Духовные избрали себе двух примикириев: протопопа заблудовского Нестора для наблюдения за порядком в заседаниях кола и острожского пресвитера и проповедника Игнатия для заведования соборными нотариями. Светские избрали из среды своей Демьяна Гулевича, бывшего послом из Волыни, чтобы он был маршалком в их коле. Потом духовные освятили залу по-православному; прочитали молитвы, обычные пред открытием Собора, и посредине своего духовного кола положили на аналое святое Евангелие. Как только все устроилось, первым заговорил Гедеон, епископ Львовский, и, с одной стороны, свидетельствуя о преданности святой Восточной Церкви всех прибывших на Собор, а с другой – осуждая митрополита Рагозу и других владык за то, что они не предстали пред лицо патриарших уполномоченных, предложил начать рассмотрение дела, которое они, владыки, затеяли. Все присутствовавшие изъявили было согласие. Но вспомнили, что надо пождать возвращения депутации и ответа от митрополита. Тут выступили было некоторые из послов, прибывших от разных воеводств, поветов, городов, и выражали желание заявить Собору данные им инструкции. Но было уже поздно, и Собор отложил слушание инструкций. Таким образом, в первый день, назначенный для открытия Собора, открыты два отдельные Собора: униатский и православный, но ни на том, ни на другом не было еще ничего определено и решено.

На другой день, 7 октября, в четверг, православные опять собрались в залу своих заседаний и начали ожидать, не пришлет ли к ним кого митрополит с объяснением о вчерашнем своем поступке и с приглашением их на совещания, но ожидания были напрасны. Тогда Белградский митрополит Лука сказал: «Ваша святость ясно изволите видеть, что митрополит с владыками сам себя осуждает; он, очевидно, не осмеливается предстать пред Собор вследствие дел, им затеянных». Все сознавали справедливость этих слов, но по предложению председателя Никифора отправили к Рагозе новое посольство из шести новых духовных лиц: трех архимандритов, двух протопопов и одного пресвитера, нотария Андрея, которому и вручен был парагностик. Между тем в этот день прибыли королевские послы, и находившиеся на Соборе бискупы прежде всего просили послов охранить и обезопасить Собор от той вооруженной толпы, которую привели с собою православные. Послы снеслись с князем Острожским, и он дал им слово, что спокойствие отнюдь не будет нарушено. Затем послы условились с бискупами и владыками, что заседания Собора должны происходить в соборной Николаевской церкви, и письменное объявление об этом велели прибить к дверям как самой Николаевской церкви, так и римского костела. Но в то время, когда королевские послы еще совещались с епископами, им дано было знать, что какое-то посольство отыскивает митрополита и направилось к дому Владимирского владыки. Послы поспешили к митрополиту и застали там посланных от православного Собора с грамотою, которую и велели прочитать вслух. В грамоте порицали митрополита за то, что он пристал к латинянам и составил с ними Собор без совещания с православными; отвергали этот Собор, отказывали митрополиту в послушании и грозили проклятием и низложением с кафедры, если он не раскается вместе с своими сообщниками. Королевские послы отправили трех своих панов спросить князя Острожского, с его ли ведома и согласия была та грамота и посольство к митрополиту, и, когда князь отвечал утвердительно, сами приехали к князю и, находясь у него, дали знать православному Собору, что явятся в его заседание. Послов долго ждали, но они не явились, может быть, потому, что были уже сумерки. Между тем возвратились ходившие к митрополиту от лица Собора и объявили, что митрополит принял их с яростию и презрением и сказал, что им не дано будет никакого ответа. Так окончился второй день Собора, и ни на униатском, ни на православном Соборе не сделано было почти ничего.

В третий день, пятницу, 8 октября, на православном Соборе была уже большая деятельность. Лишь только открылось заседание, как поднялись сильные голоса против митрополита за то, что он оставил без внимания две грамоты к нему патриарших экзархов Никифора и Кирилла (от 13 сентября и 5 октября), которые тут же и были прочитаны, и два соборные приглашения. Но председатель Собора, держась строго правил церковных, предложил послать к митрополиту и владыкам еще третий позыв, или приглашение, для чего избраны были: три архимандрита, четыре протопопа и при них нотарий Григорий с парагностиком. На этот раз посланные возвратились скоро и принесли ответ: «Что сделано, то уже сделано, и иначе быть или переделаться не может; хорошо или худо мы поступили, только мы отдались Западной Церкви». После такого ответа не оставалось ждать ничего более, и протосинкелл Никифор обратился к Собору с обширною речью. Он резко осуждал митрополита и единомысленных с ним владык за их явное пренебрежение к Цареградскому патриарху и за те волнения, какие они произвели в Церкви своим отступничеством; хвалил православных того и другого соборного кола, духовного и светского, за их твердость в православии; укорял тех из их собратий, которые ради земных выгод и почестей или из боязни изменили вере своих отцов; защищал себя против возражений своих врагов, будто он не имеет права председательствовать на Брестском Соборе, и наконец спросил: когда и каким образом митрополит и владыки начали хлопотать об отступничестве? Киево-печерский архимандрит Никифор Тур отвечал, что это началось с того времени, как патриарх Иеремия года четыре тому назад наложил на митрополита Рагозу запрещение за рукоположение им в священный сан двоеженцев, многоженцев и явных прелюбодеев и за многие другие беззаконные его поступки и пригрозил, если не исправится, даже низвергнуть его с кафедры, как низвергнут был митрополит Онисифор. С того-то времени Рагоза и вступил в замысл с другими владыками отдаться папе; посылал к нему двух послов своих для принятия унии, а теперь, по возвращении их, думает привлечь к тому и всех мирян. Но все мы, сказал в заключение Никифор, православные, не только находящиеся здесь на Соборе, но и оставшиеся по домам, решительно не желаем унии, и в доказательство своих слов сослался на инструкции, привезенные земскими послами. Тогда Собор приступил к слушанию этих инструкций. Их было несколько десятков, но все они сходились в трех следующих статьях: 1) духовные, отступившие от власти патриархов, должны быть наказаны лишением сана, какой имели до подчинения их папской власти; 2) Поместный Собор в Бресте не вправе постановить решение о соединении с Римскою Церковью без согласия патриархов и всей Восточной Церкви, без основательного соглашения всех разностей по вере между обеими Церквами и только на основании, положенном двумя владыками, желавшими чрез отступничество в унию прикрыть свои преступления и приобресть себе выгоды и почести; напротив, древнее христианское вероисповедание, переданное нашим предкам от Церкви Восточной и содержимое доселе, подтвержденное законами, привилегиями, конфедерациями и присягами королевскими, должно быть оставлено в целости и подтверждено без перемены обрядов и прежней патриаршей власти; 3) не принимать нового календаря, явно противного церковным правилам, а сохранить ненарушимо употребление старого календаря согласно с указами короля Стефана и другими о том постановлениями. По выслушании Собором инструкций киево-печерский архимандрит высказал свое мнение, что с отступниками следует поступить по канонам и определениям святых отцов, и председатель признал мнение справедливым.

Тут соборные рассуждения были прерваны. Доложено было, что королевские послы прислали Собору предложение выслать к ним депутатов для выслушания королевской воли. В числе принесших предложение находился и иезуит Петр Скарга. Он вызвал князя Константина Острожского с сыном его Александром в особую небольшую комнату и вступил с ними в тайную беседу, стараясь склонить их к унии. Протосинкелл Никифор, услышав об этом, сказал, что Скарге вместо диалектических упражнений в каком-нибудь углу приличнее было бы прийти в заседание Собора и вести открытый диспут с учеными богословами, так как мы и просили всех желающих возражать против догматов и обрядов Восточной Церкви приходить к нам и вести с нами публичные прения. Попытка иезуита поколебать князя осталась тщетною. Собор избрал и послал к королевским послам по четыре депутата от кола духовного и от кола светского; с ними же по просьбе послов отправились и владыки Львовский и Перемышльский с несколькими священниками. Речь королевских послов к депутатам в присутствии самого князя Острожского была очень продолжительна. Послы прежде всего напомнили, как три года тому назад и владыки Львовский и Перемышльский вместе с другими владыками заявили королю о своем желании принять унию, как и князь Острожский с тою же целию несколько лет назад сносился чрез Поссевина с папою Григорием XIII, а недавно сам просил короля созвать Собор. Потом укоряли русских, что они прибыли на Собор с вооруженною силою, допустили к себе разных еретиков, составили с ними особый синод, или сходку, и не в церкви, а в еретическом доме, поставили главою своей сходки грека Никифора, беглеца, союзника турок на погибель Польши, дозволяют светским людям вмешиваться в дела Собора... и пр. Наконец, послы призывали православных, в особенности дворян, к соединению с католиками-соотечественниками именем Бога, короля и отечества, указывая на то, что отечеству при внутренних несогласиях грозит опасность от турок и неволя, какой подпали греки-отщепенцы и другие еретики. По окончании своей речи послы ожидали, что депутаты вступят в диспутацию об унии, и для этого пригласили иезуита Скаргу и товарища его Иуста Роба, но депутаты сказали, что им необходимо скорее донести Собору о том, что слышали они от королевских послов, и потом доставить последним ответ Собора. Вечером того же дня послы действительно получили от членов православного Собора следующий ответ: «Мы принимаем с великою признательностию и благодарностию отеческое попечение короля о водворении ненарушимого согласия между его подданными и весьма рады приступить к тому как по христианскому долгу, так и по желанию исполнить волю его королевской милости. Но мы видим из истории, что св. соединение Церквей уже несколько раз было установляемо и столько же раз было расторгаемо, потому что не были устраняемы все к нему препятствия. Не желая более напрасно воздвигать такого непрочного здания, мы желаем, чтобы к соединению Церквей приступлено было с возможною осмотрительностию и избраны были надлежащие пути и средства и чтобы уния, созданная на прочном основании, могла существовать долго и, дай Боже, вечно. Но зная, какие люди в настоящее время подали повод к переговорам о соединении Церквей, зная, что нет на это согласия всей Восточной Церкви, и особенно патриархов, что переговоры об унии поручено вести владыкам, большею частию подозрительным, и что разности в членах веры между обоими исповеданиями не могут быть примирены здесь, мы не видим ныне доброго основания для соединения Церквей. А чтобы наше несогласие на унию не было объяснено королевскими послами в дурную сторону и не навлекло на нас королевской немилости, мы объявляем, что охотно приступим к соединению с Римским Костелом, когда согласится на то вся Восточная Церковь, и особенно патриархи, когда для этого избраны будут законные пути и приняты надлежащие меры, когда соглашены будут в самом основании все разности в догматах и обрядах между Восточною и Западною Церковию и когда, таким образом, проложится дорога к прочному и неразрывному их соединению». Отправив своих депутатов к королевским послам, православный Собор занялся рассмотрением дела виленских братских проповедника Стефана Зизания и священников Василия и Герасима, преданных проклятию митрополитом Рагозою за какую-то будто бы ересь, совершенно оправдал их и восстановил во всех правах и обязанностях, остальное же время дня посвятил богословским беседам о папской власти и других предметах: вопросы предлагаемы были разными членами, ответы давали протосинкеллы Никифор и Кирилл, и эти беседы записаны были в соборные акты. А королевские послы, получив ответ православного Собора, увидели, что нет никакой возможности примирить обе стороны, униатскую и православную, и соединить их для общих совещаний. Тем и кончился третий день настоящего Собора.