Напряжённая обстановка потребовала централизации обороны всех советских республик. 1 июня ВЦИК принял декрет об объединении военных и хозяйственных усилий РСФСР, Украины, Латвии, Литвы и Белоруссии. Был оформлен военно-политический союз советских республик. 4 июня упразднён Украинский фронт; 2-я Украинская армия, переименованная в 14-ю, передана Южному фронту, а 1-я и 3-я Украинские армии, объединённые в 12-ю, — Западному фронту. 31 мая Латвийская армия Западного фронта была переименована в 15-ю, 9 июня Белорусско-Литовская армия — в 16-ю армии.
31 мая Главное командование отдало приказ о переходе к обороне на Южном фронте. 24 июня белые заняли Харьков, 30 июня — Царицын. 3 июля Деникин отдал директиву о наступлении на Москву, нанося главный удар Добровольческой армией через Курск, Орёл, Тулу. Главком Вацетис и председатель РВС Республики Троцкий предложили приостановить наступление Восточного фронта и, усилив Южный фронт, организовать его контрнаступление через Харьков, Донбасс на Новочеркасск. 3— 4 июля пленум ЦК партии отклонил этот план, признав основной задачей момента отразить наступление Деникина, не останавливая наступления на Восточном фронте. 8 июля главкомом был назначен С. С. Каменев, начальником Полевого штаба — П. П. Лебедев; командующим Восточным фронтом 19 июля был назначен М. В. Фрунзе. 9 июля было опубликовано написанное В. И. Лениным письмо ЦК партии «Все на борьбу с Деникиным», содержавшее программу мобилизации сил для одновременной борьбы с войсками Деникина и Колчака.
Войска Восточного фронта выполнили свою задачу. 1 июля 1919 они заняли Пермь и Кунгур, 11 июля освободили от осады Уральск, 13 июля овладели Златоустом, 14 июля — Екатеринбургом, 20—29 июля в Челябинской операции 1919 были разбиты последние резервы Колчака и он начал поспешное отступление в Сибирь. В колчаковском тылу развернулось широкое партизанское движение. 15 авг. был создан Туркестанский фронт под командованием Фрунзе в составе 1-й, 4-й и 11-й армий и войск Туркестана. Восточный фронт, выделив 2-ю армию на Южный фронт, получил задачу добить Северную группу Колчака силами 3-й и 5-й армий.
Развернувшиеся в июле — августе 1919 ожесточённые бои на Южном фронте вызвали большие потери в деникинских войсках. Положение белогвардейцев осложнялось поражением армий Колчака и нежеланием казачества выходить за пределы своих областей. Всё это заставило Деникина отказаться от немедленного наступления на Москву и двинуть главные силы Добровольческой армии для ускорения захвата Украины. В июле деникинцы заняли Полтаву, Кременчуг, Екатеринослав и начали наступление на Киев и Одессу. Из района Каменец-Подольска на Киев и Одессу перешли в наступление петлюровские войска, усилившиеся галицийскими частями, отошедшими на В. после ликвидации Западно-украинской республики (создана в конце 1918). Польские войска заняли Минск, Новоград-Волынский и Житомир.
Уроки колчаковщины и деникинщины и огромная разъяснительная работа партии вызвали изменения в настроениях крестьянства в пользу Советской власти. Это, в частности, нашло выражение в массовой добровольной явке дезертиров (до 400 тыс. в июле — августе). Советское командование разработало план наступления против Деникина, однако обеспечить превосходство в силах не удалось, в частности в связи с кавалерийским рейдом генерала К. К. Мамонтова (см. Мамонтова рейд 1919 ) по тылам Южного фронта, который отвлек значительные силы. Поэтому успех, достигнутый в ходе Августовского наступления 1919 , закрепить не удалось. Белые в августе заняли всю Правобережную Украину, 23 августа — Одессу и 31 августа — Киев.
Антанта попыталась организовать совместно с наступлением Деникина наступление армий всех пограничных с Советской Россией государств, т. н. поход 14 держав, но потерпела полную неудачу. В сентябре польские войска прекратили продвижение на рубеже р. Березина, Новоград-Волынский, Житомир, не желая помогать Деникину, проводившему великодержавную политику. Прибалтийские государства (Финляндия, Эстония, Латвия и Литва) также уклонились от активных действий. «Мы выиграли потому, что у Антанты своих войск, которые она могла бы бросить против нас, уже не было, она должна была действовать силами маленьких народов, а маленькие народы, не только рабочие и крестьяне, но даже порядочная часть буржуазии, раздавившей рабочий класс, в конце концов не пошли против нас» (Ленин В. И., Полн. собр. соч., 5 изд., т. 39, с. 395).
На Правобережной Украине деникинцы, выступавшие под лозунгом «единой и неделимой России», вступили в вооруженный конфликт с украинскими националистами во главе с С. Петлюрой, которые стояли за отделение Украины от России. Украинские крестьяне, видя возвращение помещиков и разгул белого террора, выступали против войск Деникина. На Киевщине, Полтавщине, Херсонщине развернулось массовое партизанское движение. На Екатеринославщине активные партизанские действия вели отряды Махно, выросшие до нескольких десятков тыс. чел. и включившие некоторые революционные отряды. Весь Дагестан был охвачен вооруженным восстанием. Обострились отношения Деникина с кубанским казачеством. В Черноморской губернии и западной части Кубани развернулось повстанческое движение. Подпольные партийные организации вели активную борьбу против белогвардейцев. Тылы деникинской армии осенью 1919 начали разваливаться. Однако фронтовые белогвардейские части ещё сохраняли боеспособность.
12 сентября Добровольческая армия начала новое наступление на Москву на курско-орловском направлении. Донская армия, усиленная кубанским корпусом А. Г. Шкуро, наступала на Воронеж. Ухудшилось положение и на Восточном фронте, где советские войска после неудачи в начале сентября под Петропавловском начали отход за р. Тобол.
20 сентября 1919 белые заняли Курск. 21 и 26 сентября пленум ЦК партии принял ряд решений об улучшении организации борьбы с Деникиным. 27 сентября 9-я и 10-я армии были выделены в Юго-Восточном фронт (командующий В. И. Шорин), которому 14 октября была подчинена 11-я армия. В состав Южного фронта вошли 8-я, 13-я, 14-я и с 16 октября 12-я армии. На фронт было направлено большое количество партийных работников и лучшие представители комсостава. В район западнее Орла перебрасывались Латышские и Эстонские дивизии и др. соединения. Район Москва — Витебск — р. Днепр — Чернигов — Воронеж — Тамбов — Шацк был объявлен на военном положении. В партийных организациях были проведены мобилизации, давшие фронту 30 тыс. чел. Для пополнения рядов партии по всей стране и на фронтах была проведена партийная неделя , во время которой в партию вступило около 200 тыс. новых членов из рабочих и крестьян. Решения ЦК партии подготовили условия для коренного перелома на Южном фронте.
Некоторое время белые ещё имели успех. Тесня войска 13-й и 14-й армий, они 13 октября овладели Орлом, Донская армия 6 октября захватила Воронеж. По указанию В. И. Ленина 7 октября Южный фронт был усилен конным корпусом С. М. Буденного; северо-западнее Орла была сосредоточена ударная группа под командованием А. А. Мартусевича, уже 11 октября начавшая активные действия. 12 октября 8-я армия и корпус Буденного начали наступление на Воронеж, а 14—16 октября советские войска перешли в наступление под Орлом (см. Воронежско-Касторненская операция 1919 и Орловско-Кромская операция 1919 ).
В это время снова обострилось положение под Петроградом. Северо-западная армия генерала Юденича 28 сентября прорвала фронт 7-й армии и к 16 октября овладев Гатчиной и Красным Селом, подошла к окраинам Петрограда. 15 октября Политбюро ЦК партии дало указание планировать все военные действия «...лишь под углом зрения безопасности Московского — Тульского района в первую очередь, Петрограда во вторую очередь» («КПСС о Вооружённых Силах Советского Союза». Сборник документов, 1958, с. 138). Руководство выполнением постановления Политбюро ЦК партии было возложено на комиссию во главе с Лениным, 7-й армии были срочно отправлены подкрепления; 21 октября армия перешла в контрнаступление из района Колпино и отбросила противника. В наступление включилась 15-я армия, и в декабре разбитая армия Юденича была отброшена на территорию Эстонии, где была разоружена эстонскими войсками. 5 декабря в Тарту возобновились мирные переговоры с Эстонией.