Здравствуйте!
Вообще-то все это реализовано. Есть возможность продажи книг, находящихся в процессе написания, это прописано и в Соглашении, которое автор заключает с сайтом на этапе монетизации своей авторской страницы. Есть онлайн редактор - пожалуйста, выкладывайте книгу главами.
Да, файл для скачивания должен быть загружен отдельно, таков уж функционал движка. Но, как правило, книги по подписке читаются онлайн, без скачивания. Если же возможность скачивания по главам принципиальна, то есть возможность загружать отдельно файлы глав - можно делать это как с заменой предыдущего файла, так и без. При этом новые добавленные файлы для скачивания не нужно трансформировать в страницы для чтения онлайн:
 

 
Таким образом, отдельно добавляются файлы, отдельно редактируется текст.
Не знаю, насколько понятно объяснила, но если Вы зальете хотя бы одну книгу, то сами поймете весь процесс, который я сейчас описываю.