Библиотека была создана в 2008 году после того, как другая библиотека  Либрусек  ввела плату за скачивание книг Создателем и владельцем сайта является проживающий в Германии пользователь Stiver. Библиотека была основана людьми, не согласными с политикой Ильи Ларина, владельца проекта Либрусек, который ввел ограничение на свободный доступ к книгам, размещенным в библиотеке. Такие действия привели к возникновению идеологических разногласий между принципиальными противниками копирайта и более толерантной аудиторией проекта, что привело к расколу и основанию нового библиотечного проекта. В начале своей работы Флибуста по большей части была идентична по содержанию родительскому проекту, но с течением времени проект стал дополняться оригинальным контентом, при этом не прекращая синхронизацию с Либрусеком. Интересным фактом является то, что многие участники проектов работают для наполнения обоих сайтов, и именно благодаря их усилиям продолжается синхронизация библиотек.