Альберт Швейцер сдает 17 декабря 1911 года последние экзамены, а весной 1912 года едет в Париж, чтобы специализироваться на тропической медицине. Но вот незадача. Когда подошла пора получения диплома врача, появились неожиданные и, казалось, непреодолимые затруднения по закону профессору не полагалось быть студентом. По этому поводу возникает любопытная переписка между руководством Страсбургского университета и самим министром просвещения кайзеровской Германии. В порядке исключения университетским властям разрешают выдать Швейцеру не диплом, а свидетельство об окончании медицинского факультета. Докторская диссертация Швейцера по медицине «Психиатрическая оценка личности Иисуса» вышла в свет в Тюбингене в 1913 году. А уже 21 марта того же года вместе со своей женой Хеленой-Марианной Альберт Швейцер отбывает на пароходе «Европа» в тогдашнюю Французскую Экваториальную Африку (ныне Республика Габон). Хелена, до замужества Бреслау (1879–1957), — дочь историка средних веков, профессора Страсбургского университета Гарри Бреслау. Первоначально Хелена Бреслау готовила себя к педагогической деятельности и рано начала преподавать в школе для девочек. После длительного пребывания в Италии, куда она ездила вместе с родителями (отец ее работал там в архивах), она решает оставить педагогическую работу, посвятить себя изучению живописи и скульптуры и занимается в Страсбурге историей искусств. Но это длится недолго. Осенью 1902 года она едет в Англию, где работает учительницей в рабочих предместьях. После этого по приглашению друзей она отправляется в Россию, живет в Полтаве и изучает там русский язык. Вернувшись в Страсбург, она поступает на медицинские курсы и по окончании их посвящает себя заботам о сиротах и одиноких матерях. В 1907 году на окраине Страсбурга открывается дом для одиноких матерей с детьми, и молодая девушка начинает работать в нем, не боясь осуждения общества, в глазах которого такие женщины считались падшими.
В 1902 году Хелена впервые слышит игру Швейцера на органе — он исполняет хорал Баха в церкви, куда она в это время приходит с детьми. Вскоре Хелена и Альберт познакомились. Сблизила их музыка. «Музыка всегда была нашим лучшим другом», — вспоминала она потом. Общность взглядов на жизнь как на исполнение долга перед людьми все больше сближает Альберта и Хелену. Встречи их становятся все более частыми. Хелена была первой, кому Швейцер сообщил о своем решении изучать медицину, для того чтобы потом уехать в Африку Общение с Хеленой несомненно укрепило решимость, с которой Альберт предпочел работу врача всему остальному. Вместе с тем все это время онадеятельно помогала своему будущему мужу в его литературных работах и чтении корректур. Поженились он и 18 июля 1912 года, меньше чем за год до поездки в Ламбарен. Хелена получила медицинское образование: окончила курсы сестер милосердия.
Мать Альберта Швейцера не захотела согласиться с его решением. Непреклонный дух Шиллингеров не смягчился. Воля, увлекавшая ее сына в Африку, лишила его материнского благословения. Больше он ее уже никогда не видел. Адель Швейцер погибла 3 июля 1916 года в результате несчастного случая неподалеку от Гюнсбаха, во время войны была задавлена насмерть немецким кавалеристом.
Чета Швейцеров 16 апреля прибыла на место своей новой работы в Лабарене. Поначалу доктор Швейцер стал принимать больных и делать перевязки и операции под открытым небом. Когда же разражалась гроза, ему приходилось все поспешно переносить на веранду. «Вести прием больных на солнцепеке было очень изнурительно», — говорит доктор Швейцер. Вскоре он устроил больницу в помещении, где у жившего в этом доме перед его приездом миссионера был курятник. На стене сделали полки, поставили старую походную кровать, а самые грязные места на стенах замазали известью. В этой маленькой комнатушке без окон было очень душно, а дыры в крыше вынуждали весь день проводить в тропическом шлеме. Приходилось принимать от тридцати до сорока больных в день. В шесть часов вечера темнело и прием больных прекращался, так как из-за москитов осматривать больных при искусственном освещении было небезопасно, от них легко заразиться малярией. Малярия — не единственная опасность, кроме нее, здесь свирепствовали желтая лихорадка, проказа, чесотка, тропическая дизентерия, сонная болезнь, которую разносят москиты и мухи цеце. Сонная болезнь производила страшные опустошения. Она уносила третью часть всего населения. Так, например, в районе Уганды за шесть лет население сократилось от трехсот тысяч до ста тысяч. Сонная болезнь — особого рода хроническое воспаление мозговых оболочек и мозга, неизменно кончающееся смертью. Это обусловлено тем, что первоначально содержащиеся только в крови трипаносомы в дальнейшем переходят также в мозговую и спинномозговую жидкость.
Против сонной болезни, фрамбезии(Фрамбезия (малиновая болезнь) — кожное заразное заболевание, характеризующееся язвами, поражающими все тело больного), чесотки и многих других заболеваний туземцы были совершенно бессильны и не пытались что-либо делать, а просто бросали заболевших на произвол судьбы. Больной обычно валялся в самом дальнем и грязном углу хижины. Когда наступала агония, туземцы уносили умирающего в лес и бросали его там, чтобы не слышать криков и воплей. Психических больных они привязывали к дереву где-нибудь подальше от деревни, а прокаженных просто выгоняли в лес, где ихсъедали дикие звери Нет возможности рассказать даже о небольшой части заразных болезней, которые с риском для жизни лечил доктор Швейцер. Не вдаваясь влетали, констатируем, что с приездом Швейцера многое изменилось к лучшему.
«Работа моя сильно затрудняется тем, что в курятнике я могу держать только немногие медикаменты, — говорит Швейцер. — Почти из-за каждого пациента мне приходится идти через двор к себе в кабинет, чтобы отвесить или приготовить там необходимое лекарство, а это очень утомительно и отнимает у меня много времени. Когдаже наконец будет готов барак из рифленого железа, где разместится моя больница? Успеют ли достроить его, прежде чем наступит долгий период дождей? И что мне делать, если он к тому времени не будет готов? В жаркое время года работать в курятнике нет никакой возможности». Семейство Швейцеров жило, как в тюрьме. В Ламбарене не хватало не только места для работы, но и воздуха для дыхания. Стояла невыносимая духота. Курятник был окружен тридцатиметровым по высоте тропическим лесом, через который ветерок, как ни старался, пробиться не мог. Солнце здесь самый грозный враг, солнечные удары с тяжкими последствиями случались чаще, чем что-либо другое. Жена одного миссионера по рассеянности прошла несколько метров по жаре с непокрытой головой и тут же слегла: у нее тяжелая лихорадка, сопровождающаяся грозными симптомами. Один из работавших в фактории белых прилег отдохнуть после обеда, и солнечным лучам достаточно было маленькой, величиной с талер, дырки в крыше, чтобы вызвать у него тяжелую лихорадку с бредом. Раздеться было немыслимо и подругой причине — вокруг тучами летали мухи цеце, переносчики сонной болезни. Кроме того, трава кишела разнообразными змеями.
«Я надеялся, что мне не придется делать серьезных операций, пока не будет построен барак, однако надежды мои не оправдались, — говорит Швейцер. — 15 августа мне пришлось оперировать больного с ущемленной грыжей. Наркоз давала моя жена. Все прошло лучше, чем можно было ожидать. Больше всего потрясло меня доверие, с которым этот негр лег на операционный стол. Разумеется, асептика была далека от совершенства, но выбора не было».
С постройкой барака у жены Швейцера появилось больше возможности участвовать в лечебном процессе, в курятнике едва хватало места для одного человека. Кроме ведения хозяйства, которое в Африке сопряжено со многими сложностями, ей приходилось руководить стиркой и последующим кипячением перепачканных и заразных бинтов, затем участвовать в операциях в качестве анестезиолога. Однажды среди пациентов оказался мальчик, который ни за что не хотел войти в операционную, так велик был его ужас перед доктором. В течение полутора лет он страдал от гнойной остеомы голени величиною с кисть руки. Запах гноя был настолько отвратителен, что его невозможно было вынести. Мальчик до последней степени исхудал и походил на скелет. Как выяснилось, он был уверен, что доктор собирается убить его и съесть. Несчастный мальчуган знал о людоедстве не из детских сказок, среди туземцев оно окончательно еще не вывелось в то время.