Когда, въ 1607 г., по мысли патріарха Ермогена и царя Василія Шуйскаго происходило всенародное покаяніе въ грѣхахъ совершившейся смуты во время перваго самозванца и потребовалось изложить эти грѣхи въ особой прощальной и разрѣшительной для народа грамотѣ, то бывшій патріархъ Іовъ упомянулъ въ этой грамотѣ между прочимъ и о плащаницѣ Годунова. Онъ описалъ слѣдующій неистовый печальнѣйшій во грѣхахъ случай:
«Множество народа царствующаго града Москвы, писалъ святитель, внидоша во святую соборную и апостольскую Церковь, со оружіемъ и дреколіемъ, во время святаго и божественнаго пѣнія и не давъ совершити божественныя литургіи, и внидоша во святой олтарь и меня, Іева, патріарха изъ олтаря взяша и во церкви и по площади таская, позориша многими позоры, и въ царскихъ полатахъ подобіе Христова тѣлеси и Преч. Богородицы и архангеловъ, иже уготовлено было на Господню плащаницу подъ златые чеканные образы, и то вражіею ненавистію раздробиша, и на копья и на рогатины въстыкая, по граду и по торжищу носяху, позорующе, забывъ страхъ Божій» (А. Э. II, 154).
О ковчегахъ со св. мощами очевидецъ, полякъ Маскѣвичъ, разсказываетъ слѣдующее: «Они хранятся въ склепѣ, длиною около 5 саж., съ окнами въ двухъ противоположныхъ стѣнахъ, и вложены въ шкапы столярной работы, занимающіе три стѣны отъ пола до потолка. Эти ковчеги золотые, длиною поллоктя, съ литерами на концѣ, означающими чьи мощи въ себѣ заключаютъ. Среди склепа идутъ еще два шкапа, отъ пола до потолка, съ подобными же золотыми ящиками по обѣимъ сторонамъ. Такимъ образомъ, ковчеги занимаютъ 7 стѣнъ, нигдѣ не оставляя пустаго мѣста» (Маскѣвичъ, 109).
О состояніи города въ Смутное время свидѣтельствуетъ народное прозваніе, данное этому времени въ имени Московская Розруха. Дѣйствительно весь городъ былъ разрушенъ во всѣхъ своихъ частяхъ.
«Въ Кремлѣ на царскомъ дворѣ (говоритъ рукопись Филарета), въ святыхъ Божіихъ церквахъ и въ полатахъ и по погребамъ — все стояху Литва и Нѣмцы и все свое скаредіе творяху»… Всѣ полаты и хоромы были безъ кровель, безъ половъ и лавокъ, безъ окончинъ и дверей; все деревянное Поляки пожигали для отопленія своихъ жилищъ.
«Изліяся фіалъ горести царствующему граду Москвѣ, всеобщее разореніе. Падоша тогда высокосозданные домы, красотами блиставшіе, всѣ огнемъ поядошася, и вси премудроверхія церкви скверными руками до конца разоришася»…
Въ первые годы царствованія Михаила Ѳед. для прихода Крымскихъ людей вмѣсто сгорѣвшаго деревяннаго города около всѣхъ посадовъ былъ насыпанъ земляной валъ со рвомъ и на валу устроенъ острогъ-тынъ, что являлось крайнею необходимостью въ виду Татарскихъ и Польскихъ нашествій.
Но въ это время, не такъ, какъ при Годуновѣ, построившемъ деревянныя стѣны въ 14 верстъ длины въ одинъ годъ, сооруженіе по той же чертѣ земляного вала, рва и острога продолжалось около 8 лѣтъ (1633–1640). Съ той поры это сооруженіе стало прозываться въ качествѣ города Землянымъ валомъ и Землянымъ городомъ.
Одинъ изъ составителой хронографовъ съ великими похвалами отзывается о строительной дѣятельности царя Михаила, перечисляетъ его подвиги въ этомъ направленіи, отмѣчая, что благовѣрный царь такіе подвиги показалъ о своемъ царствующемъ градѣ, «якоже инъ ни ктоже», что невозможно подробно разсказать или описать множества ради его сооруженій.
Прежде всего авторъ упоминаетъ о чудной вещи, какъ благовѣрный царь «хитростройными художествы возвелъ воду изъ Москвы рѣки на царскій дворъ ради великаго потребованія». Потомъ рѣчь ведетъ о постройкахъ церквей, которыхъ много воздвигъ заботливый царь и между прочимъ въ своемъ царскомъ дому построилъ церковь Спаса Нерукотвореннаго Образа и верхи позлатилъ; въ Дѣвичьемъ монастырѣ церковь Алексѣя человѣка Божія церковь прекрасную Казанскія Богородицы, а иныя, старыя поновилъ. Создалъ въ своемъ дворѣ полату, зело пречудну, сыну своему царевичу Алексѣю (Тюремный дворецъ); колокольню большому колоколу (деревянную); на Фроловскихъ воротахъ верхъ надстроилъ зело хитро; соорудилъ каменную Мытоимницу, яже есть Такожня и Гостиный дворъ (въ 1641 г.) каменный, въ немъ полаты двокровныя и трикровныя, и на вратахъ Двора повелѣлъ свое царскаго величества имя написати златыми письмены, и вверху постави свое царское знамя — орелъ позлащенъ. При немъ же созданы у Спаса на Новомъ и у Пречистыя въ Симоновъ — ограды каменныя. Все это было построено въ 1630-хъ годахъ.
Въ началѣ 1640-хъ годовъ царь «повелѣлъ соорудить домъ преукрашенъ и въ немъ полаты двокровныя и трикровныя на душеполезное книжное печатное дѣло въ похвалу своему царскому имени; и полату превелику создалъ, гдѣ большое оружіе дѣлаху, еже есть пушки, и на ней постави своего царскаго величества знамя — орелъ позлащенъ. При немъ же многія св. церкви каменныя воздвигнуты и отъ боголюбивыхъ мужъ».
Къ этому надо присовокупить, что тогда же въ Кремлѣ сооружена особая башня, пристроенная съ сѣверной стороны къ старой колокольнѣ, построенной въ 1543 г. Петромъ Фрязиномъ, извѣстная подъ названіемъ Филаретовской пристройки, о чемъ мы упоминали выше.
Однако Кремлевскія стѣны оставались въ своемъ старомъ и отчасти ветхомъ состояніи и заботы о нихъ, повидимому, откладывались до благопріятнаго времени.
Въ годъ кончины царя Михаила (1645) эти стѣны представляли съ наружныхъ своихъ сторонъ великую обветшалость, какъ это видно изъ описанія ихъ ветхостей (порухъ), составленнаго въ 1646–1647 г., конечно, съ цѣлями приступить къ обновленію разрушенныхъ частей.
По всему Кремлю-городу, по городовой стѣнѣ и въ башняхъ мѣстами на десятки саженъ кирпичъ осыпался, стѣны отсѣли, бѣлые камни вывадились, своды въ иныхъ башняхъ разсѣлись или обвалились.
Царь Алексѣй Мих. не скоро приступилъ къ обновленію обветшавшихъ стѣнъ. Сначала по его указу для этой цѣли печникъ Куземка Кондратьевъ въ 1647 г. устроилъ кирпичный заводъ, сдѣлалъ въ Даниловскихъ сараяхъ, подъ Даниловымъ монастыремъ, кирпичпую обжигальную печь нѣмецкимъ образцомъ въ 34500 кирпичей. Затѣмъ работы начались только 10 лѣтъ спустя, въ 1658–1659 гг., а минуло еще 10 лѣтъ — стѣны и башни снова обветшали, хотя и въ меньшей мѣрѣ, и снова въ 1667 г. ихъ ветхости были подробно описаны для необходимыхъ починокъ.
За годъ передъ тѣмъ, въ 1666 г., какъ обыкновенно водилось, были разосланы государевы грамоты по городамъ о собраніи всѣхъ до одного человѣка каменщиковъ и кирпичниковъ, и даже горшечниковъ въ Москву для церковнаго, дворцоваго полатнаго и городового (стѣннаго) дѣла въ Кремлѣ, въ Китаѣ и въ Бѣломъ городѣ, съ строгимъ наказомъ, что если кто изъ нихъ ухоронится, то женъ ихъ и дѣтей повелѣно метать въ тюрьму, покамѣстъ мужья ихъ объявятся. Такова была государственная нужда въ этихъ мастерахъ и такова была служба государству всѣхъ рабочихъ людей, знающихъ и умѣющихъ сработать какое-либо надобное производство или издѣліе.
Починка и поновленія стѣнъ періодически происходили и въ послѣдующее время, такъ какъ ихъ кирпичная облицовка отчасти и каменная даже и на нашей памяти по мѣстамъ разрушалась нерѣдко. Въ теченіи ХVІІІ ст. стѣны все больше и больше ветшали, почему постоянно производились архитекторскія описи ветхостей, но поправка ограничивалась очень малымъ. Такія описи составлялись въ 1741, 1748, 1753 и 1760 годахъ. Въ запущенномъ ветхомъ видѣ стѣны были переданы и XIX столѣтію, когда въ 1802–1803 гг. ихъ наконецъ привели въ возможный порядокъ. Должно вообще замѣтить, что теперешнія стѣны Кремля очень многое утратили изъ первоначальнаго своего устройства. Остается неприкосновенною отъ временъ Ивана III только внутренняя ихъ каменная толща.
Облицовка или наружныя ихъ стороны по случаю обветшанія по временамъ, какъ упомянуто, подвергались возобновленіямъ и обдѣлкамъ новымъ кирпичомъ, при чемъ мало-по-малу исчезали и нѣкоторыя ихъ архитектурныя части, служившія ихъ украшеніемъ, каковы, напр., бѣлокаменные пояса, существовавшіе и въ верхнемъ, и въ нижнемъ отдѣлахъ. У стѣны, идущей отъ Боровицкихъ воротъ къ рѣкѣ, построенной Петромъ Антоніемъ, такой нижній поясъ сохраняется и доселѣ подъ землею, какъ это обнаружилось въ 1894 году по случаю производимыхъ кн. Н. С. Щербатовымъ изысканій о внутреннемъ подземномъ устройствѣ стѣнъ, Кромѣ того, стѣны всегда были покрыты деревянною кровлею со скатомъ на наружныя стороны Кремля.