Возможно, однако, что в отношениях царя и церкви не все обстояло именно так, как думал Макарий. Итальянский иезуит Антонио Поссевино, побывавший в Москве в начале 80-х годов XVI века, записал в своем сочинении «Московия», что у царя есть свой духовник, который его повсюду сопровождает. «Хотя государь каждый год исповедуется ему в грехах, однако не принимает больше причастия, так как по их законам не позволено вкушать тела Христова тому, кто женат более трех раз». Епитимий, очевидно, все же не остались только на бумаге.
Очевидно, к тому времени, когда царь обращался к собору со своей просьбой, у него уже была на примете новая невеста. Как отметил новгородский летописец, уже 31 мая новгородский архиепископ Леонид «пел молебны... за великую царицу Анну». Новая царица Анна Колтовская также была дочерью сына боярского из Коломенского уезда.
Одновременно с этими хлопотами царь энергично занимался устройством для себя резиденции в Новгороде. С этой целью царь «с миром» посетил Новгород в декабре 1571 года. Вместе с ним в город доставили его казну, размещенную в подклетах нескольких новгородских церквей; стеречь царские сундуки приставили 500 стрельцов. Царь вскоре уехал, а в феврале 1572 года в город была доставлена основная часть его казны на 450 возах. Снова царь приехал в Новгород 31 мая с новой женой и сыновьями, а также любимыми певчими. Вместе с царем прибыл и его двор, в среде которого, по-видимому, продолжались поиски изменников. Новгородский летописец отметил: «Того же лета царь православный многих своих детей боярских метал в Волхову-реку, с камением топил». В Новгороде царь провел два месяца, с тревогой ожидая известий с южной границы.
Именно в эти тревожные для царя дни принял свой окончательный вид сохранившийся черновик царского завещания. Как уже отмечалось выше, завещание это заметно отличалось от завещаний предшественников Ивана IV — московских великих князей. Те в своих завещаниях распоряжались судьбой собственных земель и казны, деля то и другое между наследниками. В отличие от них завещание царя Ивана IV не исчерпывалось подобными распоряжениями; им предшествует своеобразная исповедь царя, обращенная к Богу, и его подробные наставления сыновьям. В этих своих частях завещание Ивана IV до сих пор не подвергалось внимательному анализу, нет и точного представления о том круге литературных текстов, которые царь использовал при его составлении. Все это заставляет ограничиться лишь некоторыми предварительными соображениями.
Для понимания того эмоционального состояния, в котором царь находился летом 1572 года, наибольший интерес представляют два мотива «исповеди» царя: покаяние в грехах и жалобы на людскую неблагодарность. На современного читателя не могут не произвести впечатления слова, с которыми всемогущий самодержец кается перед Богом в совершении самых жестоких и отвратительных поступков: «главу оскверних желанием и мнению неподобных дел, уста — разсуждением убийства, и блуда, и всякаго злаго делания, язык — срамословия и сквернословия, и гнева, и ярости, и невоздержания, руце — осязания неподобно и грабления несытных»; и далее перечень едва ли не всех частей тела и совершаемых ими дурных действий. Однако следует учитывать, что слова покаяния адресовались не подданным и даже не сыновьям — будущим читателям завещания, а Богу, и должны рассматриваться в связи с характером отношений царя и Бога, как они сложились к тому времени. Голод и моровое поветрие, а в еще большей мере сожжение Москвы татарами — все это были очевидные знаки Божьего гнева. Бога можно умилостивить покаянием, и царь готов был каяться. Однако между покаянными словами царя на страницах его завещания и словами покаяния, произносившимися царем в его молодые годы, в частности в речи на Стоглавом соборе, очевидно существенное различие. Тогда рядом с царем стоял его духовник Сильвестр, ясно указавший ему на те его прегрешения, которые привели к несчастьям для страны и за которые следовало просить прощения у Бога. Теперь рядом с царем не было ни Сильвестра, о котором он вспоминал с постоянным чувством раздражения, ни другого подобного ему человека, который осмелился бы наставлять царя. Иван IV должен был сам решать вопрос о своих отношениях с Богом. Текст завещания показывает, что царь ограничился формальным покаянием во всех возможных дурных мыслях, поступках и пороках, в том числе и в таких, которых он никак не мог совершить. При всем желании Иван IV, например, никак не мог уподобиться библейскому праотцу Рувиму, «осквернившему отче ложе». Такой характер покаяния ясно говорит о том, что, понимая необходимость каяться, в глубине души царь не считал себя на самом деле виновным в чем-либо конкретном. Весь этот перечень оказывался на деле всего лишь благочестивым примером смирения христианина, знающего, что, будучи смертным человеком, он подвержен любым порокам, присущим человеческой природе. К тому же признание своего глубокого несовершенства не мешало царю на последующих страницах завещания выступать в роли авторитетного учителя и наставника своих сыновей.
Стоит отметить, что перечень присущих ему пороков самодержец заключал словами: «Но что убо сотворю, понеже Авраам не уведе нас, Исаак не разуме нас, Израиль не позна нас». Нетрудно увидеть, что царь если и совершил что-либо греховное, то потому, что окружающие не понимали его добрых намерений. Помимо роли носителя всевозможных пороков царь выступает и в другой роли, в роли бедной жертвы своих подданных. В завещании царь говорит о себе: «Изгнан есмь от бояр самоволства их ради, от своего достояния и скитаюся по странам». Эти слова заставляют вспомнить о желании царя найти себе убежище в Англии. Переговоры об этом, начатые в 1567 году, продолжались затем в течение ряда лет, и царь настойчиво требовал от английской королевы грамот, торжественно скрепленных подписями и присягами, которые гарантировали бы ему безопасное пребывание в этой стране.
Тема «правитель и подданные» прослеживается и в наставлениях царя сыновьям. Сыновья должны учиться не только «как людей держать и жаловати», но и «как от них беречися». Побуждая сыновей усердно учиться «ремеслу государя», собирать сведения о самых разных сторонах общественной жизни («а всякому делу навыкайте... и священническому, и иноческому, и ратному, и судейскому»), царь пояснял, что, лишь обладая такими навыками и знаниями, они смогут «своими государствами владеть и людьми»: «Ино вам люди не указывают, вы станете людям указывать». Таким образом и на страницах завещания, как и в других своих сочинениях, Иван IV выступает идеологом сильной власти, решительно подчиняющей общество своему руководству.
Вместе с тем в тексте завещания обнаруживается ряд новых тем, необычных для более ранних произведений Ивана IV.
Так, Иван настойчиво советует сыновьям быть осторожными при установлении наказаний: «И вы б... опалы клали не вскоре, по разсуждению не яростию». Не ограничившись этими словами, царь снова возвращается к этой теме в конце своих наставлений: «Правду и равнение давайте рабам своим, послабляюще прощения»; «во всяких опалах и казнях, как где возможно, по разсуждению на милость претворяли»; «долготерпения ради от Господа милость приимете». В подтверждение своих слов Иван IV даже процитировал слова византийского книжника VI века диакона Агапита: «Подобает убо царю три сия вещи имети, яко Богу не гневатися, и яко смертну не возноситися и долготерпеливу быти к согрешающим». Все это резко противоречило действиям царя в годы опричнины и может рассматриваться как косвенное осуждение им самим поступков, совершенных в предшествующие годы.
Исследователи давно обратили внимание на читающиеся в самом начале завещания царя жалобы на людскую неблагодарность: «Ждах, иже со мною поскорбит и не бе, утешающих не обретох, воздаша ми злая во благая и ненависть за возлюбление мое». Следует согласиться с С. Б. Веселовским, что эти слова царя относятся не к «боярам», которых царь обвинял в «самовольстве», ссылал и казнил. «Воздаша злая во благая» окружавшие царя опричники: возвышенные и осыпанные милостями, они изменили и оказались замешаны в злоупотреблениях. Перед нами еще одно свидетельство разочарования царя в опричнине и опричниках.