А я всегда ориентировалась по почте. Вернее по звуковому сопровождению. Даже находясь на сайте никогда не видела извещений о личных сообщениях, в почту они всегда приходят раньше. А уж если я в этот момент на другом сайте, то только почта - дзинь, значит в мейле письмо. А если чпок, тогда вКонтакте сообщение. Не перепутать. Впрочем, извещение на видном месте об ответе - неважно на что (сообщение, комментарий) никогда лишним не будет.

Вообще да, это хорошее предложение. А где лучше добавить уведомления? То есть меня интересует внешний вид: где поместить кнопку и как она должна выглядеть? Нужен ли список уведомлений? Стирать ли уведомления сразу после прочтения?
В настройках уведомлений позже собираюсь добавить галочки, чтобы можно было выбрать какие уведомления отправлять на почту, а какие нет, а какие показывать только на сайте.

Добавил уведомления на сайте об ответах. Кнопка будет появляться на сайдбаре:

Если у вас не видно кнопки, значит ни одного нового уведомления пока нет.
 

 
При нажатии на уведомление, можно перейти к ответу.
Настроить их можно там же, где находятся настройки уведомлений на почтовый ящик "Мои настройки" - "Уведомления". По умолчанию все включены.

Так же добавил пробные уведомления о новых лайках и о завершении обработки новой добавленной книги.

на сайдбаре уже отображается количество новых сообщений

Просто нет ещё полной привычки к сайту на новом движке, не учла, что кнопкой "Сообщения" именно ЛС открываются) Так-то да, получится дублирование. Согласна,   ещё одна кнопка ни к чему.
 
Про уведомления вот лично мне проще всего и удобнее было бы не скрывать кнопку "Уведомления" по аналогии с кнопкой "Сообщения". Она есть, можно зайти, посмотреть сообщения, пусть даже и уже прочитанные, - мало ли понадобится, и кнопка при этом никуда не девается, её видно. И новые прекрасно появляются в оранжевом кружочке)
Так же можно и с Уведомлениями - кнопку видно в любом случае, а новые уведомления также, как и сейчас - в оранжевом кружке, после открытия уведомлений оранжевый кружок исчезает, но кнопка остается. Она мне нравится, с колокольчиком)