Это стало ясно в следующем, 1543 году, когда подрастающий великий князь попытался проявить свои симпатии к некоторым из членов его совета — Боярской думы. 9 сентября 1543 года на заседании Боярской думы в присутствии великого князя и нового митрополита Макария Шуйские и их советники напали на Федора Воронцова «за то, что его великий государь жалует и бережет». Воронцова «биша по ланитам и платие на нем ободраша», затем его стащили «с великого князя сеней с великим срамом бьюще и пихающе» и заключили в тюрьму. Великий князь послал митрополита и бояр Ивана и Василия Григорьевичей Морозовых просить, чтобы Воронцова не убивали и уж если «Федору и сыну его Ивану на Москве быти нелзя, ино бы Федора и его сына Ивана послали на службу на Коломну», но смог добиться лишь того, что Федора послали на Кострому. Те, кто взялись исполнить поручение великого князя, подверглись при этом оскорблениям. Как вспоминал царь Иван в своем первом послании Курбскому, «митрополита затеснили и мантию на нем с источники изодрали, а бояр в хребет толкали».
Как видим, у молодого государя стали появляться явные симпатии к некоторым из своих советников. При этом они проявлялись столь ярко, что находившаяся у власти группировка сочла нужным вмешаться и принять свои меры. Характерно, что в отличие от многочисленных опал и казней предшествующих лет на этот раз великий князь высказал определенно свои желания и нашел людей (и в их числе — самого митрополита), готовых их отстаивать. Разумеется, возможности тринадцатилетнего великого князя были невелики, реальная власть была не в его руках, настоять на своем он не мог, но все же с его желаниями вынуждены были в известной мере считаться: после насилий над Федором Воронцовым тот уехал в Кострому не ссыльным, а воеводой стоявшей там рати.
Пробуждение у Ивана какого-то интереса к государственным делам не могло не привлечь внимания политиков, находившихся не у власти, но рассчитывавших вернуть ее при содействии великого князя.
Через неделю после столкновения из-за Федора Воронцова великий князь отправился «в Сергиев монастырь помолитися», из Троицы поехал в Волоколамск, затем в Можайск и вернулся в Москву лишь поздней осенью. В жизни молодого монарха подобные поездки были внове и свидетельствовали о том, что его образ жизни начинает приближаться к образу жизни правителя, неотъемлемой частью которого были посещения подвластных территорий.
Великого князя в этой долгой поездке сопровождали бояре. Имена их нам неизвестны, но судя по тому, что произошло дальше, некоторые из них принадлежали к числу противников Шуйских и побуждали великого князя к решительным действиям против них. Из предшествующего изложения видно, что у великого князя были все основания для антипатии к этим предводителям боярства, которые в борьбе за власть неоднократно проявляли открытое пренебрежение к нему.
29 декабря 1543 года великий князь, как сообщается в официальной истории его царствования, «велел поимати первого советника... князя Андрея Шюйского и велел его предати псарем, и псари взяша и убиша его, влекуще к тюрмам». Последняя деталь как будто указывает на то, что первоначально предполагалось заключить боярина в тюрьму, а убит он был, когда с этим возникли какие-то сложности. Убийство вожака деморализовало всю группировку Шуйских, и его сторонники, не оказывая сопротивления, отправились в ссылку. Вместе с тем убийство боярина без суда и следствия свидетельствовало о том, что великий князь и те, кто стоял за его спиной, были, очевидно, убеждены, что легальными средствами осуществить смену власти им не удастся.
В официальной истории правления Ивана IV, откуда мы черпаем сведения об этом событии, сказано, что великий князь приказал убить князя Андрея, «не мога того терпети, что бояре безчиние и самовольство чинят... и многие неправды земле учиниша в государеве младости». Позднее к этому тексту было сделано добавление: «От тех мест начали боляре от государя страх имети». Нет сомнений, что в более поздние годы царь желал, чтобы это событие выглядело именно так в глазах читателей.
Однако все исследователи сходятся на том, что боярскому правлению не был положен конец, а сам великий князь позже не уделял большого внимания государственным делам и был далек от желания исправлять «неправды», причиненные «земле» боярскими правителями. Характерно, что один из осведомленных современников, автор Продолжения Хронографа редакции 1512 года, ничего не знал об участии великого князя в этом событии, записав лишь, что князя Андрея «убили... псари у Курятных ворот во дворце, повелением боярским». Есть все основания полагать, что события завершились сменой боярских группировок, стоявших у власти: место Шуйских заняли их противники. Главную роль среди последних играли Воронцовы. Сосланный Шуйскими Федор Воронцов к началу 1544 года получил сан боярина.
Тем не менее в образе жизни молодого правителя произошли заметные перемены. Когда вскоре после убийства князя Андрея Шуйского великий князь отправился на богомолье в Калязин монастырь, его уже сопровождало «бояр множество». Бояре пока еще не боялись своего государя, но было ясно, что его неприязнь может нанести серьезный ущерб любой из боярских группировок, находящихся у власти. Именно в этой новой ситуации опекуны стали стараться угождать всем прихотям своего государя (о чем говорит приведенное выше свидетельство Курбского). Теперь великому князю уже не приходилось жаловаться на скудное содержание.
Пришел конец и постоянному пребыванию великого князя в Москве. Он стал совершать все более длительные поездки по стране. Так, отправившись в мае 1545 года в Троице-Сергиев монастырь, великий князь поехал оттуда на север через Переславль-Залесский — в Ростов, а затем в Ярославль и на Белое озеро. В путешествии он навестил едва ли не все «заволжские обители» — Кирилло-Белозерский, Ферапонтов, Корнильев Комельский, Павлов Обнорский монастыри. В написанном много лет спустя послании в Кирилло-Белозерский монастырь царь вспоминал, что в первое его пребывание в Кириллове он и его свита, не привыкшие к долгому летнему дню, опоздали к ужину и монастырский подкеларник отказался их кормить («государя боюся, а Бога надобе больши того боятися»). Путешествие продолжалось несколько месяцев, а уже в сентябре Иван снова отправился к Троице, а оттуда — в Александрову слободу и в Можайск. Такое долгое отсутствие в столице молодого великого князя говорит о том, что решение текущих государственных дел вполне осуществлялось без его участия.
Длинный перечень «заволжских» обителей, посещенных великим князем, мог бы навести нас на мысль, что уже в то время Ивана Васильевича глубоко интересовала внутренняя жизнь церкви и симпатии его принадлежали живущим в заволжских обителях «нестяжателям», суровым аскетам, учившим, что церковь не должна обладать земельными владениями. Однако такому путешествию можно дать и более простое объяснение.
Вспомним, что в 1528—1529 годах отец Ивана великий князь Василий вместе с молодой женой совершил такое же путешествие из Александровой слободы в Кириллов, чтобы просить чудотворца Кирилла о даровании им сына. С просьбой молиться о «чадородии» великий князь обращался и к братии других северных обителей, в частности к Корнилию Комельскому, основателю того Корнильева монастыря, который среди других обителей посетил в 1545 году Иван Грозный. Таким образом, поездка на далекий Север со стороны молодого великого князя была актом благочестивой благодарности, предпринятым, как только молодой правитель оказался в состоянии совершить столь долгое путешествие.
Сведения о других поездках, гораздо более кратких по времени, не позволяют говорить о чрезмерном благочестии великого князя: посещение чтимых обителей или храмов сочеталось с поездками на медвежью охоту или на звериную ловлю.
По свидетельству Курбского, великий князь предавался развлечениям в компании юных аристократов, и их «потехи» были не безопасны для окружающих. Великий князь со своими благородными сверстниками «по стогнам и торжищам начал на конех... ездити и всенародных человеков, мужей и жен бити и грабити». Воспитатели, по словам Курбского, не удерживали великого князя от подобных поступков, но, напротив, восхваляли их, говоря: «О храбр... будет сей царь и мужествен».