В действительности, НТС на территории Германии продолжал существовать, но перешел на нелегальное положение.
Возможно, солидаристы понимали под более благоприятными условиями «всего лишь» изменение официальной политики германского руководства по отношению к российской политической эмиграции. Но поскольку нацисты свою политику менять не собирались, то заявление НТС обретало совсем иной смысл. Организация была официально запрещена, некоторые ее руководители арестованы.
История взаимоотношений НТС с немцами является одной из наиболее сложных для исследования. Документы организаций, находившихся в системе УДРЭ разных стран, поступали в Русский заграничный исторический архив, находившийся в Праге. НТС, как нелегальная организация, архивов в ходе войны не создавал. Документы уничтожались, как только возникали. В отношении приема в Союз новых членов сложилась традиция: принимаемый писал текст клятвы на листе бумаги, расписывался, после чего этот документ сразу сжигался на свече в присутствии тех, кто принимал в организацию нового соратника. Вся информация о деятельности НТС в Германии и на контролируемых ей территориях в период 1938-45 годов может быть почерпнута практически только из мемуарно-публицистических произведений, написанных в послевоенные годы самими солидаристами.
По официальной версии НТС, Исполнительному бюро Совета Союза, удалось установить контакт с высокопоставленными чиновниками Рейха, считавшими гитлеровскую концепцию ведения войны против СССР ошибочной {{ НТС: Мысль и дело 1930-2000. — М.: Посев, 2000. — С. 23. (Серия «Библиотечка россиеведения» Выпуск 4).}} .
Благодаря этим связям несколько членов НТС сумели занять должности в германских ведомствах, позволявшие: во-первых, переправлять эмиссаров Союза на оккупированные территории для работы в качестве чиновников местной администрации; во-вторых, работать с советскими военнопленными и «остарбайтерами», вывезенными на работы в Германию* {{* Советские граждане, вывозимые на работы в Германию, именовались «восточными рабочими», «остарбайтерами», или просто «остами» из-за нашивок на одежде со словом «ОSТ» – «Восток».}} .
Эти возможности использовались главным для внедрения своей идеологии в сознание граждан СССР. Американский историк А. Даллин, автор монографии по истории германской оккупации западных областей СССР, пишет: «Значение НТС в контексте германской восточной политики в том, что… решительная и хорошо организованная группа сумела инфильтрировать почти все немецкие ведомства, занятые русским вопросом и оказать на них давление» {{ Dallin A. German Rule in Russia 1941-1945. A Study of Occupation Policies. — London: Macmillan & Co LTD; N.Y.: St Martin's Press, 1957. — P. 526.}} .
Проникновение эмигрантов на оккупированную территорию СССР было возможно либо по подложным документам, либо в качестве сотрудников различных немецких ведомств и фирм. В связи с этим, члены НТС И. И. Виноградов и К. В. Болдырев создали строительную фирму «Erbauer». Другие члены Союза попадали в Россию в качестве сотрудников германской строительной организации «Todt». Многие солидаристы имели техническое образование, что облегчало им возможность получения работы, а тем самым и пропусков на оккупированные земли.
Но подавляющее большинство шло в Россию, как и до войны, по «зеленой дорожке», то есть нелегально {{ Прянишников Б. Новопоколенцы… — С. 152.}} . Общее руководство нелегальной переброской членов организации в СССР осуществлял А. Э. Вюрглер, возглавлявший до начала Второй мировой войны отдел НТС в Польше. С. Л. Войцеховский – председатель Русского Комитета в Варшаве, переправлял людей под видом возвращения беженцев, спасавшихся в Варшаве от советской оккупации {{ Назаров М. Указ. соч. — С. 299.}} .
Первые подпольные группы были организованы осенью 1941 года в Минске и Витебске, затем в Смоленске, где под руководством Г. С. Околовича был создан координационный центр всей подпольной деятельности НТС на оккупированной немцами территории центральной России. Деятельность подпольщиков распространилась на Псков, Гатчину, Вязьму, Брянск и Орел. Летом 1942 года были созданы группы в Киеве, Виннице, Днепропетровске, Одессе, Кировограде, Полтаве и в Крыму. Руководство подпольем НТС на юге России осуществлял Е. И. Мамуковым. К 1943 году НТС создал до 120 подпольных групп в 54 городах и населенных пунктах. В состав каждой группы входило от 2 до 15 человек {{ НТС. Мысль и дело… — С. 22; Околович Г. Борьбу против диктатуры мы считали всегда своей первой задачей. Интервью журналу «Посев» // Посев. — 1977. — № 2, — С. 51-52; Столыпин А. Указ. соч. — С. 73; Прянишников Б. Указ. соч. — С. 181.}} . Организация пополнялась новыми людьми из числа граждан СССР, НТС переставал быть только эмигрантской организацией.
Пути к советским военнопленным и гражданскому населению, угнанному в Германию, также как и пути в Россию, лежали через Берлин. В начале июля 1941 года для установления контактов с соотечественниками в германскую столицу начали съезжаться активисты НТС из Белграда, Праги, Парижа, Брюсселя. Сталинское правительство объявило военнослужащих Красной Армии, попавших в плен, предателями. «Остарбайтеры» в случае возвращения на родину тоже не могли рассчитывать на хорошее отношение к себе со стороны НКВД. И те и другие понимали, что попав к немцам, они автоматически оказывались в состоянии конфликта с советской властью. НТС рассматривал их как благоприятную аудиторию для пропаганды своих идей. «Нам, – пишет А. С. Казанцев, – оставалось только сформулировать эти мысли в отчетливые формы лозунгов и сделать их достоянием миллионов людей» {{ Казанцев А. Третья сила. История одной попытки. — Франкфурт-на-Майне: Посев, 1974. — С. 132.}} .
Обстановка не всегда позволяла открывать факт существования Союза. Были выработаны методы вовлечения людей в работу НТС, без открытия им до определенного времени наличия организации. Из вновь прибывших в ряды Союза создавали небольшие группы – «звенья», быстрыми темпами проходили с ними курс политической подготовки. Эта работа была налажена руководителем союзных курсов в Берлине доктором Н. Сергеевым. Профессия врача давала ему возможность встречаться с большим количеством соотечественников, не вызывая подозрений со стороны нацистских спецслужб. Позже Сергеев был разоблачен и в 1944 году погиб в концлагере Заксенхаузен.
После битвы на Курской дуге, действия групп Союза в России принимали все более открытый антифашистский характер. На стенах домов и на фабричных трубах писались лозунги: «За свободную Россию без немцев и большевиков», «Покончим с Гитлером, возьмемся за Сталина», «Завершим Отечественную войну свержением Сталина». Под Полоцком незадолго до немецкого отступления члены НТС П. Д. Пономарев и В. И. Алексеев провели несколько открытых митингов под русским трехцветным флагом.
Период 1943-1944 годов отмечен в истории организации повальными арестами Гестапо. 12 июня 1944 года, были арестованы 44 члена НТС, главным образом в Польше и Австрии. 24 июня было арестовано около 50 членов Союза в Берлине, в их числе: председатель организации В. М. Байдалаков и все члены Исполнительного бюро: Д. В. Брунст, К. Д. Вергун, В. Д. Поремский. 13 сентября под новую волну арестов попало запасное Исполнительное бюро: Г. С. Околович, М. Л. Ольгский, Е. Р. Романов.
Арестованным членам организации вменялась в вину «антинемецкая пропаганда», связь с партизанами, попытка создания «государства в государстве». Многие из, примерно 150 членов НТС, арестованных в 1943-1944 годах, погибли в Бухенвальде, Берген-Бельзене, Дахау, Гросс-Розене, Заксенхаузене и других нацистских концлагерях {{ НТС: Мысль и дело… — С. 24.}} .