Несмотря, однако ж, на королевский универсал и митрополичью грамоту о созвании Собора, на котором должен был окончательно решиться вопрос об унии, противники унии не успокаивались и причиняли немало беспокойств митрополиту и королю. В июне собрались в Вильну на чередный трибунальный суд депутаты со всего великого княжества Литовского. Дидаскал виленского Троицкого братства Стефан Зизаний, осужденный митрополитом на отлучение от Церкви, а королем на изгнание, подал этим депутатам какую-то жалобу на митрополита. И жалоба была принята, митрополит потребован на суд. А когда митрополит отвечал, что не подлежит трибунальному суду, депутаты не уважили этого, рассмотрели жалобу Зизания, судили митрополита заочно и признали виновным. Митрополит нашелся вынужденным жаловаться королю, и король с изумлением писал депутатам (от 21 июня), что они позволили себе судить митрополита по такому делу, по которому и он, король, не мог бы его судить, и приказывал им не приводить своего декрета против митрополита в исполнение. Подобное же случилось и в Киеве. Некоторые лица вздумали вести тяжебные дела против митрополита по его церковным имениям в гродском уряде киевском, и уряд принимал эти дела, посылал к митрополиту позвы явиться на суд и, не обращая внимания на объяснения митрополита, что гродский уряд не вправе судить его, постановлял свои решения. Пришлось митрополиту снова искать защиты у короля, и король (от 19 августа) напоминал киевскому воеводе князю Острожскому, чтобы гродский уряд в Киеве вопреки закону и обычаю не требовал по таким делам митрополита к ответу, а отсылал такие дела в подлежащие суды, согласно со Статутом. Через несколько дней король получил известие из Вильны, что некоторые граждане, составляющие Троицкое братство, которое недавно, как мы видели, он приказал совсем отдалить от Троицкого монастыря, восстают против королевской власти, разрушают начатое святое дело, которое должно было бы привести к соединению по вере народ христианский, увлекают за собою и других граждан, нарушают общественный покой и, купив место в Вильне, хотят строить себе церковь не столько для совершения хвалы Божией, сколько для расширения своей ереси и противодействия унии. Поэтому король дал приказ (от 29 августа) виленским бурмистрам, радцам и лавникам, чтобы они не допускали таких беспорядков и возмущений, а бунтовщиков и нарушителей общественного спокойствия предавали суду и наказывали и решительно возбранили им строить себе церковь, между тем как на постройку этой церкви Троицкое братство еще в 1594 г. имело разрешительную грамоту от самого же короля. Заметим, что речь идет о постройке Троицким братством той церкви, при которой вскоре образовался знаменитый в истории унии виленский Свято-Духов монастырь, существующий доселе. Еще чрез несколько дней к королю пришло известие, что и все вообще православные жители столичного города Вильны, духовные и миряне, взбунтовались против своего митрополита Михаила Рагозы и противятся ему, делают между собою тайные сходки, допускают в свои совещания и людей разных вер, издают протестации против своего архипастыря. Это вызвало короля послать ко всему виленскому духовенству, сановникам и прочим гражданам строгий приказ (от 12 сентября), чтобы они как духовные овцы повиновались во всем своему митрополиту и другим архипастырям, прекратили свои возмущения против них и своевольные сходки, а если не прекратят, то как бунтовщики и нарушители общественного спокойствия подвергнутся законным преследованиям и наказаниям.

Потей и Терлецкий по возвращении из Рима старались делать и с своей стороны все, что могли, против врагов привезенной ими унии и вообще против не соглашавшихся принять ее. Один из священников Луцкого владыки, Михаил, состоявший при нем проповедником, принес 3 марта в Жидичинский монастырь письмо на имя Львовского епископа Гедеона и отдал письмо племяннику Гедеонову, управлявшему монастырем, Григорию Балабану. Письмо писано было Потеем и Терлецким еще 29 декабря 1595 г. из Рима и заключало в себе известия о их путешествии, пребывании в Риме и сношениях с папою. Как только Григорий распечатал это письмо и поднес к свече, чтобы прочитать подписи, его тотчас обдало каким-то порошком, от которого он впал в расслабление и едва не умер. Князь Острожский, ехавший тогда на варшавский сейм и остановившийся в Жидичинском монастыре, видел Григория в его смертельной болезни и помог ему своими лекарствами. Несколько оправившись, Григорий послал (17 марта) в гродский владимирский уряд протестацию против Терлецкого и самое его письмо для внесения в актовые книги. А впоследствии начал было против Терлецкого и формальное дело в луцком гродском уряде; когда же уряд объявил, что дело ему не подлежит, то подал апелляцию в главный люблинский трибунал. Отрава чрез письмо назначалась ревнителями унии, конечно, не Григорию, а Гедеону Балабану, изменившему унии, и трудно отвергнуть подлинность этого события. В своих епархиях Потей и Терлецкий употребляли все меры, чтобы привлекать на свою сторону духовенство и мирян. Священников, которые не соглашались на унию, изгоняли из приходов, лишали сана, заключали в темницы, а на мирян, не покорявшихся убеждениям, изрекали анафему. Разительный случай тому был в Бресте. Члены брестского церковного братства по примеру братства виленского Троицкого решительно вооружились против унии и не хотели слушать своего владыки. Они перестали даже ходить в свои церкви, где по приказанию его совершалось богослужение с поминовением папы, а предпочитали собираться на молитву по домам, тайно, некоторые же посещали и протестантские кирхи. Никакие убеждения Потея, ни словесные, ни письменные, не могли поколебать этих людей, твердых к вере своих отцов. Тогда Потей дал указ (3 октября) протопопу и всем священникам брестским, чтобы они под страхом клятвы и отлучения не ходили в домы ни к одному из этих непослушных, не крестили их детей, не преподавали им Святых Тайн Христовых, не погребали их умерших и вообще не совершали для них никаких церковных треб, а признавали всех их за еретиков, проклятых Церковию. И несчастные братчики принуждены были за неимением священников сами читать молитвы родильницам, крестить детей, проповедовать слово Божие и пр.

Слух о принятии унии в Риме некоторыми западнорусскими владыками скоро достиг и отдаленного Востока. Многие из русских писали об этом к Константинопольскому патриарху и просили его прислать к ним кого-либо из ученых людей на помощь. И помощь с Востока была подана. Александрийский патриарх Мелетий Пигас написал (от 30 августа) обширное послание на имя князя К. К. Острожского и прочих православных князей и панов, священников и всего христоименитого православного народа в Малой (т. е. Западной) России. В этом послании первосвятитель восхвалял всех благоверных русских за их твердость в благоверии и непреклонность к унии и убеждал их оставаться твердыми до конца, резко обличал отступивших от православия и предавшихся папе, довольно подробно говорил против главенства папы и его нововведений и в защиту бедствующей Восточной Церкви, наконец, приглашал отступников покаяться и возвратиться в лоно своей родной матери, православной Церкви, а в случае их нераскаянности, давал православным совет избрать себе нового митрополита и епископов. Как ни строго было приказание короля не пропускать в Литву никаких посланий от Восточных патриархов, но это послание было получено князем Острожским и впоследствии напечатано. Еще важнее для православных западноруссов было то, что патриарх Мелетий вместе с своим посланием прислал к ним и своего уполномоченного, протосинкелла Александрийской Церкви, ученого Кирилла Лукариса, которого присылал к ним и в 1594 г. с подобным посланием. В то же время прибыл в Литву и уполномоченный от Константинопольского престола, великий протосинкелл Константинопольской Церкви Никифор, лицо весьма замечательное. За его ум и познания его называли мудрейшим (??????????), и хотя по своему сану он был не более как архидиакон при патриархе, но удостоился целые три года управлять в качестве местоблюстителя всею Цареградскою патриархиею, пред последним вступлением патриарха Иеремии II на кафедру и в продолжение путешествия его в Россию. А вскоре по возвращении Иеремии Константинопольский Собор, бывший под его председательством в 1592 г., облек Никифора, как «мужа, исполненного всякой науки и мудрейшего», властию занимать первое место на всех Соборах в пределах Цареградского патриархата, иметь преимущество чести пред самими митрополитами и именем Вселенского патриарха решать на Соборах все вопросы, касающиеся веры и Церкви. Пред прибытием в Литву он долго находился в Молдавии и там по дарованной ему власти председательствовал на Соборе двух митрополитов, Валашского и Молдавского, и четырех епископов, бывшем против унии, и под соборною грамотою (от 17 августа 1595 г.) подписался «местоблюстителем» святейшего Константинопольского престола. Из Молдавии Никифор отправился в Литву, но на границе вследствие королевской грамоты не пропускать послов от Цареградского патриарха был задержан и заключен в Хотине, хотя тому были и другие причины, как сам он свидетельствует. Из этого заключения, которое продолжалось довольно долго, Никифор, однако ж, вовремя успел освободиться, может быть, благодаря содействию русских. Ибо сами русские и писали к Никифору в Молдавию, и просили его поспешить к ним немедленно, и, как только он прибыл в Литву, князь Острожский и все паны волынские приняли его с радостию и послали двух знатных своих шляхтичей уведомить о прибытии его короля. Присутствие Никифора на приближавшемся Брестском Соборе имело для русских величайшую важность: по чрезвычайной уполномоченности Никифора ему принадлежало преимущество пред самим митрополитом Рагозою и председательствование на Соборе. Еще недели за три до Собора Никифор в качестве экзарха Константинопольского престола написал Рагозе (от 13 сентября): «Извещаем твою святыню, что Вселенский патриарх, узнав о замешательствах, произведенных в вашей Церкви некоторыми владыками и нововведениями, прислал нас сюда как своего экзарха для прекращения этих замешательств, а когда мы сюда прибыли, то получили о том разные донесения. Одни поведали нам, что твоя святыня еще поминаешь имя патриарха в церковных молитвах и вообще держишься прежнего порядка; другие же донесли, что ты уже совсем не поминаешь имя патриарха и не следуешь св. обычаям и догматам Восточной Церкви, чему, однако ж, мы не верим. Посему просим твою святыню, чтобы ты изложил нам в своем писании всю правду и тем дал нам возможность разобрать и прекратить происшедшие у вас замешательства и водворить между Церквами покой и чтобы ты всячески постарался поскорее увидеться с нами в каком-либо месте». Можно судить, как тяжело было митрополиту Рагозе узнать в такое время о появлении в Литве этого патриаршего экзарха.