Ну а Новгород, выпроводив Михаила Олельковича с его дружиной, напрасно прождал помощи со стороны Казимира. Внутренние и внешние обстоятельства не позволили тому вступиться за своего нового вассала. Новгороду оставалось рассчитывать только на свое ополчение, принудительно мобилизованное из числа ремесленников, земледельцев и наемных работников. К тому же ополчение было ослаблено противоборством враждовавших между собой городских партий и запретом архиепископа Феофила использовать его конное войско («архиепископское знамя») против Ивана III.

По существу, судьба военной кампании была предрешена, хотя основное сражение было еще впереди. Оно состоялось на берегах реки Шелони к юго-западу от Новгорода, и результат его был ужасен. Новгородцы потеряли более десяти тысяч убитыми. Две тысячи взяты в плен, в том числе и один из сыновей Марфы-посадницы Дмитрий Исаакович Борецкий. Иван III не пошел на Новгород, а в ожидании дальнейшего развития событий расположился лагерем неподалеку от места битвы. Тем временем подоспели сообщения о победах московско-тверских полков в Двинской земле над превосходящими силами (четыре тысячи против двенадцати) служилого новгородского князя Василия Шуйского.

В Новгороде тем временем начинает ощущаться острая нехватка продовольствия. В этой ситуации московский князь делает правильный, с психологической точки зрения, ход. Он казнит нескольких пленных новгородских бояр, в том числе и Дмитрия Борецкого, но одновременно с этим освобождает из плена «молодших» людей — своих потенциальных сторонников. Промосковская партия новгородцев, усиленная возвратившимися из плена земляками, поручает архиепископу Феофилу отправиться в лагерь к Ивану III и заключить мирный договор «по всей воле его».

Как ни странно, условия великого князя были относительно мягкими. Кроме штрафа в 15,5 тысячи рублей и возобновления действий основных статей Яжелбицкого соглашения, Новгороду предписывалось разорвать договор с Казимиром и впредь не искать защиты у литовских князей. Помимо этого, Иван Васильевич удержал за собой Вологду и Заволочье, а еще через год забрал и Пермь. Все новгородцы, взятые в плен, после возведения в сан архиепископа Феофила московским митрополитом Филиппом получили разрешение вернуться к себе домой.

Но боярская верхушка, несмотря на существенное усиление промосковской партии за счет перехода на ее сторону большого числа житьих людей и даже части бояр, все же не оставляла надежд на освобождение от унизительной для них зависимости. Не решаясь открыто выступить против Москвы, бояре-олигархи во главе с Марфой Борецкой и посадником Ананьиным попытались взять верх через органы местного самоуправления, применяя при этом увещевание и подкуп как выборных, так и простых жителей улиц, концов. Не добившись своих целей мирным путем, они перешли на язык силы. Участились случаи избиения и даже убийств политических противников, уничтожения и разграбления их имущества. Обиженные и пострадавшие, не найдя защиты и управы у посадника, стали искать суда у великого князя, который, кажется, только и ждал такого развития событий. Он весьма оперативно прибывает в Новгород и вместе с архиепископом и посадником учиняет суд. Виновными признаются не только организаторы погромных акций, на которых жаловались потерпевшие, но и бояре, лишь подозреваемые в связях с Казимиром Литовским. Их великий князь без согласия посадника и архиепископа арестовывает и отправляет в Москву. А это уже было не «по старине». Тем не менее по совокупности содеянного Иван Васильевич лишь увеличил число своих сторонников среди новгородских жителей, в том числе и среди бояр.

Следующим шагом к установлению господства московских князей над непокорным городом стала акция (осуществленная, надо полагать, не без участия Москвы) по изменению титулатуры Ивана Васильевича с «господина» на «господаря» Великого Новгорода. Оговорка, на первый взгляд, незначительная, но по содержанию судьбоносная, ибо формулировка «господарь» означала, что носителем государственного суверенитета города-республики становится уже не народное собрание, а князь. Зацепившись за эту провокационную оговорку двух достаточно мелких новгородских чиновников, принятых в Москве на самом высоком уровне, Иван III потребовал от новгородского веча полноты судебной власти, не стесненной посадником и архиепископом. В ответ на прогнозируемый решительный отказ, Москва объявляет войну Новгороду и дает команду выдвинуться в поход готовым к нему московским полкам. 27 ноября 1477 года они окружили Новгород, намереваясь сломить волю его жителей к сопротивлению нехваткой продовольствия. И это им удалось. Еще не восстановившаяся после предыдущего московского набега Новгородская республика, не имевшая ни своих собственных вооруженных сил, ни надежных союзников на стороне, вынуждена была вступить в переговоры, в ходе которых изо дня в день сдавала одну позицию за другой. В итоге к 29 декабря новгородцы приняли условия Ивана III, согласно которым они отказывались от своего суверенитета, упраздняли вече и должность посадника и признавали за московским князем его права на Новгород, аналогичные его правам на Москву.

13 января 1478 года новгородские знатные люди дали клятву на верность Ивану III, уже как своему государю, а 18 января попросили его принять их к себе на службу. С потерей политической самостоятельности Новгород лишился Новоторжской волости, а архиепископ — десяти сельских районов, ранее приписанных к его епархии. Сельское же население оставшихся новгородских волостей было обложено данью по полугривне с сохи в пользу князя. В обозе отъезжающего из Новгорода Ивана III на положении узников шли самые ярые его противники, в том числе и Марфа Борецкая с внуком. Их сопровождали триста телег конфискованного добра и самый ценный приз — вечевой колокол.

Однако не прошло и двух лет, как великому князю вновь пришлось заниматься «развязыванием новгородских узелков». Силы, задействованные на этот раз против Москвы, были более чем внушительными. Во главе всего стоял все тот же Казимир Литовский, заодно с ним выступали хан Золотой Орды Ахмат, лелеявший надежду на восстановление прежних порядков, а также остатки новгородского оппозиционного боярства, в том числе и архиепископ. Как показали дальнейшие события, в заговоре были замешаны и братья Ивана III, возражавшие против чрезмерного, с их точки зрения, усиления роли великого князя. Получив соответствующую информацию, Иван III принял решение нанести молниеносный превентивный удар по наиболее слабому звену зарождающейся коалиции, а именно по мятежному городу. В октябре 1479 года он всего лишь с тысячью своих воинов осадил Новгород, который, с подходом основных московских сил, не имея возможности защищаться, уже в середине января 1480 года вынужден был открыть городские ворота и сдаться на милость победителя. Великий князь обрушил свой гнев на «лучших» людей города: в Чудов монастырь заточил архиепископа Феофила, казнил сто видных бояр, сотни житьих людей и купцов с семьями переселил в Суздаль.

А в это время младшие братья великого князя, морально поддерживаемые Казимиром, решаются на открытое выступление против своего венценосного брата. Собрав вокруг себя «чад и домочадцев», бояр, дружинников, общим числом около двадцати тысяч, они из Углича двинулись через Тверское княжество ко Ржеву, а далее к Новгородской земле, подвергая по пути опустошению населенные пункты. Напуганные жители Московского княжества кто заперся в городах, а кто бросился в бега. Узнав об этом, Иван быстро возвращается в Москву и за короткое время восстанавливает порядок. Андрей Большой и Борис со своими семьями и дружинами, не вступая в открытое столкновение с великокняжескими силами, дошли до литовской границы и остановились в городе Великие Луки, откуда запросили помощи и поддержки у Казимира. Последний обрадовался ссоре московских князей, но, опасаясь открытого военного столкновения с боеспособными полками Ивана III, ограничился лишь передачей «в кормление» семей мятежных князей города Витебска. Такое поведение Казимира и братьев великого князя, конечно же, не может служить прямым доказательством их предварительного сговора, но и не рассеивает подозрений в наличии такового.