Государственный Комитет Обороны 3 января 1942 года принял постановление «О восстановлении железных дорог».43 Руководство восстановительными и заградительными работами возлагалось на НКПС и его органы. В системе НКПС создано Главное управление военно-восстановительных работ (ГУВВР), в ведение которого переданы все железнодорожные войска и спецформирования НКПС.

На фронтах организованы управления военно-восстановительных работ (УВВР). Начальник УВВР в большинстве случаев являлся и начальником железнодорожных войск фронта.

В состав спецформирований входили: головные ремонтные поезда (горемы), поезда для восстановления водоснабжения (водремы), поезда для восстановления связи и сигнализации (связьремы), мостовые восстановительные поезда (мостопоезда), мостовые восстановительные отряды (мостоотряды), поезда по ремонту подвижного состава (подремы). Кроме перечисленных спецформирований, были созданы строительно-монтажные и ремонтно-сварочные поезда, мостовые базы по заготовке конструкций, головные базы (для хранения и снабжения материалами работ на головных участках).

На восстановительные работы переключались многие строительные и ремонтные организации НКПС (машинно-путевые станции, стройпоезда и ряд других подразделений).

Спецформирования НКПС укомплектовали необходимым оборудованием, транспортными средствами, квалифицированными работниками, которые по решению Государственного Комитета Обороны были переведены на положение состоящих в рядах Красной Армии.

В связи с возросшим объемом проектирования восстанавливаемых железнодорожных станций и узлов, мостов и других сооружений, а также разработки проектов для строящихся линий и обходов в прифронтовых районах приказом НКПС организован Военвостранспроект с проектными группами на местах, которые выполняли эти работы в тесном контакте со строительными организациями.

Партия и правительство в первые месяцы 1942 года приняли эффективные меры по улучшению работы железных дорог.

Важным решением явилось создание 14 февраля 1942 года при Государственном Комитете Обороны Транспортного комитета в составе: И. В. Сталин (председатель), А. А. Андреев (заместитель председателя), А. И. Микоян, А. В. Хрулев, И. В. Ковалев, Г. В. Ковалев, 3. А. Шашков, П. П. Ширшов, А. Г. Карпоносов и другие.

Комитет рассматривал и решал вопросы транспортного обслуживания фронта и тыла, совершенствования планирования, координации перевозок, комплексного использования всех средств сообщения, разработки мер по укреплению материально-технической базы транспорта.

А. В. Хрулев — народный комиссар путей сообщения (1942–1943)

Е. Н. Арутюнов — заместитель народного комиссара путей сообщения (1939–1946), Герой Социалистического Труда

Государственный Комитет Обороны постановлением от 22 марта 1942 года в целях улучшения и упорядочения дела руководства в НКПС движением поездов по сети железных дорог изменил структуру управления и порядок руководства движением. Вместо Оперативно-эксплуатационного управления и 8 территориальных управлений по дорогам организовано Центральное управление движения с отделами служб движения по группам дорог. Устранилось дублирование работы управлений. Установлено, что начальник Центрального управления движения является заместителем наркома путей сообщения и осуществляет единое руководство движением поездов по сети железных дорог. Воспрещалось всем другим управлениям НКПС отдавать дорогам, отделениям и станциям распоряжения в отношении движения поездов.

Функции ликвидируемых территориальных управлений по вопросам паровозного и вагонного хозяйства переданы в соответствующие отраслевые управления и тем самым было сосредоточено руководство этими отраслями хозяйства.

Создан Отдел планирования перевозок, на который возложено планирование оперативных, снабженческих и народнохозяйственных перевозок. Отделы планирования перевозок организованы в управлениях железных дорог.

Постановлением Государственного Комитета Обороны от 22 марта I942 года заместитель народного комиссара путей сообщения Г В. Ковалев назначен начальником Центрального управления движения НКПС.

Народным комиссаром путей сообщения постановлением ГКО от 25 марта 1942 года был назначен заместитель наркома обороны, начальник тыла Красной Армии генерал-лейтенант A. В. Хрулев. Первым заместителем наркома ГКО утвердил Е. Н. Арутюнова. Заместителем наркома и начальником Центрального управления паровозного хозяйства назначен B. А. Гарнык, заместителем наркома и начальником Главного управления военно-восстановительных работ — И. Д. Гоциридзе.

В целях улучшения и упорядочения руководства паровозным хозяйством и вагонным хозяйством организованы соответствующие центральные управления со службами по группам Дорог и функциональными отделами вместо имевшихся управлений.

Позднее образовано Главное управление материально-технического обеспечения на базе существовавших управлений снабжения. Заместителем наркома и начальником Главного Управления назначен И. В. Щуров.

В целях улучшения подбора, подготовки и распределения кадров, организации труда и заработной платы на железнодорожном транспорте создано Главное управление кадров. Заместителем наркома и начальником Главного управления кадров утвержден И. К. Кулагин.

Перестройка на военный лад требовала соответствующих форм и методов партийно-организационной и политико-воспитательной работы. Исходя из директивы Центрального Комитета партии и Советского правительства Политуправление НКПС в июле 1941 года направило политорганам и партийным организациям на железнодорожном транспорте указание о перестройке организаторской и политико-массовой работы. Основная деятельность партийных организаций транспорта направлялась на выполнение призыва партии «Все для фронта! Все для победы!». Значительная часть опытных работников Политуправления и политотделов в первые же дни войны была послана на крупные узлы и предприятия — прежде всего туда, где складывалась особенно сложная обстановка. Следовало организовать дело так, чтобы каждый работник был на виду у партийной организации. В военное время это приобретало особо важное значение.