Большим событием стал Первый Всероссийский съезд последователей гомеопатии, состоявшийся 21–23 сентября 1913 г. Председателем оргкомитета был Л. Е. Бразель. На съезде с докладом «О международной гомеопатии и ее учреждениях» выступил секретарь Международного гомеопатического совета из Лондона доктор Гойль. О проекте нового фармацевтического устава сообщил Бразель. Он же сделал программный доклад «Что такое гомеопатия в 1913 году». Среди других сообщений нужно отметить доклады докторов Дункеля «Биологические основы гомеопатии», Луценко «Высшее деление гомеопатических средств в свете новых современных данных», Сидоренко «О деятельности гомеопатической больницы» и др. На съезде было более 700 участников. Труды съезда издали отдельной книгой.
В период Первой мировой войны в С.-Петербурге работали 18 врачей-гомеопатов, 6 гомеопатических аптек, 5 гомеопатических лечебниц; и одна больница. В последней оказывалась помощь с использованием гомеопатических средств для больных и раненых воинов. После революции 1917 г. общий упадок хозяйства и здравоохранения отразился и на гомеопатии. Ее организационные формы в первые годы после 1917 г. прекратили свое существование. Гомеопатическая больница за ненадобностью была передана рентгенологическому институту.
После окончания Гражданской войны возобновилась деятельность гомеопатической лечебницы и аптеки в Петрограде. В 1923 г. был утвержден устав Петроградского общества врачей-гомеопатов, в котором ставилась цель — «научная разработка и практическое применение гомеопатического метода лечения». Действительно, в начале 30-х годов проводились исследования влияния на изолированные мышцы гомеопатических препаратов (арника, лахезис, кактус). Работами руководил профессор А. С. Гинзберг. Изучалось воздействие ряда лекарств (пульсатилла, сепия, кактус, кониум, лахезис, сульфур) на вегетативную нервную систему и эндокринные железы (профессор А. А. Матушак). Проводились наблюдения над изменением активности некоторых ферментов в процессе гомеотерапии.
К сожалению, и в этот период доминировали распри между официальным здравоохранением и гомеопатическими структурами, достигавшие в условиях грубого администрирования невиданного ранее накала. Не было единства и среди самих гомеопатов.
Уже в 1930 г. в Ленгорздраве ставился вопрос о прекращении самостоятельной деятельности гомеопатического общества и больницы. Председателю правления (врач О. Е. Сидорова) и активу гомеопатов удалось отстоять гомеопатическую службу. В 1931 г. произошло важное событие на заводе «Большевик». Врачи медпункта завода пригласили гомеопатов для диспута о сущности и пользе гомеотерапии (в то время широкие диспуты были популярны), мотивируя это тем, что многие рабочие и служащие лечатся у гомеопатов, а эта наука официально не признается. Доклад о гомеопатии на заводе сделал направленный сюда Горздравом проф. Л. Н. Шварц, но слушатели настойчиво требовали диспута с участием самих гомеопатов. Диспут состоялся. Выступавшие аллопаты публично характеризовали гомеопатию как ненаучный метод лечения, «подспорье религии, опиум для народа», выражение «чуждого нам витализма» и т. д. Страсти накалились, доводы гомеопатов были весомы, аудитория — на их стороне. Э. Гипари в статье «Гомеопатия и марксизм» пришел даже к заключению, что гомеопатия «является продуктом высокого диалектического мышления, целиком совпадает с марксизмом» и т. д. «Рожденная в тисках капитализма, где она задыхалась, гомеопатия может развиваться и далее только в мире социализма», — указывалось в статье. Впрочем, организаторы диспута получили выговор за неправильную организацию его проведения.
Такой неожиданный поворот событий некоторое время, казалось, способствовал развитию гомеопатии. К 1934 г. Ленинградское общество врачей-гомеопатов насчитывало 800 членов (из «их 100 — членов партии большевиков). Функционировали две гомеопатические лечебницы, две специализированные аптеки, библиотека, проводилась научно-исследовательская и просветительская работа. Однако вскоре гомеопатия, оказавшись на острие идеологической борьбы, стала подвергаться еще большим атакам своих противников.
Уже в 1932 г. общество врачей-марксистов в своей официальной резолюции объявило не только антинаучным, но и «политически враждебным» характер гомеопатии. Общество гомеопатов квалифицировалось как «организация, враждебная социалистическому строительству». Последовали призывы «всемерно разоблачать подлинную знахарскую сущность гомеопатии перед широкими массами трудящихся» и даже предостережения, что «гомеопатия перерастает из антинаучного в антипролетарское, политически враждебное нам учение». В таком же стиле был проведен и диспут в Военно-медицинской академии в 1932 г.
Партийная администрация предприняла попытку «взорвать» Ленинградское гомеопатическое общество изнутри, выдвинув председателем Правления своего ставленника, не Имеющего ничего общего с гомеопатией (член партии И. И. Штофер ранее была аптекарским учеником). Свою разрушительную миссию новый партийный председатель выполняла методически, единолично распоряжаясь всей внутренней жизнью Общества, окружив себя собственными выдвиженцами. Даже заведующий гомеопатической лечебницей был смещен и заменен «своим» врачом-аллопатом. Между тем на нужды горздрава переводились финансовые средства.
В 1934–1939 гг. проводилась «проверка» эффективности гомеопатического лечения, начатая по инициативе Всесоюзного института экспериментальной медицины. По замыслу это была прогрессивная идея — «освободить гомеопатию из оков кустарщины, а подчас и грубого эмпиризма и поставить ее на подлинно научный фундамент». К проверке были привлечены крупные ученые того времени — профессора Н. Н. Аничков, М. В. Черноруцкий, Л. Н. Федоров, С. В. Аничков и др. Гомеопатам предоставлялся доступ в клиники — терапевтическую, офтальмологическую, болезней уха, носа и горла, кожных болезней. Предполагалось, что специалисты-теоретики (биохимики, фармакологи, бактериологи и др.) будут проводить проверку действия гомеопатических средств. Было организовано Бюро по изучению гомеотерапии, которое возглавлял профессор М. В. Черноруцкий. Официальные результаты «проверки» оказались не в пользу гомеопатии. В «Советском врачебном журнале» (1939 г.) М. В. Черноруцкий писал: «…широко задуманная попытка изучения эффективности гомеопатии… привела к результатам, которые не дают основания для признания непосредственной эффективности гомеопатии. Представляет ли гомеопатия как своеобразная теоретическая система сама по себе определенную практическую ценность, мы на основании истории вопроса и нашего собственного опыта должны дать ответ отрицательный». В декларации группы врачей-гомеопатов, представленной в связи с проводимыми испытаниями, указывалось на существенные нарушения методики гомеопатического лечения в клиниках. Подчеркивалась, в частности, тенденция к стандартизации лекарственных средств гомеотерапии, что в корне противоречит ее основным принципам. Были обнаружены ошибки в подборе врачей для проведения испытаний, отсутствие согласованных планов обследования и лечения больных. Но главным дефектом испытаний было игнорирование основной гомеопатической аксиомы — лечение не болезни, а больного, с учетом его конституционального типа (в гомеопатическом понимании) и яркими характерными симптомами. Проведение таких сравнительных «испытаний» по стандартным аллопатическим меркам, как показали и другие подобные попытки, для оценки гомеопатического метода лечения неприемлемо. Г. Келлер остроумно сравнивает гомеопата с хорошим портным, который шьет костюм точно по фигуре, в то время как магазины изобилуют дешевым «ширпотребом».
Осенью 1928 г. было организовано Всероссийское общество врачей-гомеопатов в Москве, но с Ленинградским обществом у него отношения не установились. Оба общества приказом Наркомздрава СССР в 1938 г. были упразднены. Это, однако, не означало, что гомеопатия в России запрещалась как лечебный метод. В Ленинграде две гомеопатические лечебницы, ежедневно обслуживавшие 500–600 больных, были переданы горздравотделу и в дальнейшем использовались как платные гомеопатические поликлиники, а гомеопатические аптеки — городскому аптечному управлению.