Голубович, Жуковский, Грушевский опасались возрастания популярности Петлюры в украинских кругах, особенно после обороны и взятия столицы. Они рассматривали Петлюру как явного конкурента в борьбе за власть, оппозиционера в отношении к власти эсеровского кабинета и возможного «украинского Наполеона». Кичащиеся своей «левизной» эсеры снова обвиняли Петлюру «в военном заговоре с целью установления правой диктатуры», а его гайдамаков — в антисемитизме и еврейских погромах. В то же время более «правые» офицерские круги уличали гайдамаков как «большевиков», «распущенный и вредный элемент».
Но кроме личной неприязни отдельных политиков чувствовалась в травле Петлюры и тайная «немецкая рука». Немецкая разведка была хорошо осведомлена о тесных контактах Петлюры с французской миссией, о его антантовских симпатиях. В Петлюре немцы видели неуправляемого и опасного тайного врага, который может спутать все их дальнейшие планы. Еще в феврале 1918-го немцы добивались от Голубовича немедленного удаления Петлюры, этого «авантюриста, пользующегося большой популярностью».
А тут еще вступление гайдамаков Петлюры в столицу и парад. Это окончательно вывело немцев из себя. Нужно было полностью скомпрометировать и навсегда отстранить Петлюру от военного и политического руководства.
Очевидно, план компрометации был разработан еще до «киевского триумфа». Гайдамакам Петлюры начали настойчиво приписывать антисемитизм, погромы, убийство евреев как в местечках Волыни, так и после захвата Киева. Хотя трудно было понять, кто собственно совершает насилие над евреями. Какая конкретно часть войск УНР (а может, просто бандиты в солдатских шинелях, а может отступающие фронтовики) совершает погромы?
Гайдамакам Петлюры уже через четыре дня после захвата Киева стали приписывать самочинные расстрелы коммунистов и евреев в парковой роще Владимирской горки, что возвышалась над Подолом. Дело в том, что гайдамаки в Киеве разместились в кельях Михайловского монастыря, который выходил своим задним двором на Владимирскую горку. В кустах Владимирской горки в начале марта 1918-го стали находить трупы расстрелянных, преимущественно евреев. Так, 6 марта там были обнаружены сразу три трупа евреев, всего же в первые девять дней по городу было найдено 22 трупа евреев, в том числе и труп члена Центральной Рады бундовца Сухоровича-Линтама.
Была создана специальная комиссия киевской городской Думы по расследованию самочинных расстрелов. Она регистрировала трупы, однако так и не объяснила причины тайных расстрелов и не могла определить их исполнителей. Никто так и не доказал, что трупы на Владимирской горке — дело рук именно гайдамаков и что именно Петлюра отдавал приказы на расстрелы. Но киевская Дума была давно настроена против Петлюры, еще с инцидента с расстрелом Пятакова. Дума, а также ряд прогерманских, проэсеровских газет развернули компанию в прессе против гайдамаков. Она была настолько резкая, что представители гайдамаков обратились в Центральную Раду с требованием прекратить постоянную газетную травлю гайдамаков.
В Киеве немцы и правительство Голубовича опасались выступления бывших офицеров, которых в городе сохранилось еще около шести тысяч, считая, что такое выступление будет направлено против немецкого присутствия на Украине и против Рады. Для страховки от всяких неожиданностей было решено отстранить Петлюру от командования гайдамаками, а генерала Присовского от командования Запорожской дивизией — «по причине недоверия», провести разоружение Киева, в четыре дня зарегистрировать всех живущих в городе офицеров (под угрозой высылки с Украины) и выдворить подданных стран Антанты из Украины как «шпионов».
С отставкой Петлюры от командования гайдамаками многое до сих пор неясно. Некоторые источники говорят о его отстранении, некоторые о самоустранении — самостоятельном уходе в отставку по причине его нежелания «играть нынешнюю комбинацию».
Так или иначе, с 12 марта Петлюра уже не командовал гайдамаками и превратился в частное лицо. С этого времени и до середины апреля Петлюра «звучит» только как публицист, автор заметок, рецензий, обзоров в журналах и газетах. Определенный отклик среди украинских политиков имела лишь его специальная статья «Потребности украинской военной литературы». Многим тогда казалось, что Петлюра уже сыграл свою роль в «украинской драме».
Гайдамаки-петлюровцы были сведены в 3-й Гайдамацкий пеший полк, переведены под командование бывшего царского полковника Сикевича и выведены подальше от Киева — на большевистский фронт.
Второй период пребывания Центральной Рады и правительства УНР в Киеве, пожалуй, один из самых загадочных и запутанных эпох в украинской истории XX столетия. Центральная Рада продолжила издавать демократические и даже социалистические законы, надеялась укрепить свою власть в среде трудящихся, в то же время поддерживая режим с помощью австро-германской армии. Несмотря на германские штыки и свою «революционность», Рада с каждым днем теряла популярность и, главное, возможность активно влиять на происходящие в стране события. Практически уже к 20 апреля 1918 года власть в стране перетекла к иноземным военным комендантам, а Центральная Рада, неожиданно для себя, оказалась в роли демократической ширмы для жестокого режима оккупации.
Хотя внешне все выглядело иначе... Украинские войска вместе с австро-германской армией (34 дивизии количеством 350 тысяч штыков и сабель) громили большевиков на всех «фронтах», быстро продвигаясь по линиям железных дорог. В авангарде австро-германских войск на «полтавском направлении» шла Запорожская дивизия УНР (около 8 тыс. штыков). Советское правительство в панике бежало из Киева в Полтаву, но уже 10 марта двинулось еще дальше на юг — в Екатеринослав.
Несмотря на горячие призывы большевиков добровольно записываться в советские части по защите революционного отечества, жители Украины практически полностью проигнорировали этот грозный приказ. На Украине собрано было всего около семи тысяч «защитников Октября», в основном из красногвардейцев-рабочих, из партийных дружин левых русских эсеров, большевиков, анархистов, из отрядов интернационалистов: венгров и китайцев.
Мобилизация на Советской Украине трех возрастов провалилась, так и не дав никаких результатов. К цифре в 7 тысяч штыков добровольцев-красногвардейцев можно было прибавить только 5 тысяч из армии Муравьева, которая с февраля 1918-го действовала в Приднестровье, пытаясь не допустить войска Румынии в Причерноморье.
Ничтожные советские силы (11 — 12 тысяч человек) не представляли никакой реальной преграды для наступления австро-немецких войск. Командующий войсками Советской Украины Антонов-Овсеенко и новый глава советского правительства Николай Скрипник думали «притянуть» на Украину советские войска из России, но смогли добиться отправки в помощь Украине лишь отрядов Сиверса и Саблина, что составило еще около трех с половиной тысяч бойцов. Однако и эти, уже побывавшие в серьезных боях отряды всячески стремились не вступать в бои с немцами и австрийцами.
Трудности в изгнании большевиков заключались, прежде всего, в преодолении больших пространств, а не в вооруженном сопротивлении «красных» частей, разделенных на пять мелких и небоеспособных революционных армий. Отдельные частные столкновения происходили только на железнодорожных магистралях или вблизи них. Практически продолжалась «эшелонная война», только на этот раз страдали от нее уже «красные».
К 12 марта немцы заняли Жмеринку, Черкассы, Золотоношу, Чернигов, грозя окружением армии Муравьева, что находилась у Одессы. В планы немцев входило отрезать «красных» на Украине от России и, сбив к центру Украины, уничтожить. Муравьев, бросив войско на произвол судьбы, бежал в Москву, а командование 1, 2 и 3-й «армиями» «красных» принял на себя Егоров. Эти «армии» обороняли подступы к новой «столице» Советской Украины — Екатеринославу.
Бои для войск республиканцев — Запорожской дивизии — начались со столкновений с большевиками за станции Яготин, Гребинка, Лубны 8—16 марта, но теперь уже без участия Симона Петлюры и его гайдамаков. Гайдамаков (без Петлюры) присоединили к украинским войскам только в конце марта, когда фронт подошел к Харькову.