Вы правы. Все будет упорядочено и многие подборки будут удалены, объединены или добавлены. Работы как минимум на несколько месяцев (или больше). Не говорю об идеальном результате, много, возможно, потом придется пополнять, ошибок избежать не удастся. На сайте 28000 различных ключевых слов, в голове все удержать нереально. Только когда уменьшим раз в 10 можно будет приступать к какой-то глубокой систематизации. Естественно, пока стремимся удалять "явно" лишнее.
Вы заполняли тег "средние века", он не пострадает, но будет объединен с различными "средневековье" и прописан с большой буквы. Жанры дублироваться в КС не будут, уже сейчас при добавлении литературы это можно заметить, но некоторые жанры в качестве "КС" останутся - постапокалипсис, медицинский триллер, слеш.
Если Вы планируете приступить к заполнению какой-то глобальной подборки, то напишите в ЛС, чтобы потом не лишиться своего труда.
 
Ну и насчет опережения вопроса о разнообразии КС. В чем их смысл, если пользователи не видят доступный список всех тегов? Стоит ошибиться в написании, использовать не тот синоним и на подборку через фильтр Вы не выйдите. Я хочу посмотреть книги о врачах, буду упорно вбивать, ничего не найду, просто потому, что на сайте принят тег "медперсонал". Естественно, чтобы список стал видимым, он должен быть небольшим (уж точно не в 28000 слов). Многим придется пожертвовать, но я уверяю Вас, что КС станут более рабочей функцией, пусть и не такой разнообразной. Сейчас же КС не помогают пользователям, как могли бы, мы не используем этот потенциал практически никак.