Налоговый орган обязан сообщить в письменной форме налогоплательщику о принятом решении о возмещении (полностью или частично), о принятом решении о зачете (возврате) суммы НДС, подлежащей возмещению, или об отказе в возмещении в течение пяти дней со дня принятия соответствующего решения. Указанное сообщение может быть передано руководителю организации, индивидуальному предпринимателю, их представителям лично под расписку или иным способом, подтверждающим факт и дату его получения.

При нарушении сроков возврата суммы НДС считая с 12-го дня после завершения камеральной налоговой проверки, по итогам которой было вынесено решение о возмещении (полном или частичном) суммы НДС, начисляются проценты исходя из ставки рефинансирования ЦБ РФ. Процентная ставка принимается равной ставке рефинансирования ЦБ РФ, действовавшей в дни нарушения срока возмещения.

В случае, если предусмотренные проценты уплачены налогоплательщику не в полном объеме, налоговый орган принимает решение о возврате оставшейся суммы процентов, рассчитанной исходя из даты фактического возврата налогоплательщику суммы НДС, подлежащей возмещению, в течение трех дней со дня получения уведомления территориального органа Федерального казначейства о дате возврата и сумме возвращенных налогоплательщику денежных средств. Поручение на возврат оставшейся суммы процентов, оформленное на основании решения налогового органа о возврате этой суммы, на следующий день после дня принятия налоговым органом этого решения подлежит направлению налоговым органом в территориальный орган Федерального казначейства для осуществления возврата.