Испанская кампания Цезаря заняла июль — август 49 г. На территории Испании было сосредоточено семь легионов Помпея. Несмотря на кратковременность военных действий, кампания оказалась очень напряженной. Она закончилась капитуляцией помпеянских войск при Илерде. После этого Цезарь снова возвращается в Рим. Здесь его провозглашают диктатором, но пребывает он в этой должности всего одиннадцать дней: он складывает с себя диктаторские полномочия, поскольку избирается консулом на 48 г. В январе этого же года Цезарь с шестью легионами пехоты и несколькими отрядами конницы высаживается на западном побережье Балканского полуострова, в районе Аполлонии.
Положение Цезаря в начале балканской кампании было крайне рискованным. Военные силы Помпея превосходили Цезаревы войска чуть ли не вдвое, но главное преимущество заключалось даже не в этом: на стороне Помпея был почти весь римский флот, что давало ему возможность полностью контролировать балканское побережье и бесперебойно снабжать свою армию. Только медлительностью и странной нерешительностью, вообще говоря несвойственной Помпею, можно объяснить тот факт, что он не использовал столь благоприятный момент для нападения на Цезаря.
Зато Цезарь, как только ему удалось получить подкрепления, приступил к самым решительным действиям. Произошло сражение у Диррахия, в котором военное счастье склонилось, однако, на сторону Помпея. Войско Цезаря потерпело довольно серьезное поражение, но Помпей не сумел развить свой успех. Недаром позднее Цезарь признавался в том, что «война могла бы быть в этот день закончена, если б враги имели во главе человека, умеющего побеждать».
После сражения при Диррахии в лагере Помпея все воспрянули духом, царило ликование. Сам Помпей писал письма чужеземным царям, городам и полководцам в тоне победителя. Многие считали, что уже следует переправляться в Италию, посылали в Рим друзей и слуг, чтобы заранее купить дома вблизи Форума в расчете на занятие высших должностей. Как рассказывает Плутарх, три видных помпеянца — Спинтер, Домиций и Сципион — яростно спорили между собой из–за должности верховного жреца, которую занимал в то время Цезарь.
Что касается Цицерона, то, насколько нам известно, он принадлежал к немногочисленным скептикам, сомневавшимся даже после Диррахия в конечном успехе всего предприятия. «Он не скрывал своего раскаяния, — пишет Плутарх, — но, ставя ни во что приготовления Помпея, порицая все его планы, осыпая язвительными шутками союзников, расхаживал по лагерю всегда угрюмый, без тени улыбки на устах, вызывая, однако, неуместный и ненужный смех своими остротами».
От времени пребывания Цицерона в лагере Помпея до нас дошло шесть писем (все они относятся к 48 г.). Они посвящены в основном хозяйственным делам и заботам. В это же время Цицерон сам получает письмо от своего зятя и сторонника Цезаря — Долабеллы, в котором последний настойчиво советует ему удалиться в Афины или в какой–либо иной город, не затронутый войной.
В июне 48 г. происходит знаменитое сражение при Фарсале (Фессалия). Несмотря на численное превосходство, войско Помпея в этом сражении было разгромлено, лагерь взят, самому Помпею пришлось спасаться бегством. Он бежал сначала на остров Лесбос, где находились его жена и сын, а затем в Египет. Здесь при высадке с корабля, на глазах у своих близких он был предательски убит.
После битвы при Фарсале и бегства Помпея Катон, который оставался в Диррахии во главе еще многочисленного войска и сильного флота, высказал намерение передать верховное командование Цицерону, ибо он как бывший консул и император имел перед ним законное преимущество. Однако Цицерон не только отказался от этой чести, но и выразил желание вообще покинуть ряды воюющих, за что чуть не был убит Помпеем Младшим, считавшим такое поведение предательством. Цицерона спас от смерти тот же Катон, который затем отпустил его из лагеря. После этого Цицерон со своим братом Квинтом удалился в Патры. Здесь его застало новое письмо Долабеллы. В письме говорилось, что Цезарь разрешает ему прибыть в Италию. На основании этого разрешения Цицерон в октябре 48 г. высадился в Брундизии, где теперь ему и предстояло пробыть почти целый год в ожидании возвращения Цезаря.
Между тем события гражданской войны продолжали развиваться. Цезарь последовал за Помпеем в Египет и через несколько дней после его смерти высадился с небольшим отрядом в гавани Александрии. Здесь ему была услужливо поднесена голова Помпея, что, однако, вовсе не расположило его в пользу египтян.
Цезарь весьма решительно вмешивается во внутренние дела Египта. Он взыскивает огромные суммы, которые ему был должен недавно умерший египетский царь Птолемей Авлет, принимает участие в династической борьбе, разгоревшейся между наследниками покойного царя — Птолемеем Дионисом и его сестрой Клеопатрой. Он решительно поддерживает Клеопатру, которая становится его любовницей. Примирив ее с братом, Цезарь добивается того, что Клеопатру провозглашают царицей Египта (совместно с Птолемеем). Столь бесцеремонные действия римского полководца вызвали сильное недовольство в египетских придворных кругах. Вспыхивает восстание против римлян, известное в истории под именем Александрийской войны. Положение Цезаря и его отряда, пока не подоспело подкрепление из Сирии, было весьма критическим. Цезарю в ходе борьбы с восставшими пришлось приказать сжечь стоявший в гавани флот; пламя перекинулось в город, и во время пожара погибла знаменитая Александрийская библиотека. Когда восстание было подавлено, а войско изменившего Цезарю Птолемея Диониса разбито в дельте Нила, единодержавная власть над Египтом была вручена Клеопатре.
Однако и после победы в Александрийской войне Цезарь еще не смог возвратиться в Рим. Во время его пребывания в Египте оживились старые противники римского государства. Сын Митридата VI Фарнак начал военные действия в Малой Азии, и ему удалось захватить Вифинию. С необычайной по тем временам быстротой Цезарь устремился через Сирию в Понт и вступил в войну с Фарнаком. Вся кампания продолжалась пять дней. Фарнак был разгромлен, и Цезарь послал в Рим знаменитое донесение, состоявшее всего из трех слов: пришел, повидал, победил (veni, vidi, vici).
Только после этого похода Цезарь получил возможность вернуться в Италию. В конце сентября 47 г. он высадился в Таренте и оттуда направился сухим путем в Брундизии. Здесь его с нетерпением ожидал Цицерон, понимая, что от этой встречи зависит вся его дальнейшая судьба. Год, проведенный Цицероном в Брундизии, был нелегким. И хотя он, как проконсул и император, до сих пор не распускал свою ликторскую свиту, на самом же деле его положение мало чем отличалось от столь хорошо памятного ему положения бесправного изгнанника. Письма из Брундизия снова полны жалоб, слез, стенаний, как некогда письма из Фессалоник и Диррахия. Ко всем горестям прибавилась острая размолвка с братом, огорчения и страх из–за зятя Долабеллы, который, будучи трибуном 47 г., выступил с предложением кассации долгов, что привело к волнениям в Риме. В последних своих письмах из Брундизия Цицерон уверяет, что он больше не в состоянии выносить даже климат этого города.
Когда 25 сентября ожидалось прибытие Цезаря в Брундизий, Цицерон вышел его встречать. Вот как описывает Плутарх это свидание: «Цицерон двинулся ему навстречу, не столько отчаиваясь в спасении, сколько стыдясь на глазах у многих подвергать испытанию великодушие своего победоносного врага. Однако ни словом, ни делом не пришлось ему унизить свое достоинство. Едва лишь Цезарь увидел Цицерона, который шел далеко впереди остальных встречавших, он соскочил с коня, приветствовал его и довольно долго беседовал с ним одним, шагая рядом. С тех пор Цезарь относился к Цицерону с неизменным уважением и дружелюбием».
После этой встречи Цицерон безбоязненно отправился в Рим, куда он и прибыл в октябре 47 г. Прежде чем вступить в город, он наконец распустил ликторов, которых, несмотря на то что уже не раз подвергался из–за них насмешкам, сохранял с 51 г., тщетно рассчитывая на так и не состоявшийся триумф.