— разоружение всех клановых вооруженных группировок и предотвращение внутричеченского столкновения;

— борьба с вооруженными грабителями и мародерами, которые, называясь «бойцами сопротивления», занимаются разбоем и дискредитируют «чеченскую сторону»;

— содействие выводу федеральных войск с территории республики, недопущение при этом провокаций и обеспечение воинским колоннам безопасности и беспрепятственного продвижения. Член коалиционного совета «Конгресса вайнахских диаспор», который проходил в Одессе в сентябре 1996 года. 17 октября 1996 был назначен на пост премьер-министра коалиционного правительства Чечни с формулировкой «на переходный период», одновременно занимал посты министра обороны и начальника Главного штаба вооруженных сил. 23 ноября 1996 г. подписал соглашение о принципах взаимоотношений между федеральным центром и Чеченской республикой. От федеральной российской делегации соглашение подписал председатель правительства РФ Виктор Черномырдин. В декабре 1996 г., в соответствии с законом о выборах, ушел с официальных постов — премьер-министра коалиционного правительства, начальника Главного штаба Вооруженных сил, заместителя главнокомандующего ВС Чеченской республики Ичкерия, чтобы иметь право баллотироваться на пост президента Чечни. 3 декабря 1996 выдвинул свою кандидатуру на пост президента ЧРИ. В качестве кандидата на пост вице-президента баллотировался Ваха Арсанов. 26 января 1997 года победил на выборах президента, набрав 59,1 % голосов избирателей. Вступил в должность после инаугурации 12 февраля 1997 года. Одновременно занял пост председателя Кабинета министров и, оставаясь главнокомандующим всеми Вооруженными силами республики, упразднил пост министра обороны, который занимал с конца 1996 г. Большинство жителей мятежной республики видели в Масхадове гаранта цивилизованного «развода» с Россией. Они надеялись, что ему удастся призвать полевых командиров к порядку, обуздав бандитизм и криминальный произвол.

В январе 1997 года сменил имя Аслан на Халид (поскольку имя Аслан — немусульманское). В октябре 1997 года обратился к парламенту Чечни с просьбой сроком на два года наделить его особыми полномочиями — правом полностью или частично приостанавливать действующие в Ичкерии «нормативно-правовые акты, назначать и освобождать должностных лиц органов государственной власти и управления», издавать «указы и распоряжения, не противоречащие суверенитету и независимости Чеченской республики Ичкерия». В январе 1998 года парламент отказал в удовлетворении этой просьбы. С июля 1998 года исполнял обязанности премьер-министра Чечни, совмещая эту должность с постом президента. Российские спецслужбы, по признанию экс-главы ФСБ С. Степашина, «по решению руководства помогали Масхадову спецтехникой, бронежилетами, агентурной информацией. Дважды предупреждали его о том, что люди Басаева готовят на него покушение». В декабре 1998 года конституционные полномочия Масхадова под предлогом его «пророссийской позиции» пытались оспорить полевые командиры Шамиль Басаев, Салман Радуев и Хункар Исрапилов. Возглавляемый ими «Совет командующих Чечни» потребовал от Верховного шариатского суда отстранения Масхадова от должности. Шариатский суд предложил Масхадову в одностороннем порядке прервать отношения с Россией. Под видом широкомасштабной операции «Щит правопорядка» Масхадов попытался подавить своих недавних соратников. Им был расформирован полк спецназа «Борз». В приказе говорилось, что «часть личного состава этого подразделения встала на путь противозаконных действий по похищению людей и многочисленным бесчинствам». Днем ранее Масхадов издал приказ о роспуске так называемой армии Дудаева во главе с Салманом Радуевым, зятем первого президента. Номинального чеченского лидера хватило только на то, чтобы долго отрицать очевидное, а затем в конце августа 1999 года вывести из состава Совета национальной безопасности Мовлади Удугова, назвав его «проводником широкомасштабной идеологической диверсии против Чеченского государства». Ему также было вменено в вину, что он «своими действиями поставил на грань разрыва традиционную дружбу между дагестанскими и чеченскими народами». 9 февраля 1999 года на своем первом заседании Государственный совет подтвердил полномочия А. Масхадова как главы государства и избрал его своим председателем. 21 марта и 10 апреля 1999 года на жизнь А. Масхадова были произведены неудачные покушения с использованием противотанковых снарядов и фугасных бомб. С началом второй чеченской войны — председатель Государственного комитета обороны. 11 сентября 1999 года Масхадов обратился с личным посланием к Александру Лебедю с просьбой вновь, как и в августе 1996 года, встретиться в Хасавюрте, чтобы «предотвратить очередную масштабную войну». 27 октября 1999 года Масхадов подписал указ о создании бандформирований «особого назначения», которое комплектуется освобожденными из тюрем уголовниками, изъявившими желание добровольно войти в его состав. 18 февраля 2000 года Масхадов был обвинен российской прокуратурой в организации и участии в вооруженном мятеже. Против него было возбуждено уголовное дело по ст. 279 УК РФ. 25 апреля 2000 года штаб Объединенной группировки российских войск в Чечне сообщил, что, по данным радиоперехвата, Хаттаб и Шамиль Басаев угрожают расправой семье чеченского президента за попытки начать переговоры с Москвой. Масхадов, в свою очередь, поспешил дезавуировать ранее прозвучавший приказ о якобы одностороннем прекращении огня. К тому же он получил резкий ответ Владимира Путина, который заявил, что Кремль не будет заниматься «болтовней с политическими импотентами», а самому Масхадову предложил воспользоваться амнистией, «пока не поздно». Жесткая реакция российской стороны окончательно подорвала позиции Масхадова среди его соратников. Боевикам нужно было перемирие для восстановления сил и пополнения запасов, чтобы потом вновь развернуть боевые действия. Именно такую тактику чеченцы под руководством Масхадова успешно применяли в ходе первой кампании. Добиться передышки мог только Масхадов, но Путин указал единственному легитимному (по мнению Запада) руководителю Чечни на его место. В октябре 2000 года в интервью «Liberation» заявил, что под командованием Масхадова находится в общей сложности 33 тыс. человек и что «конфликт в Чечне не религиозный и не имеет никакого отношения к ваххабизму». В июне и в декабре 2000 года был ранен (по словам Трошева, Масхадова «видели с забинтованной головой и грудью», отчего у него «изменилась дикция»). 27 января 2001 года новыми официальными чеченскими властями (Кадыров, Гантамиров) было объявлено, что легитимный срок президентства Масхадова закончился. Сам Масхадов отказался с этим согласиться, утверждая, что, согласно чеченской конституции, он избирался на пять лет и, кроме того, его полномочия автоматически продлеваются на время военных действий. В интервью «Независимой газете» (февраль 2001 года) Масхадов заявил, что в случае заключения мирного договора с Россией полевые командиры остановят войну по его приказу. В марте 2001 года выступил против выдачи России чеченских террористов, захвативших российский самолет Ту-154. В мае 2001 года в интервью «Новой газете» заявил, что «сегодня в Кремле нет чиновника, с которым можно говорить трезво, разумно… Поймите, не с кем вести переговоры!». 21 сентября 2002 года Масхадов поручил Мовлади Удугову создать в Грузии очередное представительство НВФ, действующих в Чечне. Автор книги «Честь дороже жизни» (Грозный, февраль 1997). В Советской Армии был награжден двумя орденами «За службу Родине». Любимое блюдо — пельмени. Женат, жена — Кусама, по образованию учитель. Есть сын Анзор и дочь Фатима. Анзор в первую войну принимал участие в боевых действиях. Женился в 17 лет, 4 мая 1994 года родился внук, которого назвали Шамилем — в честь Шамиля Басаева. Есть внучка. По оперативной информации, президент Масхадов скрывается в горной части страны и в ноябре 2002 года был «в очередной раз ранен». Но как авторитетный, независимый политик он давно уже убит. Объявлен в федеральный и международный розыск.