Назначение командующего и формирование высшего командования означали по крайней мере внешне — завершение процесса обособления РОА, становления ее как самостоятельной единицы. Действительно, вскоре стало ясно, что Освободительная армия обрела самостоятельность, по крайней мере, в двух таких важных областях, как военное правосудие и военная разведка. О военном суде мы располагаем лишь обрывочными данными, однако из них ясно, что при штабе армии была учреждена должность главного военного прокурора, были предприняты попытки создать судебный инстанционный порядок движения „сверху донизу“ и в сотрудничестве с юридическим отделом КОНР разработать инструкции и предписания для прокурорского надзора и проведения судебных процессов. Имеется невольное свидетельство советской стороны о том, что Власов, будучи главнокомандующим, выполнял также функции верховного судьи РОА: на московском процессе 1946 года ему инкриминировался расстрел нескольких „военнопленных“. На самом деле история такова. Шесть бойцов РОА, приговоренные военным судом к смертной казни за шпионаж в пользу СССР, в апреле 1945 года находились под арестом в районе штаба воздушных сил РОА в Мариенбаде, так как только там имелись помещения, откуда невозможно было бежать. Власову во время его пребывания в Мариенбаде показали приговор, который он, по свидетельствам очевидцев, утвердил крайне неохотно, да и то лишь после того, как ему доказали, что нелогично убеждать немцев в автономии РОА и при этом отказываться от выполнения основных юридических функций. Самостоятельность РОА проявилась и в том, что военный суд 1-й дивизии в последние дни войны приговорил к смертной казни немецкого офицера Людвига Каттерфельда-Куронуса по обвинению в шпионаже в пользу Советского Союза.

Что касается разведывательной службы, то вначале и военная, и гражданская разведка находились в ведении управления безопасности, созданного при КОНР по настоянию русских под руководством подполковника Н. В. Тензорова. Это был человек с характером, хотя и никогда не занимавшийся подобными делами, бывший физик, сотрудник одного из харьковских научно-исследовательских институтов. Его заместителями были майор М. А. Калугин, бывший начальник особого отдела штаба Северокавказского военного округа, и майор А. Ф. Чикалов. Отделом контрразведки руководил майор Крайнев, следственным отделом — майор Галанин, отделом секретной корреспонденции — капитан П. Бакшанский, отделом кадров — капитан Зверев. Часть офицеров разведки — Чикалов, Калугин, Крайнев, Галанин, майоры Егоров и Иванов, капитан Беккер-Хренов и другие — раньше работали в НКВД и, очевидно, имели какое-то представление о работе тайной полиции. Возможно, и остальные, хотя и были до войны рабочими, архитекторами, режиссерами, директорами школ, нефтяниками, инженерами или юристами, тоже оказались хорошими разведчиками. Были в этом отделе и представители старой эмиграции, как, например, офицер для особых поручений капитан Скаржинский, старший лейтенант Голубь и лейтенант В. Мельников.

После переезда штаба армии из Берлина на полигон Хейберг в Вюртемберге (к месту обучения войск) в феврале 1945 года военная разведка организационно отделилась от гражданской, и под наблюдением генерал-майора Трухина началось создание собственной разведывательной службы РОА. Разведывательный отдел, организованный в штабе армии, был, как уже упоминалось, доверен майору, а затем подполковнику Грачеву, выпускнику Академии имени Фрунзе. 22 февраля 1945 года отдел был разделен на несколько групп: разведданные о противнике — во главе с лейтенантом А. Ф. Вронским; разведка — ею командовал сначала капитан Н. Ф. Лапин, а затем старший лейтенант Б. Гай; контрразведка — командир майор Чикалов. По приказу генерал-майора Трухина от 8 марта 1945 годаотдел получил пополнение, так что кроме начальника в нем работал теперь двадцать один офицер: майор Чикалов, четыре капитана (Л. Думбадзе, П. Бакшанский, С. С. Никольский, М. И. Турчанинов), семь старших лейтенантов (Ю. П. Хмыров, Б. Гай, Д. Горшков, В. Кабитлеев, Н. Ф. Лапин, А. Скачков, Твардевич), лейтенанты А. Андреев, Л. Андреев, А. Ф. Вронский, А. Главай, К. Г. Каренин, В. Лованов, Я. И. Марченко, С. Пронченко, Ю. С. Ситник). Позже в состав отдела вошли капитан В. Денисов и другие офицеры.

После войны на некоторых сотрудников разведслужбы пало подозрение в том, что они были агентами Советов. Речь идет, в первую очередь, о капитане Беккере-Хренове, опытном контрразведчике, занимавшем в Красной армии пост начальника особого отдела танковой бригады, и о старшем лейтенанте Хмырове (Долгоруком). Оба фигурировали на московском процессе 1946 года как свидетели обвинения, причем последний выдавал себя за адъютанта Власова. Загадочна и роль начальника контрразведки РОА майора Чикалова, служившего в пограничных войсках НКВД, затем политработника крупного партизанского объединения, действовавшего в районе Днепр — Плавня. Чикалов попал в плен в конце 1943 года вместе с командиром этой группы майором И. В. Кирпа (Кравченко), и в 1944 году оба присоединились к Освободительному движению. У руководителей РОА не было никаких сомнений в подлинности духовного переворота Чикалова, однако, по некоторым сведениям, Власова еще в 1944 году предупреждали, что доверять Чикалову не следует. После войны Чикалов действовал в Западной Германии как советский агент и в 1952 году, незадолго до разоблачения, был отозван в СССР. Примечательна в этой связи статья бывшего старшего лейтенанта Хмырова в советском еженедельнике „Голос Родины“, где утверждается, что Чикалов был убит в Мюнхене в 1946 году, причем Хмыров клеветнически связывает с этим убийством полковника Позднякова. Будучи начальником отдела кадров, Поздняков как никто знал офицеров штаба армии и даже после войны сохранил некоторые анкеты. В одной из своих статей Поздняков писал, что Чикалов был несимпатичен ему как бывший чекист, подчеркивая, однако, что никаких претензий к работе Чикалова у него не было и что послевоенные дела могут не иметь Никакой связи с делами военных лет. Впрочем, Поздняков вообще категорически отрицал, что советским агентам удалось пробраться в разведывательный отдел.

Отдел столкнулся с трудностями другого рода. Такими, например, как методы работы офицера контрразведки 1-й дивизии РОА капитана Ольховника (Олчовика), который привык действовать самостоятельно и о результатах докладывал только командиру дивизии генерал-майору С. К. Буняченко, не осведомляя разведывательный отдел штаба армии. К тому же сведения контрразведки часто оказывались незначительными, касались некомпетентных высказываний того или иного офицера или солдата, нарушений дисциплины, пьянства на службе, использования бензина для частных поездок и т.д., и Трухин, для которого важнее всего было выявление советских связей, всерьез задумывался над тем, чтобы заменить майора Чикалова капитаном Беккером-Хреновым, которому он еще в 1944 году хотел присвоить звание подполковника. Пока группа контрразведки с переменным успехом боролась против советского шпионажа, группа разведки наконец-то занялась делами, не предназначенными для немецких глаз: по распоряжению генерал-майора Трухина попыталась в конце войны установить связи с американскими войсками. В целом на работе разведывательной службы штаба РОА сначала отрицательно сказывалось недоверие немецкой контрразведки, затем организационные неполадки и ревнивое отношение со стороны добровольческих объединений, не подчиненных Власову. Тем не менее разведслужба достигла определенных успехов.