Первоначально инциденту, происшедшему 9 ноября, не придали никакого значения, но царевичу становилось все хуже и хуже, и 12-го числа царь был вынужден известить руководителей земской Думы, что он не может ехать в Москву, как они договаривались, так как его сын Иван «ныне конечно болен», «а нам докудова Бог помилует Ивана сына ехать отсюда невозможно». Дядя наследника, Никита Романович, выехал в Слободу с врачами и лекарствами, но царевичу ничего не помогло, и 19 ноября он умер.

Царь, разумеется, вовсе не хотел убивать сына, и то, что произошло, стало для него сильным потрясением. Поссевино, вскоре после этого побывавший в Москве, записал: «Каждую ночь князь под влиянием скорби (или угрызений совести) поднимался с постели и, хватаясь руками за стены спальни, издавал тяжкие стоны. Спальники с трудом могли уложить его на постель, разостланную на полу». Сообщение это находит подтверждение в важном отечественном источнике. Как записано во вкладной книге Троице-Сергиева монастыря, 6 января 1583 года, посетив обитель, царь призвал к себе троицких старцев Евстафия Головкина и Варсонофия Якимова, а также своего духовника Феодосия Вятку и просил их устроить в обители ежедневное поминовение по его сыне «вовеки и навеки, докуды обитель сия святая стоит». «И о том поминание о царевиче Иванне плакал и рыдал, и умолял царь и государь, шесть поклонов в землю челом положил со слезами и рыданием». Так через два года после гибели сына царь продолжал оплакивать его смерть. По душе царевича были даны огромные вклады в русские обители (только Троице-Сергиев монастырь получил 5 тысяч рублей), а когда был заключен мир, такие же огромные вклады были посланы в наиболее чтимые обители православного Востока — на Афон, в Иерусалим и на Синай.

Как ни была глубока скорбь царя, он и на краткое время не перестал заниматься государственными делами и, в частности, внимательно следил за ходом начавшихся переговоров о мире между Россией и Речью Посполитой. Новые попытки штурмовать Псков, предпринятые в конце октября — начале ноября, оказались безрезультатными, и 6 ноября осаждающие «из ям вышли и наряд из-за туров выволокли». После этого 14 ноября Баторий выслал «опасную грамоту» для русских послов, которые должны были прибыть на переговоры. Переговоры начались 17 декабря, а 15 января 1582 года в Яме Запольском был заключен договор о десятилетнем перемирии между государствами. По этому соглашению Речь Посполитая возвращала те русские города, которые были заняты польско-литовскими войсками во время кампаний 1580 и 1581 годов, а Россия уступала Речи Посполитой все те земли в Ливонии, которые к началу 1582 года находились под русской властью.

Ко времени заключения перемирия положение королевской армии в лагере под Псковом стало незавидным. Она сильно страдала от холода и болезней. 1 декабря король уехал в Польшу, за ним последовала значительная часть его войска (не привычное к лишениям дворянское ополчение, отряды наемников, не получившие вовремя жалованья). Соотношение сил изменилось в пользу осажденных. В январе 1582 года уже псковские воеводы предпринимали нападения на королевский лагерь. Во Пскове не понимали, почему царь согласился на столь тяжелые условия мира, и винили во всем папского посредника — иезуита. «Оманила его Литва, — писал псковский летописец, — заслаша к нему протопопа Антония римского от папы мироват; и поведаша царю яко взят Псков... и царь Иван послал о мире х королю ко Пскову, и вдаст ему на Псков 15 городов ливонских».

Объяснения эти никак не соответствовали истине. Царю было хорошо известно, что его «воеводы сидят во Пскове здорово и безстрашно и людем государевым убою нет и порухи над городом нет никоторые», да и советами иезуита он не намерен был руководствоваться. С течением времени в этой неприятной истине должен был убедиться и сам Антонио Поссевино. Оказывая любезности папскому посланцу и делая многозначительные заявления (но не на официальном приеме, а на пиру), царь одновременно принимал меры к тому, чтобы приехавшие к нему католические священники не имели никаких возможностей для ведения миссионерской деятельности. По сообщению самого Поссевино, царь «запрещал переводчикам даже переводить все то, что имеет отношение к религии». Обсуждение же вопроса о характере разногласий между церквями и способах их преодоления было отложено до того времени, когда Поссевино вернется в Москву после завершения мирных переговоров. Когда это произошло и царь принял посланца по его настоянию, он уже не нуждался в содействии курии и мог дать волю своим чувствам по отношению к Риму. Плохим предзнаменованием для иезуита были уже слова царя, что он не хочет говорить с Антонием о вере, «чтоб нашему делу с папою порухи в нашей ссылке и любви не было». Когда дело дошло до обмена мнениями, царь с характерной для него ядовитой насмешкой стал высмеивать церемонии, служащие возвеличению папской власти. Обычай в торжественных процессиях носить папу, восседающего на троне, царь охарактеризовал так: «И папа не Христос, а престол, на чем папу носят, не облак, а которые носят его те не ангелы — папе Григорию не подобает Христу подобитись и сопрестольником ему быть». Беседа завершилась словами царя: «Который папа не по Христову учению и не по апостольскому преданию почнет жити и тот папа волк, а не пастырь». «И посол Антоней, — как записано в посольской книге, — и престал говорити, коли, де, уж папа волк, мне что уж и говорити». Царь, однако, не хотел совсем разрывать только что установившиеся связи с Римом. Не желая касаться вопросов веры, Иван IV был готов продолжать переговоры о союзе христианских государств против неверных и с этой целью отправил вместе с Поссевино к папе своего посланца Якова Молвянинова, но теперь уже Рим не обнаружил заинтересованности в продолжении контактов.

Царское решение добиваться мира с Речью Посполитой даже ценой тяжелых уступок было принято в Старице 22 октября, после получения известий о взятии Нарвы шведами. Именно тогда Боярская дума приговорила «по конечной неволе» «Ливонские бы городы, которые за государем, королю поступитися... а помиряся б с литовским с Стефаном королем, стать на свейского». Это решение еще раз показывает, каковы были приоритеты в русской политике в отношении Ливонии: в Москве готовы были отказаться от всех ливонских замков, чтобы получить возможность вернуть себе утраченный порт на Балтике.

Русские представители на мирных переговорах, князь Дмитрий Петрович Елецкий и печатник Роман Васильевич Алферьев, добились цели, поставленной перед ними царем: в текст договора о перемирии не были включены земли в Ливонии, занятые шведами, и тем самым появлялась возможность отвоевывать их у противника без риска возобновления войны с Речью Посполитой. Еще во время мирных переговоров в Новгороде стали собираться войска для «зимнего похода» «на свейских немец». Сразу по получении известий о подписании Я м-Заполье ко го договора царь приказал воеводам начать военные действия, и войска двинулись «к Ругодеву (Нарве. — Б. Ф.)... да в Свицъкую землю за Неву реку». Командовавший передовым корпусом князь Дмитрий Иванович Хворостинин разбил шведские войска у села Лямицы в Вотской пятине.

Выполнить задуманный план, однако, не удалось. В Поволжье началось новое большое восстание местного населения, вызванное, как и предшествующие волнения, злоупотреблениями местных властей при сборе «ясака». О нем мы узнаем из записей «Разрядных книг», а также из подробного донесения, отправленного Баторию в июне 1583 года. Зимой 1581/82 года восстала «Горная черемиса». В то самое время, когда воеводы выступили из Новгорода в «зимний поход», из Чебоксар против восставших была отправлена трехполковая рать. Это войско «черемиса» разбила. Желая прекратить волнения, ставившие под угрозу исполнение его планов, царь принял черемисских послов и согласился удовлетворить их требования, но в это самое время началось восстание «Луговой черемисы». В октябре 1582 года в Поволжье против мятежников была отправлена рать уже из пяти полков. Прекратить восстание удалось лишь после смерти царя.