В период подготовки десантной операции с 23 по 31 октября летчики морской авиации уничтожали огневые средства и живую силу противника в районах Керченского полуострова, прикрывали сосредоточение плавсредств, наносили удары по вражеским боевым катерам в порту Феодосия.

В ночь на 1 ноября одновременно с артиллерийской подготовкой высадки морская авиация бомбардировала неприятельские и основные группировки немецко-фашистских войск. С рассветом 1 ноября она осуществила поддержку войск при захвате плацдарма. Противник предпринимал яростные усилия сбросить войска десанта в море. Войскам, удерживавшим занятые рубежи, надежную помощь оказывала авиация. 3 ноября Военный совет Восемнадцатой армии писал командующему Черноморского флота:

«Передайте летному составу ВВС ЧФ, поддерживающему нас в бою на восточном берегу Керченского полуострова, спасибо от пехоты нашей армии! Летчики оказали нам большую помощь в отражении трех контратак противника с танками, которые он предпринял в течение двух дней».

Поддержка десанта сопровождалась воздушными боями с авиацией противника. 2 ноября морской авиацией произведено в районе Эльтигена 22 воздушных боя, сбито 25 неприятельских самолетов. 3 ноября командир эскадрильи Сорок седьмого штурмового авиаполка лейтенант Б. Н. Водоводов на самолете ИЛ-2 с парторгом эскадрильи младшим лейтенантом В. Л. Быковым в качестве стрелка, расстреляв боезапас при отражении танковой атаки, таранили летевший на бомбардировку наших войск самолет Ю-88. В обращении к командованию Черноморского флота Военный совет Восемнадцатой армии тогда писал: «… имена лейтенанта Б. Н. Воловодова и младшего лейтенанта В. Л. Быкова, таранивших немецкий самолет Ю-88, мы запишем в списки героев нашей армии…»

Весьма активным было участие авиации ВМФ в Выборгской и Таллинской операциях, а также в Восточно-Прусской и Петсамо-Киркенесской.

Подводя итоги каждой проведенной операции и планируя новые, генерал Жаворонков стремился к неуклонному повышению роли морской авиации в достижении победы над врагом. В этом деле ему хорошо помогали его личные качества: глубокая эрудиция, умение вовремя заметить новое в действиях частей и соединений и стремление сделать каждый новый полезный шаг достоянием всех морских летчиков. Особенностью стиля его руководства было умение подмечать главное в общем потоке событий и мобилизовывать все силы на решение этой главной задачи.

Об этом ярко свидетельствует пример умелого решения вопроса взаимодействия морской авиации с кораблями флота в противолодочной обороне. В последние месяцы войны было замечено значительное увеличение числа подводных лодок противника, действующих против наших судов в Баренцевом море. Особенно активно они действовали у побережья Северной Норвегии и Кольского полуострова. По неполным данным, у немцев в этом районе было около 37 подлодок. С ними необходимо было вести борьбу. Одному флоту эта борьба была не под силу. И генерал Жаворонков много сил затратил на то, чтобы организовать тесное взаимодействие флота и авиации.

Многие оперативные и даже тактические приемы взаимодействия авиации и флота были рекомендованы С. Ф. Жаворонковым. Он проанализировал действия наших экипажей на всех флотах, выбрал рациональное зерно, и получилась стройная система борьбы с вражескими подлодками.

Экипажи морской авиации несли противолодочное патрулирование в назначенных им районах моря. Они включались также в состав сил противолодочной обороны конвоев. На морских летчиков возлагались задачи поиска подводных лодок, выполнение атак, наведение на обнаруженные лодки своих кораблей. Поиск подводных лодок вели, как правило, гидросамолеты. Торпедоносцы, бомбардировщики и штурмовики при необходимости вылетали в районы обнаружения или предположительного нахождения подводной лодки для бомбометания. Противолодочная оборона конвоев выполнялась парами и одиночными самолетами МБР-2.

Рассказ о деятельности С. Ф. Жаворонкова на посту командующего военно-воздушными силами Военно-Морского Флота в годы Великой Отечественной войны был бы неполным, если не вспомнить об активном участии морских летчиков в прикрытии военных транспортов наших союзников. По долгу службы Семену Федоровичу иногда приходилось встречаться в представителями английского и американского командования в связи с проводкой их транспортных судов. Каждый раз природный ум и богатый жизненный опыт помогали Семену Федоровичу с успехом решать вопросы в самых различных ситуациях.

Рассказывают об одном разговоре, происшедшем между Жаворонковым и представителем одной зарубежной фирмы, поставлявшей в Советский Союз военное снаряжение.

— А вы, мистер Жаворонков, можете гарантировать, что снаряжение, которое я подготовил к отправке в Советский Союз, не достанется акулам или не окажется в руках наших врагов?

В ответ на это заявление представителя иностранной фирмы Жаворонков сказал:

— Лично я гарантировать не могу, но это может сделать и непременно сделает наше социалистическое государство, его люди, наши славные воины.

Иностранец не унимался:

— Ну кто, как не вы, знаете возможности авиации и ее летчиков! Вы уверены, что они способны оградить наши транспорты от немецких атак? Дайте гарантию!

— Авиация у нас сейчас лучше фашистской. Люди наши золотые, с боевым опытом. А гарантия — это слово советского человека, который никогда на ветер слов не бросает.

— О, вы фанатик, господин Жаворонков, настоящий фанатик, — засмеялся иностранец.

— Если бы в вашей стране было побольше таких фанатиков, как я, закончил разговор Жаворонков, — мир не дал бы Гитлеру развязать эту тяжелую, кровопролитную войну.

— Браво, браво! Я сдаюсь, — захлопал в ладоши представитель фирмы и, раскланявшись, вышел из кабинета Жаворонкова.

В феврале 1945 года С. Ф. Жаворонков успешно выполняет задание Советского правительства по обеспечению перелета в Советский Союз делегаций стран — участниц Ялтинской конференции.

Если говорить коротко о боевом вкладе авиации Военно-Морского Флота в общую победу над фашистскими захватчиками, то можно сказать прямо: авиация ВМФ являлась главной ударной силой флота, Об этом свидетельствуют и цифры. На долю авиации приходится свыше 50 процентов тоннажа транспортных судов и более 60 — боевых и вспомогательных кораблей, потерянных гитлеровцами от воздействия нашего флота в целом. Авиацией Военно-Морского Флота в течение войны было совершено более 350 тысяч самолето-вылетов, сброшено на врага свыше 27 тысяч тонн бомб, пущена 1371 торпеда, поставлено 2425 мин.

Коммунистическая партия и Советское правительство высоко оценили работу С. Ф. Жаворонкова по организации и руководству боевыми действиями авиации ВМФ. В 1943 году ему было присвоено звание генерал-полковника авиации, а в 1944 году — маршала авиации.

За операции, успешно проведенные авиацией ВМФ, он был награжден орденом Ленина, Красного Знамени, орденом Нахимова 1-й степени, двумя орденами Ушакова 1-й степени, орденом Кутузова 2-й степени и многими медалями.

Победоносно завершилась Великая Отечественная война. Партия направляет маршала авиации С. Ф. Жаворонкова на руководящую работу в Гражданский воздушный флот — сначала заместителем, а затем начальником Главного управления ГВФ при Совете Министров СССР. И Жаворонков с присущей ему кипучей энергией взялся за новое для него дело. Восстановление воздушных линий, аэропортов, территориальных управлений и организация воздушных перевозок во всех освобожденных республиках, краях и областях являлись важнейшими задачами управления Гражданского флота. Много сил затрачивал Семен Федорович на решение вопросов, связанных с техническим перевооружением флота на новую авиационную технику, со строительством и оборудованием аэродромов, а также по обеспечению безопасности полетов.

Гражданская авиация стала получать от отечественных заводов все больше и больше самолетов, совершенных по своим летно-техническим данным. Законом о пятилетнем плане восстановления и развития народного хозяйства СССР на 1946–1950 годы была намечена большая программа развития гражданской авиации.