Благодаря проискам клерикалов, 24 декабря 1801 года министр внутренних дел и полиции докладывает своему императору о том, что в доме доктора Галля происходят какие-то лекции о человеческом черепе, куда собираются женщины и девушки; и что это ведет к опасному для нравов материализму. 9 января 1802 года Галлю вручается предписание о запрете всяких публичных лекций. Через три года Галлю пришлось покинуть Вену. Примечательно, что, отбывая ссылку на острове Святой Елены, Наполеон перечислял свои заслуги перед человечеством и не забыл упомянуть, что именно он добился от австрийского императора изгнания Галля из Вены и прекращения его деятельности.
Покинув в 1805 году Вену, Галль и его ассистент Иоганн Каспар Шпурцгейм (1776–1832), после странствий из Берлина в Швейцарию, из Швейцарии в Голландию, а оттуда в Данию, где они выступают с пропагандой своей доктрины, в 1807 году перебираются в Париж. Здесь слава Галля достигла апогея. Он читает публичные лекции в Атенеуме, собирает у себя дома любопытных до всего нового парижан.
14 марта 1808 года Галль представляет в Парижскую академию свой труд: «Исследование нервной системы вообще и мозга в частности». Рецензировать работу Галля поручили парижским ученым: Тенону, Сабатье, Порталю, Кювье, Пикелю. Несмотря на некоторые разногласия, рецензенты, в общем, высказались в пользу работы Галля, и близок уже был тот час, когда его репутация могла серьезно упрочиться. Но основателю френологии хронически не везло с монархами. Наполеон, который имел привычку встревать во все дела, и даже в те, в которых ничего не смыслил, и выносить безапелляционные решения, заметил: «Чего ради изучать анатомию у немца, разве нет своих ученых». Этого было достаточно, чтобы у Галля начали находить недостатки и даже те, кто еще недавно видел одни достоинства. Знаменитый психиатр Пинель назвал его шарлатаном. Галль очень огорчался выпадами против него. Он, несомненно, был честным энтузиастом, подлинным искателем истины, глубоко верившим, что его метод приведет когда-нибудь к величайшим открытиям. Из видных представителей академической медицины верным сторонником Галля остался лейб-медик императора Корвизар. Кроме поддержки великого французского ученого Жоффруа де Сент-Илера, побуждающего Галля выставить свою кандидатуру в Академии наук, другой больше не нашлось, поэтому акция провалилась.
С 1810 по 1820 год выходит в свет сочинение Галля «Анатомия и физиология нервной системы» в четырех томах, с большим тщательно выполненным атласом в 100 таблиц. На заглавном листе двух первых томов рядом с Галлем было напечатано имя его ассистента И. Шпурцгейма. В остальных двух томах этого имени уже не было. Доктор Шпурцгейм в это время уже покинул своего учителя и перенес свою деятельность в Англию, где создал френологическое движение.
3 апреля 1828 года у доктора Франца Галля произошло кровоизлияние в мозг, а 22 августа того же года он умер в окрестностях Парижа, в Монруже. Отказавшись от духовника, он распорядился, чтоб его тело не выставляли в церкви. Галль был похоронен на известном кладбище Пер-Лашез без головы, которую завещал для пополнения своей коллекции.
В свое время великий микробиолог Спалланцани поступил так же, как и Галль, но в отношении своего сердца. Зная, что у него больное сердце, разбитый апоплексическим ударом, умирающий, он завещал: «Выньте его и сохраните после моей смерти, может быть, оно поможет вам открыть какой-нибудь новый факт относительно болезней сердца».
Несомненной научной заслугой Галля было утверждение, что характер психических расстройств зависит от места повреждения мозга. Однако в своих публикациях он далеко вышел за пределы собственного экспериментального материала, утверждая, что развитие определенных способностей, склонностей, черт характера приводит к такому разрастанию соответствующих участков мозга — мозговых центров, что кости черепа над этим местом вынуждены выгибаться шишкой. По ним якобы можно судить о характере человека и его способностях. Галль указал местоположение 37 шишек, в том числе шишек трусости, агрессивности, патриотизма…
Доктор Галль не остановился на поверхности черепа: внимание его проникло и в его глубину. Мозговые извилины — вот где находятся центры умственных и нравственных свойств человека, а так как мозг, пока он находится в периоде роста и развития, давит на черепную покрышку и таким образом формирует ее, то очевидно, что форма черепа полностью отражает главнейшие особенности своего содержимого. Исходя из представления о локализации способностей в различных участках головного мозга, Галль разработал теорию соответствий между топографией мозга и черепа и интеллектуальными и аффективными свойствами его владельца.
Франц Галль начинает изучать мозг, придумывает собственный метод его рассечения и расщепления и, по словам крупного немецкого анатома и врача Рейля, который был слушателем, достигает весьма солидных познаний в анатомии мозга. Позже Рейль признался, что, присутствуя на анатомических демонстрациях Галля, он в течение часа узнал о строении мозга гораздо больше, чем за всю свою предыдущую жизнь. В «Анатомии и физиологии нервной системы» Галль обобщил имевшиеся тогда сведения в этой области.
О френологии много говорили, но она не выдержала проверку временем. Несостоятельность теории Галля была доказана еще в 1824 году экспериментальными исследованиями Флуранса, который исследовал функции полушарий мозга и мозжечка, открыл в продолговатом мозге дыхательный центр (1822), названный им «жизненным узлом». На основании опытов с полным и частичным удалением больших полушарий у птиц Флуранс пришел к заключению, что восприятия раздражений внешнего мира и произвольные движения зависят от больших полушарий головного мозга. Вместе с тем он полагал, что между различными участками больших полушарий нет функциональных отличий. В то же время Флуранс сообщает о том глубоком впечатлении, которое произвел на него Галль, когда уверенной рукой расчленял мозг. «Мне казалось, — говорит Флуранс, повторяя слова Рейля, — что никогда до этого момента я не видел и не знал, что представляет собой мозг».
В 3-томном сочинении немецкого анатома Бурдаха изложена история анатомии нервной системы. Дойдя до начала XIX века, Бурдах говорит, что в первом ряду исследователей головного мозга должно стоять имя Франца Йозефа Галля. По его словам, заслуга Галля заключается в том, что он разрушил немало ошибочных представлений, чем расчистил почву для новых исследований; он подтвердил старые истины и открыл новые факты, и, что является самым главным, он привлек всеобщее внимание к мозгу как к сложному органу, заведующему всей психической деятельностью. Знаменитый лейпцигский невропатолог П.Ж. Мёбиус в 1899 году, а затем в 1905 году выступил горячим защитником Галля, упрекая его противников на протяжении всего XIX века в черной неблагодарности и жестокой несправедливости.
Подобно тому, как Месмер считается родоначальником гипноза, а следовательно, и предшественником психоанализа, так и Галль явился предтечей теории мозговых локализаций, а следовательно, и современной неврологии. Заслуги френологии в том, что:
1) Она показала важный принцип необходимого соотношения между органом и его отправлениями, с вытекающими отсюда выводами, что всякое изменение органа неизбежно должно сопровождаться соответствующей переменной в функциях.
2) Определяя мозг, как орган психической деятельности, френология, естественно, распространяла материализм. Эта заслуга получила свое выражение в надписи на медали, выбитой в Берлине в честь Галля: он нашел инструмент души. В то время этого было немало, когда другие вокруг лили метафизическую патоку.
3) Френология положила начало антропометрии, сыгравшей большую роль в антропологии, этнографии, палеонтологии человека, в криминологии и в методике клинического исследования.
4) Наконец, она дала толчок к целому ряду дальнейших анатомических изысканий. С этой точки зрения грубая и несколько примитивная псевдонаука френология с полным правом должна считаться праматерью тонкой цитоархетиктоники, созданной в XX столетии трудами Бродманна, Цецилии и Оскара Фогт.