Доктор Гийотен достиг высшей медицинской степени того времени, он стал «docteur regent» («доктор регент»). Благодаря этому он занял место профессора анатомии, физиологии и патологии при Парижском факультете. Как врач и преподаватель он вскоре стал пользоваться значительной известностью. Суждения Гийотена, как говорит Ларусс (Larousse), всегда были проницательны и мудры. Даже правительство неоднократно приглашало его высказать свое мнение по важным вопросам. Так, он отсоветовал правительству вводить налог на уксус; убедил принять меры по предупреждению опасности собачьего бешенства; предложил осуществить осушение болот Poitou и Saintonge, дабы застраховаться от эпидемии малярии.

Доктор Гийотен участвовал в комиссии, на которую была возложена обязанность научно исследовать вопрос о колдовстве, требовалось доказать сельскому населению его абсурдность. В середине XVIII столетия в университетском городе Вюрцбурге на основании экспертного заключения медицинского факультета была сожжена одна девушка, признанная колдуньей. Этот яркий факт показывает, что дикость и невежество отнюдь не прерогатива крестьян. В 1784 году Гийотен был включен в представительскую комиссию, которая исследовала целебную силу животного магнетизма Месмера, чудесные исцеления которого вызвали громадную сенсацию в Париже, особенно в придворных кругах.

Тяжелое экономическое положение Франции побудило Людовика XVI созвать в 1789 году Генеральные штаты, не собиравшиеся с 1614 года. Одновременно было предложено ученым и другим образованным людям высказаться по составу этого высшего сословно-представительского учреждения. Гийотен, не занимавшийся до этого политикой, изложил 8 декабря 1788 года свои взгляды в брошюре «Petition des citoyens domicilies a Paris», которая сразу сделала его героем дня. В ней «с удивительной яркостью и образцовой умеренностью» была представлена точка зрения третьего сословия. Историк Шассэн (Chassin) характеризует брошюру как «весьма замечательный политический и литературный труд, принадлежащий по времени и значению к первым символам веры, подготовившим великое революционное движение». От имени 3-го сословия Гийотен требует допустить к работе в Генеральных штатах столько же представителей третьего сословия, сколько предполагало участвовать представителей от дворянства и духовенства вместе взятых.

Официальные представители парижской буржуазии приняли брошюру Гийотена как свою политическую программу. Парламент наложил на нее запрет, и вскоре Гийотен был вызван для допроса. Он объяснил свои мотивы: «Мной руководили не личные интересы, а лишь патриотизм и забота об общественном благе». Говорят, он проявил в своей речи такую силу убеждения, что огромная толпа, присутствующая на заседании парламента, устроила ему на выходе овации, увенчала цветами и с триумфом проводила домой. Так начиналась его политическая карьера.

Доктор Гийотен был избран в Генеральные штаты представителем парижской буржуазии, в числе депутатов от Парижского округа. 5 мая 1789 года, в первый день заседания в Версале, Гийотен был избран инспектором зала заседаний. Должность была весьма престижной и ответственной на стадии организации работы штатов. В этом же году депутаты 3-го сословия Генеральных штатов объявили себя Национальным собранием.

По предложению Гийотена Национальное собрание учредило в 1790 году комиссию общественного здравоохранения. Будучи членом этой комиссии, он внес в собрание в 1791 году от имени комиссии проект реформы медицинского обслуживания населения и образования во Франции. Преподавание на медицинских факультетах было поставлено неудовлетворительно. Парижский факультет имел 7 кафедр (акушерство, патология, физиология, фармация, латинская и французская хирургия и material medica), но практические занятия на них были непопулярны; клинического преподавания не было почти никакого, так как факультет находился вне всякой связи с больницами. Первую клинику во Франции по внутренним болезням открыл в Париже Дебуа де Рошфор (Desbois de Rochefort) в 1795 году. В течение целого года в Париже для анатомирования пользовались лишь двумя трупами. Врачи, прошедшие обучение, не имели никакой практической подготовки и, как горько острил Декарт, получали необходимый опыт лишь после массового убийства своих пациентов.

В делах факультета было немало злоупотреблений: получение звания врача или докторской степени обходилось кандидату очень дорого. Стоимость была столь высока, что число врачей в Париже ежегодно увеличивалось не более чем на 6–7 человек. Например, в 1789 году на Парижском факультете числилось 148 docteurs regents, многие из которых жили не в самом Париже. Число студентов, изучающих медицину в Париже, было не более 60 человек. Дворянство жаловалось, что «невежество деревенских хирургов ежегодно уносит больше жизней граждан, чем десятки сражений». Это печальное положение вещей требовало немедленных реформ. Но их-то как раз и не было. Гийотен требовал прекратить покупать медицинские степени, организовать практическое преподавание акушерства, ввести шестилетний курс обучения в медицинских школах и госпиталях.

В 1803 году после многочисленных попыток законопроект о реформе медицинского образования и врачебного сословия наконец-то был принят. Однако закон был урезан и уступал более прогрессивным планам Гийотена. Лишь в 1891 году, спустя 100 лет после предложения Гийотена, реформа была проведена, причем она соответствовала в общих чертах его требованиям относительно организации преподавания и клинического обучения медицине.

После закрытия Национального собрания Гийотен примкнул к клубу фельянов, более умеренным членам якобинского клуба, который был основан в 1791 году; фельяны стремились к конституционной монархии. С закрытием в 1791 году Национального собрания закончилась в основном и политическая деятельность Гийотена.

Перейдем непосредственно к той стороне деятельности Гийотена, которая в силу рокового недоразумения создала ему одиозное имя. Исходя из благородного стремления уничтожить укоренившиеся в государстве злоупотребления и реализовать начала равенства перед законом, Гийотен выступил в знаменитом заседании 1 декабря 1789 года с декларацией прав человека, давшей повод к изобретению слова «гильотина». В то время обсуждался новый уголовный кодекс и вопросы исполнения наказаний. Гийотен выступил ярым защитником равенства наказаний для всех осужденных без различия ранга и состояния. При старом режиме дворянин пользовался исключительной привилегией, если его приговаривали к смерти, то обезглавливали. Казнь посредством обезглавливания считалась более благородной, чем колесование, виселица и т. п., предназначавшиеся для простых смертных и носившие обесчещивающий характер. Добавим, что колесование и повешение влекли за собой позор не только для осужденного, но и для всей его семьи, между тем как обезглавливание никак не отражалось на семье казненного дворянина. Принятый в 1789 году принцип равенства всех перед законом повлек за собою, естественно, и равенство перед наказанием, которое должно варьироваться сообразно преступлению, а не общественному положению осужденного.

10 октября 1789 года Гийотен предложил Национальному собранию установить равенство казней для всех, а равно укорачивать страдания осужденного. Первого декабря он защищал свои предложения, и они были приняты с большим энтузиазмом. Национальное собрание вотировало следующие 4 статьи, предложенные Гийотеном: 1) об установлении однообразного способа казни, независимо от принадлежности осужденного к тому или другому сословию; 2) о запрещении конфискации имущества казненных; 3) о выдаче семье тела казненного для погребения; 4) о запрещении упоминать в метрическом свидетельстве о казни, так как провозглашен принцип, что на семью не должен ложиться позор. Помимо этих предложений Гийотен, исходя из принципов гуманности, особенно настаивал на необходимости избавлять осужденного от медлительности, нерешительности и неловкости палачей; он предложил производить обезглавливание машиной. Во время прений Гийотен, отвечая на возражения, неосторожно воскликнул: «При помощи моей машины я в одно мгновение отрублю вам голову без малейших страданий с вашей стороны». Неосторожное выражение, за которым последовал взрыв смеха, оказалось роковым для имени Гийотена.