1 декабря 1989 г. на встрече М.С. Горбачева с папой Иоанном Павлом II в Ватикане был решен вопрос о легализации УГКЦ. Проблему возрождения греко-католической церкви в Западной Украине взялась решать и Русская православная церковь, несмотря на протесты отдельных украинских епископов, — она не могла не реагировать на проблемы верующих церкви-сестры, которые вынуждены находиться в подполье. Была создана четырехсторонняя комиссия, в которую вошли представители Москвы, Рима, Киева и УГКЦ. Комиссия выработала соглашения, согласно которым общины добровольно выбирали себе юрисдикцию. Важнейший пункт соглашения гласил: если большая часть общины выбирает какую-то из церквей, за ней остается храм. Однако меньшинство тоже не должно было оказаться на улице: ему выделялось место под строительство храма, а владельцы храма должны помочь в возведении новостройки. Но униаты неожиданно заявили о выходе из комиссии.
После этого в Западной Украине униаты, вооруженные кольями, при поддержке ОМОНа отобрали у православных сотни православных храмов. Так и не были наказаны виновные в избиении тысяч православных мирян и духовенства, а Ватикан не принес извинений за эти агрессивные действия своих сторонников. Более того, после приезда на Украину приглашенного Кучмой Иоанна Павла II в 2001 году начался новый этап экспансии унии и католицизма на каноническую территорию РПЦ. Причем сам визит сопровождался обманом. Иоанн Павел II был приглашен президентом Кучмой как глава государства Ватикан, но вместо государственного визита совершил по Украине пастырскую поездку. После отъезда К. Войтылы униаты получили земельный участок площадью 6 га на левом берегу Днепра и объявили о намерении перенести туда свою резиденцию. Перед смертью К. Войтыла сделал последний штрих своей политической борьбы с православным Востоком, утвердив решение о переносе униатского центра из Львова в Киев и присвоении Любомиру Гузару статуса «архиепископа Киевского и Галицкого». А уже при покровительстве Виктора Ющенко на левом берегу в Киеве был построен униатский кафедральный собор, чего не было даже во времена оккупации Киева Речью Посполитой.
Еще одна трагическая страница в духовной жизни Украины времен независимости — искусственное создание церковных расколов при активном содействии подписанта Беловежских соглашений Леонида Кравчука. Симон Петлюра писал профессору Ивану Огиенко, будущему эмигранту и главе Украинской церкви в Канаде в 1921 году: «В будущих наших конфликтах с Москвой внутренне сплоченная, иерархически дисциплинированная Украинская Церковь может исполнить великую позитивную роль для достижения необходимых результатов в этой борьбе».
Первые шаги к созданию подобной «церкви» были сделаны человеком с непомерной гордыней, носящим имя Михаил Денисенко. Один из лидеров украинских автокефалистов Дмирий Ярема, анализируя сложившуюся религиозную ситуацию в Украине и плоды своей деятельности, перед смертью признался: «Теперь украинская схизма грозит всему православию, если ее вовремя не остановить… И название ей — филаретовщина: Филарет сознательно отрывает Украину от ядра Православной церкви — Вселенского Православия, и через видимость, подобие церкви, замену духовно-чистой Церкви на мир риз и театральности, — ведет людей в ад, в пасть Люцифера. И сам он стал Люцифером Украины, злобным, темным ее духом…» (Ярема Д. Мусимо боронити святе Православья від великої схизми // Розмови про страшне сьогодення. К., 2000).
В управление Православной церковью на Украине архиепископ Филарет (Денисенко) вступил 14 мая 1966 года вместе с назначением постоянным членом Священного Синода РПЦ, Экзархом Украины, архиепископом Киевским и Галицким. С 27 октября 1990 г. он — Предстоятель Украинской православной церкви — независимой и самостоятельной в своем управлении — Блаженнейший Митрополит Киевский и всея Украины. Когда пришло время перестройки и гласности, общество вдруг узнало о «другой стороне» жизни Филарета: о нарушении монашеских обетов, сотрудничестве с КГБ под псевдонимом Антонов.
20 января 1992 года прозвучало Заявление 26 народных депутатов Верховной Рады Украины (Чорновил, Головатый, Ивасюк, Шевченко, Бойко и другие): «Не случайно Предстоятель Украинской Церкви митрополит Филарет правдами и неправдами ищет путей, быстро заменив свои лозунги, чтобы заручиться поддержкой нового правительства и сохранить свою порочную систему управления Церковью… именно митрополит Филарет (Денисенко) тесно связал свою тридцатилетнюю деятельность со службами КГБ, чтобы угодить власти КПСС, прослужить безбожному правительству не столько в интересах Церкви, сколько ради карьеры и возможности держать церкви в Украине в руках единоличной диктатуры. Все это отталкивает от церкви людей, сводит на нет проповедническую, миссионерскую работу честного священства, углубляет вражду и содействует расколам.
Наше депутатское сознание призывает провозгласить очевидный факт: митрополит Филарет (Денисенко) является преградой на пути духовного возрождения Украины, очищения общества от сталинских болезней, он должен оставить должность Предстоятеля Украинской православной церкви, датьей возможность сберечь свое единство, правильно самовыразиться в новых государственных условиях, окормить измученный народ чистой верой и духовной силой».
Священнослужители Украинской православной церкви обвиняли митрополита Филарета в успехах униатов в Галиции, в возникновении и распространении автокефального раскола. Из-за грубого и деспотического управления Киевской Митрополией из юрисдикции Московского патриархата ушло множество клириков и мирян, которые не желали больше терпеть произвол Киевского митрополита и его гражданской жены Евгении Петровны Родионовой.
В 1992 г. украинские епископы на Харьковском Архиерейском Соборе сняли Филарета с должности Предстоятеля УПЦ и за преступления перед Церковью запретили священнослужение. Это решение признали Предстоятели всех православных церквей мира, а также Римско-католическая церковь. Перед этим Филарет проиграл выборы на роль главы Русской православной церкви (Поме-стный Собор тогда выбрал патриархом Алексия II). Но Филарет не сдался, то есть не покаялся. И создал свою личную, «карманную церковь». И назвал ее УПЦ-КП. Потом собрал лишенных сана монахов и сделал их «епископами» и «архиепископами».
Для своей хотя бы условной легитимации Филарет объявил об объединении УПЦ-КП с Украинской автокефальной церковью, предстоятеля которой, престарелого Мстислава (Скрипника) еще незадолго до того называл «петлюровским лжепатриархом». 25 июня 1992 г. Филарет, лишенный должности и священного сана, с церковной кассой УПЦ (а также с миллионами, стараниями Леонида Кравчука и Витольда Фокина переданными Филарету со счетов запрещенной тогда Компартии) перешел к раскольнической УАПЦ. Это событие было громко названо «Всеукраинским Православным (Объединительным) Собором 25–26 июня 1992 г.». Так как Мстислав проживал в США, на Украине его приходами управлял «митрополит» Антоний Масендич. К нему-то и нагрянули эсбэушники и нардепы (Червоний, Поровский, Павлычко и др.) с требованием выполнить распоряжение Кравчука и объединиться с Филаретом. Патриархом новой структуры было «решено считать» ничего не подозревающего Мстислава, его замом — Филарета, которому депутаты и собравшиеся «вернули» титулы, отнятые Харьковским Архиерейским Собором, а управделами — Антония Масендича.
Патриарх УАПЦ Мстислав лишь на пятый день узнал, что его церковь упразднена, он руководит уже другой организацией, а в замах у него — злейший враг Филарет. Мстислав летит на Украину. Разобравшись в ситуации, он заявляет, что не признает никакой УПЦ-КП, остается патриархом лишь УАПЦ, «за сговор с Филаретом» отлучает от Церкви сподвижников — Масендича, Романюка, а также самого Филарета, восстанавливает иерархию УАПЦ и подает заявление в Генеральную прокуратуру с просьбой привлечь к уголовной ответственности всех организаторов УПЦ-КП. Он говорил: «Я с Филаретом никогда не служил. Борони Боже! Вы не забывайте, что он лишен сана. Нигде в мире ни одна из поместных церквей не считает его митрополитом. Трагедия сегодняшнего украинского православия заключается в таком явлении, как филаретовщина. К сожалению, этого не хотят понять в правительстве Украины. Пока будет существовать филаретовщина, кризис в украинском православии не минет».