умерли в Карголоме. Сыновья Мелик-Тагира были крещены с именами князей Василия и Федора; из них Федор Мелик-Тагирович был в 1531 г. наместником в Новгороде. Царевич Худай-Кул, выросший в русском плену, впоследствии был доставлен из ссылки в Москву и освобожден из-под ареста. В 1505 г. он крестился с именем царевича Петра Ибрагимовича[48] и женился на сестре великого князя Василия Евдокии Ивановне. Он умер 1523 году и был погребен в Архангельском соборе в Москве. У Худай-Кула было две дочери, обе по имени Анастасии. Старшая из них была замужем за кн. Федором Михайловичем Мстиславским, младшая — за кн. Василием Васильевичем Шуйским, у А. П. Мстиславской был сын Иван Федорович, дочь которого Анастасия Ивановна вышла замуж за бывшего Касимовского хана Саин-Булата, крестившегося с именем Симеона Бекбулатовича. У А. П. Шуйской была дочь Марфа Васильевна, бывшая замужем за кн. Дмитрием Ивановичем Бельским. В эпоху учреждения опричнины потомки ханов Казанских играли видную роль, благодаря своему происхождению, и Иван IV выдвинул их на первое место среди русских князей, оказавшихся в «земщине». Симеон Бекбулатович был назначен "царем всея Руси", князья И. Ф. Мстиславский и И. Д. Бельский были поставлены во главе земщины в качестве бояр. [49]