НДС и акцизы не подлежат уплате в случае перемещения российских товаров в другую особую экономическую зону в соответствии с таможенным режимом свободной таможенной зоны. Перевозка товаров между особыми экономическими зонами осуществляется по правилам, предусмотренным таможенной процедурой внутреннего таможенного транзита в отношении иностранных товаров в соответствии с ТК. При вывозе иностранных товаров и российских товаров, помещенных под таможенный режим свободной таможенной зоны, с территории особой экономической зоны за пределы таможенной территории РФ ввозные таможенные пошлины и налоги не взимаются, а вывозные таможенные пошлины подлежат уплате в соответствии с таможенным режимом экспорта, за исключением иностранных товаров, ввезенных на территорию особой экономической зоны с территории иностранного государства и вывозимых за пределы таможенной территории РФ в неизменном состоянии без учета изменения состояния товаров вследствие естественного износа или естественной убыли при нормальных условиях транспортировки и хранения.

Нормы естественной убыли – установленные нормативно-правовыми актами максимальные величины потерь товарно-материальных ценностей, в пределах которых налогоплательщик вправе производить вычет потерь для целей определения налоговой базы. Потери сверх норм естественной убыли являются расходами, не учитываемыми в целях налогообложения. До введения в действие такого нормативно-правового акта в Российской Федерации сохранялась ситуация неопределенности: действовали многочисленные ведомственные акты, устанавливающие нормы естественной убыли, которые организации были вправе использовать для целей бухгалтерского учета, но эти нормы не могли быть использованы для целей определения налоговой базы по налогу на прибыль организаций. Постановлением Правительства РФ от 12.11.2002 № 814 «О порядке утверждения норм естественной убыли при хранении и транспортировке товарно-материальных ценностей»[50] было установлено, что нормы естественной убыли, применяемые для определения допустимой величины безвозвратных потерь от недостачи и (или) порчи товарно-материальных ценностей, разрабатываются отраслевыми министерствами и ведомствами с учетом технологических условий их хранения и транспортировки, климатического и сезонного факторов, влияющих на их естественную убыль, и подлежат пересмотру по мере необходимости, но не реже одного раза в пять лет. Таким образом, налогоплательщики, осуществлявшие учет соответствующих потерь в соответствии с нормами бухгалтерского учета и отраслевыми нормами естественной убыли, вправе были осуществить вычет таких расходов по итогам 2002 г. в пределах, установленных нормативными актами отраслевых министерств и ведомств.

Таможенное оформление товаров осуществляется по правилам, установленным в соответствии с таможенным законодательством РФ для таможенного оформления товаров при их вывозе в соответствии с таможенным режимом экспорта.

Товары, помещенные под таможенный режим свободной таможенной зоны, могут быть уничтожены на территории особой экономической зоны в случае утраты этими товарами коммерческой ценности под контролем (с разрешения) таможенного органа или отчуждены в пользу другого резидента особой экономической зоны с отражением факта их уничтожения или отчуждения в отчетности, представляемой таможенному органу.

При прекращении существования особой экономической зоны находящиеся на ее территории товары, помещенные под таможенный режим свободной таможенной зоны, подлежат перемещению в другую особую экономическую зону в соответствии с таможенным режимом свободной таможенной зоны либо помещению под иной таможенный режим в течение трех месяцев с момента прекращения существования особой экономической зоны.

В течение этого срока указанные товары для таможенных целей рассматриваются как находящиеся на временном хранении.

В случае если лицо, обладавшее статусом резидента особой экономической зоны, не переместило товары, помещенные под таможенный режим свободной таможенной зоны, в другую особую экономическую зону либо не поместило их под иной таможенный режим, то по истечении указанного срока таможенные органы распоряжаются товарами, находящимися на территории особой экономической зоны, в соответствии с гл. 41 ТК по правилам, предусмотренным для распоряжения товарами, срок временного хранения которых истек.

Оборудование и объекты недвижимости, ввезенные на территорию особой экономической зоны в соответствии с таможенным режимом свободной таможенной зоны и (или) изготовленные из товаров, помещенных под таможенный режим свободной таможенной зоны, и принадлежащие лицам, являвшимся резидентами особой экономической зоны на момент прекращения существования особой экономической зоны, остаются в собственности указанных лиц без уплаты таможенных пошлин и налогов и приобретают статус находящихся в свободном обращении на таможенной территории РФ.

В случае утраты лицом статуса резидента особой экономической зоны, в том числе в связи с досрочным прекращением действия соглашения о ведении промышленно-производственной деятельности или соглашения о ведении технико-внедренческой деятельности, принадлежащие ему товары, помещенные под таможенный режим свободной таможенной зоны, подлежат отчуждению в пользу другого резидента особой экономической зоны либо помещению под иной таможенный режим в течение трех месяцев с даты внесения записи об утрате лицом статуса резидента особой экономической зоны в реестр резидентов особой экономической зоны.

В случае если лицо, утратившее статус резидента особой экономической зоны, не произвело отчуждение товаров, помещенных под таможенный режим свободной таможенной зоны, либо не поместило их под иной таможенный режим, то по истечении установленного срока таможенные органы распоряжаются товарами, находящимися на территории особой экономической зоны, в соответствии с гл. 41 ТК по правилам, предусмотренным для распоряжения товарами, срок временного хранения которых истек.

В случае утраты лицом статуса резидента особой экономической зоны в связи с истечением срока действия соглашения о ведении промышленно-производственной деятельности или соглашения о ведении технико-внедренческой деятельности оборудование и объекты недвижимости, ввезенные на территорию особой экономической зоны в соответствии с таможенным режимом свободной таможенной зоны и (или) изготовленные из товаров, помещенных под таможенный режим свободной таможенной зоны, и принадлежащие лицам, являвшимся резидентами особой экономической зоны и выполнившим условия соглашения о ведении промышленно-производственной деятельности или соглашения о ведении технико-внедренческой деятельности, остаются в собственности указанного лица без уплаты таможенных пошлин и налогов. Указанные оборудование и объекты недвижимости приобретают статус находящихся в свободном обращении на таможенной территории РФ.

Товары, ввозимые индивидуальным предпринимателем и юридическим лицом на территорию особой экономической зоны после утраты лицом статуса резидента особой экономической зоны, не могут помещаться под таможенный режим свободной таможенной зоны со дня, следующего за днем внесения записи об утрате лицом статуса резидента особой экономической зоны в реестр резидентов особой экономической зоны.