С 1863 начался новый этап войны, который характеризовался важными изменениями во всём ходе политической жизни страны, в стратегии и тактике федеральной армии. В Северных штатах возросла политическая активность народных масс, был нанесён ряд серьёзных ударов по контрреволюционным силам. Федеральная армия пополнилась новыми рабочими полками. В армию Севера вступило около 190 тыс. негров, из которых 72% прибыли из Южных штатов. 250 тыс. негров служили в тыловых частях.
2-й этап войны (1863—65) начался в условиях, когда инициатива ещё находилась в руках южан. 2—4 мая 1863 войска северян снова потерпели поражение при Чанселлорсвилле. Однако затем наступил перелом.
В июне 1863 64-тыс. армия генерала Ли начала наступление в Виргинию, конница Стюарта была направлена в глубокий рейд. Навстречу южанам выступила 85-тыс. армия генерала Дж. Мида. 1—3 июля во встречном сражении при Геттисберге южане, лишённые поддержки конницы, потерпели тяжёлое поражение. Серьёзный успех был достигнут в бассейне р. Миссисипи, где армия Гранта овладела её верхнем течением, осадила и вынудила капитулировать крепость Виксберг (4 июля 1863). Вся линия Миссисипи оказалась в руках северян и территория Конфедерации была разрезана на 2 части. В достижении успехов решающую роль сыграли влившиеся в армию фермеры, рабочие и ремесленники, самоотверженно сражавшиеся и придававшие боевым действиям активный характер. Большую роль в борьбе с армией южан играли негры; они вели разведку, производили нападения на войска южан с тыла, служили проводниками. Правительство Конфедерации было вынуждено выделить 100 тыс. солдат для борьбы с восставшими рабами.
Боевые действия северян в 1864—65 носили решительный и манёвренный характер. Назначенный в марте 1864 главнокомандующий генерал Грант разработал новый стратегический план: 122-тыс. Потомакская армия генерала Мида должна была наступать с С. на Ю., разгромить главные силы армии генерала Ли и овладеть Ричмондом; 100-тыс. армия генерала У. Шермана имела задачу наступать с З. на В. против армии генерала Дж. Джонстона, прикрывавшей центральный район Конфедерации, и нанести удар по важнейшим экономическим центрам Юга; одновременно на Ричмонд должна была наступать с В. 36-тыс. армия генерала Батлера. Наступление началось в первых числах мая 1864. Армия Мида подошла к Ричмонду, но овладеть им не смогла. Опираясь на укрепленные позиции, противник оказывал ожесточённое сопротивление и одновременно пытался нанести удар на Вашингтон, но 19 сентября 1864 потерпел поражение при Уинчестере.
В гражданской войне на стороне Севера приняли участие рабочие различных национальностей, многие революционеры, эмигрировавшие в США из Европы (И. Вейдемейер, Г. П. Клюзере, Ф. Якоби и др.). В поддержку Севера активно выступили английские рабочие, которые оказали решительное сопротивление попыткам английского правительства вмешаться в гражданскую войну на стороне рабовладельцев. В ходе войны всё более сказывалось экономическое и военное превосходство Севера. Укрепились и международные позиции правительства Линкольна. Этому в значительной мере способствовала политика России. Россия была заинтересована в существовании единых Соединённых штатов, противостоящих Великобритании и Франции, которые в тот период были основными соперниками царской России. Прибытие в сентябре — октябре 1863 двух русских эскадр (в Нью-Йорк и в Сан-Франциско) было воспринято в США и в западноевропейских странах как дружественная демонстрация в отношении правительства Линкольна.
Переход к революционным методам ведения войны значительно укрепил положение Линкольна, который был в 1864 снова избран на пост президента. Армии Севера продолжали успешные наступательные операции. Особенно важное значение имел «марш к морю», проведённый армией генерала Шермана. Преследуя отступавшего противника, армия Шермана 2 сентября 1864 заняла Атланту, а 21 декабря — Саванну, выйдя на побережье Атлантического океана. Затем Шерман повернул на С. и 18 февраля 1865 занял Колумбию, выйдя на тылы армии Ли, положение которой стало безнадёжным. 3 апреля 1865 войска Гранта заняли Ричмонд. Армия Ли начала отход на Ю.-В., но была настигнута Грантом у Аппоматтокса и окружена, 9 апреля генерал Ли капитулировал. 26 апреля капитулировали войска генерала Джонстона. Остальные войска южан прекратили сопротивление к 2 июня. Война закончилась полным поражением рабовладельцев.
Ровно через четыре года после начала гражданской войны, 14 апреля 1865 президент Линкольн был смертельно ранен агентом рабовладельцев и реакционных кругов Севера актёром Бутсом. Смерть Линкольна была тяжёлой утратой для всей прогрессивной Америки.
Гражданская война была кровопролитной и дорогостоящей. Север потерял убитыми и погибшими от ран и болезней 360 тыс. чел., Юг — не менее 250 тыс. чел.; около 1 млн. солдат и офицеров Севера и Юга были ранены. Военные расходы и разрушения оценивались во много млрд. долларов. Но эти жертвы не были напрасными. Как отметил В. И. Ленин, гражданская война в США имела «...величайшее, всемирно-историческое, прогрессивное и революционное значение...» (Полн. собр. соч., 5 изд., т. 37, с. 58).
Гражданская война в США отразила новые явления в развитии военного искусства. Она отличалась большим размахом, участием в войне многочисленных армий. Переход к революционным методам ведения войны придал боевым действиям активный и решительный характер, что предрешило победу над Югом. В войне нашли широкое применение железные дороги, паровой морской флот и речные суда. Появление телеграфа дало возможность оперативно управлять войсками на значительных расстояниях. Большой размах вооруженной борьбы и значительные потери вызвали необходимость подготовки резервов и создания запасов. Развитие нарезного огнестрельного оружия, повышение его скорострельности, меткости и дальнобойности вело к большим потерям в боевых порядках войск, наступавших густыми и глубокими колоннами. Широкое развитие получили позиционные формы борьбы, инженерное оборудование местности. При преодолении обороны, оборудованной окопами, убежищами и заграждениями, требовалась сильная артиллерийская подготовка для подавления огня противника. В боевых действиях на море характерной была блокада побережья и важнейших портов, морской бой принял характер артиллерийского состязания. Война дала толчок развитию броненосного флота.
Решающую роль в разгроме рабовладельцев сыграли трудящиеся массы, но плодами победы в основном воспользовалась буржуазия, которая добилась осуществления своих главных целей. Было уничтожено рабство, мешавшее развитию капитализма. Были созданы благоприятные условия для развития капитализма в сельском хозяйстве по фермерскому, т. н. американского пути. Началось создание единого национального рынка, буржуазия сосредоточила в своих руках контроль над всей экономической и политической жизнью страны. Однако господству буржуазии угрожало мощное рабочее, фермерское и негритянское движение. В этих условиях ясно обозначалась линия на заключение классового союза между буржуазией и плантаторами, направленного против трудящихся.
Реакционные круги Севера и Юга были особенно обеспокоены событиями, развёртывавшимися в Южных штатах. Негры и часть белых бедняков, руководимые радикальными республиканцами, начали организованную борьбу за предоставление земли неграм и белым беднякам, за право голоса для бывших рабов. В Южных штатах начались настоящие сражения негров с бандами ку-клукс-клана , террористической организацией, созданной на Юге в 1865. Борьба негров за завоевание равных прав с белыми отличалась революционным характером. Эта борьба развёртывалась в очень трудных условиях, т. к. союзником плантаторов выступало федеральное правительство. С целью помешать движению народных масс на Юге Э. Джонсон, который после убийства Линкольна стал президентом США, выдвинул программу, сводившуюся к формальному признанию бывшими мятежными штатами уничтожения рабства при сохранении всей полноты власти на Юге в руках бывших рабовладельцев. Тысячи активных участников мятежа были амнистированы. К февралю 1867 плантаторам была возвращена собственность, оценивавшаяся в 2 млрд. долл. Негры не получали никаких прав и превращались в безземельных с.-х. рабочих.