Разница здесь скорее в их технической реализации.
Например:
Есть книга фэнтези и дальше она имеет уже 10 ключевых слов, которые, кстати, не все пользователи захотят исправлять или дополнять, и кол-во их может быть ограничено (не имею понятия сколько здесь на литлайфе, но 10 имхо много, например, если их всего 5-6 - внимание гораздо сфокусированней), так вот, в этом случае, тэги пользователей могут расширить эти самые ключевые слова не нагромождая строчку тех самых "главных" ключей.
 
В идеале можно создать что-то вроде облака тэгов, тогда эти самые "главные" ключи будут генерироваться исходя их частоты тэгов, оставленных пользователями в своих отзывах. Таким образом, будет составлена самая объективная оценка для книги без приложений дополнительных усилий от самих юзеров.
А то сейчас этих самых "заклю́ченых" книг раз, два и обчелся, а отзывы-то есть почти на каждую книгу. Вывод - люди либо не заморачиваются по поводу этих самых ключей, либо просто не знают о такой возможности.

Да, вот это было бы круто

Это и есть конечная цель, сделать кросс-референс, но для этого, как упомянуто выше, нужно поменять саму систему тэгов/ключевых слов как сам класс кода. Поэтому это задача, как решаема, стоит сугубо перед программистами сего сайта, но вполне выполнима должна быть.

Наташ, создай, пожалуйста, отдельную идею. Если посетители поддержат, то можно будет переделать логику  фильтра по ключевым словам, как ты написала.

Это и моя мечта!