Вскоре он перебрался в Германию, где читал лекции в разных университетах. В 1591 г. он опубликовал новый цикл сочинений, представлявших собой большей частью поэмы, написанные на латинском языке, в которых Бруно развивал свои философские взгляды.
Весной 1592 г. Джордано Бруно направился в Италию, с намерением возглавить кафедру математики в Падуанском университете. Но, оказавшись в Венеции, в мае того же года он был арестован местной инквизицией. Через год, по требованию самого папы римского, Бруно был выдан римской инквизиции. В течение нескольких лет, которые он провел в застенках, инквизиторы добивались у Ноланца отречения от его философских взглядов, как еретических. Однако Джордано Бруно все это время продолжал оставаться столь же бескомпромиссным человеком, каким был с юных лет. Наконец, через семь лет состоялся суд, приговоривший философа к смертной казни — сожжению на костре. 17 февраля 1600 года, в юбилейный год папы Климента VIII, когда в Риме собрались десятки тысяч верующих католиков со всего мира, на Площади цветов Джордано Бруно был сожжен. История донесла до нас его последние слова, обращенные к судьям инквизиции: "Быть может, вы с большим страхом произносите этот приговор, чем я его выслушиваю!"
В 1603 г. все произведения Бруно были зачислены в Индекс запрещенных книг, а его имя запретили даже упоминать. Лишь в конце XIX столетия вновь заговорили о бесстрашном философе. 9 июня 1889 г. в Риме на месте казни торжественно открылся памятник Джордано Бруно. Начались и публикации его сочинений на разных языках, в том числе и на русском языке.
Перу Джордано Бруно принадлежит большое число произведений, причем некоторые из них не опубликованы до сих пор и хранятся в рукописях.
В философском отношении наиболее значимыми являются диалоги "О причинах, начале и едином" и "О бесконечности, вселенной и мирах".
Философские воззрения Ноланца формировались под влиянием многих предшествующих учений: неоплатонизма, стоицизма, идей Демокрита и Эпикура, Гераклита, гуманистических теорий. Заметно воздействие концепций арабоязычных философов Аверроэса и Авиценны, а также еврейского философа Авицеброна (которого, впрочем, тогда считали арабом Ибн Гебиролем). Внимательно изучал Бруно и тексты Гермеса Трисмегиста, которого в собственных сочинениях Бруно называл Меркурием. Большое значение для Бруно имела теория Коперника о гелиоцентрическом строении Вселенной, послужившая отправной точкой для его собственных космологических представлений. Современные исследователи подчеркивают серьезное влияние философии Николая Кузанского, особенно учения о совпадении противоположностей. Наверное, только Аристотеля и основывавшихся на нем философов-схоластов Бруно не принимал вовсе и постоянно критиковал.
Философским контрапунктом учения Джордано Бруно является учение о совпадении противоположностей, почерпнутое им, как уже говорилось, у Николая Кузанского. Размышляя о совпадении бесконечного и конечного, высшего и низшего, Бруно развивает учение о совпадении максимума и минимума. Используя в том числе и математические термины, он приходит к выводу, что раз максимум и минимум совпадают, то минимум, как наименьшее, является субстанцией всех вещей, "неделимым началом". Но так как минимум это "единственная и коренная субстанция всех вещей", то "невозможно, чтобы она имела точное определенное имя и такое название, которое обладало бы положительным, а не отрицательным значением". Поэтому сам философ подчеркивает, что следует различать три рода минимумов: в философии — это монада, в физике — атом, в геометрии — точка. Но разные наименования минимума не отменяют главного его качества: минимум, как субстанция всех вещей, является основой всего, в том числе и максимума: "Так, субстанция вещей нисколько не изменяется, она является бессмертной, ее не рождает никакая возможность и никакая не уничтожает, не портит, не уменьшает и не увеличивает. Благодаря ей рождаются рожденные и в нее они разрешаются".
Учение о совпадении минимума и максимума переносится Бруно и в теологию. Его представления о Боге можно охарактеризовать как пантеизм: "Бог есть бесконечное в бесконечном, он находится во всем и повсюду, не вне и над, но в качестве наиприсутствующего", — писал Ноланец. Развивая свои пантеистические представления, Бруно утверждает: "Природа… есть не что иное, как Бог в вещах". Таким образом, в теологическом плане итальянский мыслитель сближает Бога и природу, а в философском — форму и материю. В результате саму материю Бруно называет не иначе как "божественное бытие в вещах", тем началом, которое "все производит из собственного лона".
Следовательно, мир, в каждом элементе которого присутствует Бог, является одушевленным: "Мир одушевлен со всеми его членами". При этом душа — это "ближайшая формирующая причина, внутренняя сила, свойственная всякой вещи". Бруно близка неоплатоническая идея о Душе Мира, как формирующей силе, поэтому в его диалогах Душа Мира иногда подменяет собой Бога, ибо является неким мировым Разумом (интеллектом).
Учение о совпадении противоположностей, пантеистическая трактовка сущности Бога и признание всемирной одушевленности материального бытия приводят Джордано Бруно к утверждению идеи абсолютного единства мира: "Вселенная едина, бесконечна, неподвижна. Едина, говорю я, абсолютная возможность, едина действительность, едина форма, или душа, едина материя, или тело, едина вещь, едино сущее, едино величайшее и наилучшее". Таким образом, вселенная "в своем бытии заключает все противоположности в единстве и согласии". Поэтому он приходит к выводу, что "все вещи находятся во вселенной и вселенная во всех вещах; мы в ней, она — в нас". Именно единство — это "единое вечное" в мире.
Познание единства мира, по убеждению Джордано Бруно, является главной целью познания вообще. "Те философы, — пишет он, — которые нашли это единство, обрели себе в подруги мудрость". Продолжает: "Мудрость, истина, единство фактически являются одной и той же вещью".
Сами способы познания и их взаимоотношения, Бруно определяет также, как и Николай Кузанский: чувственное познание (sensus) служит основой рассудочного познания (ratio), которое, в свою очередь, является фундаментом разумного или интеллектуального познания (intellectus). Правда, Бруно придает гораздо меньшее значение чувственному познанию, зато он верил в бесконечные возможности разума.
Анализируя свойства разума, Бруно, в отличие от Кузанца, не употребляет латинского понятия «интуиция», а использует понятие «ум» ("mens", которое можно перевести и как "дух"). Задача «ума» состоит в том, чтобы вносить высшее единство в познавательную деятельность человека, доводя его до постижения единства мира, выражаемого божественной субстанцией.
Само познание представляет собой познание совпадений противоположностей, прежде всего максимума и минимума: "Кто хочет познать наибольшие тайны природы, пусть рассматривает и наблюдает минимумы и максимумы противоречий и противоположностей. Глубокая магия заключается в умении вывести противоположность, предварительно найдя точку объединения", — писал Ноланец.
Интересным в этом отношении представляется мнение Бруно, что любое познание с помощью «ума» ("интеллекта") должно сводиться к упрощению, т. е. к познанию минимума как субстанции всех вещей: "Когда интеллект хочет понять сущность какой-либо вещи, он прибегает к упрощению, насколько это возможно; я хочу сказать, что он удаляется от сложности и множественности, сводя преходящие акциденции, размеры, обозначения и фигуры к тому, что лежит в основе всех вещей". В этом случае, по мнению Бруно, "интеллект ясно этим показывает, что субстанции вещей состоит в единстве, которое он ищет в истине или в уподоблении".
Космологические представления Джордано Бруно также определялись его учением о единстве вселенной. Используя мысль Николая Кузанского о том, что центр универсума находится повсюду, а окружности у него в сущности нет нигде, Бруно не только дополняет теорию Коперника, но и развивает ее, утверждая в духе Демокрита идею множественности миров. Иначе говоря, Солнце не может быть центром вселенной, ибо центр находится повсюду. И границ вселенной не существует. Следовательно, не только наша Земля является одной из планет Солнечной системы, но и сам Солнце — это лишь одна из бесчисленных звезд. Следуя этой логике, Бруно пришел к выводу, что и у других звезд, так же как и у Солнца, должны существовать планетные системы.