Дидим писал очень много. Из книг Дидима полностью и в подлиннике сохранился только его большой труд о Троице, — в единственной и не очень исправной рукописи ХI-го века, открытый только в 1759 году. Составление этой книги относится к старческим годам Дидима, ко времени уже после II-го Вселенского Собора. К ней примыкает трактат «О Духе Святом», сохранившийся только в латинском переводе Иеронима, — перевод этоть при всей точности не позволяет судить о терминологии Дидима. Составлен он ранше 381 года. До ХVIII-го века это была единственная уцелевшего книга Дидима. С известным основанием можно приписывать Дидиму 4-ую и 5-ую книги о Святом Духе, сохранившиеся под именем святого Василия; может быть также и «Слово против Ария и Савеллия», сохранившееся с именем Григория Нисского. — По ссылкам древних авторов можно восстановить названия многочисленных утраченных сочинений Дидима: О догматах, О смерти малых детей, Против ариан, еще какая то книга («первое слово») и т.д. Из сохранившихся фрагментов многие не поддаются твердому определению. Особо нужно назвать книгу Дидима об Оригене, опыт комментария к Оригеновым «Началам». По сообщению Иеронима, Дидим здесь старался объяснить Оригеново учение о Троице, в православном смысле; но неосторожно принимал другие нечестивые мнения учителя: о падении ангелов, о падении душ, о воскресении, о мире, о всеобщем восстановлении. Руфин пользовался комментарием Дидима при своем переводе: О началах. — От экзегетических трудов Дидима сохранились только отрывки, рассеянные в позднейших катенах, где не всегда можно их опознать с уверенностью,— знак: «Δι» может означать не только Дидима, но и Диодора или Дионисия. По свидетельству Палладия, Дидим объяснил всю Библию, — и Ветхого и Нового Завета. По-видимому, так это и было. Во всяком случае, сохранились указания или отрывки из комментариев Дидима на Бытие, на Исход, на Книги Царств, на пророка Исаию, на Иеремию, Осию, Захарию, на Псалмы, на Книгу Притч, на книгу Иова, на Экклезиаст и на Песнь песней, еще на пророка Даниила. Из книг Нового Завета Дидим объяснял Евангелие Матфея и Иоанна, из посланий Павла — к Римлянам, оба к Коринфянам, к Евреям. Комментариями Дидима обильно пользовался Иероним. И он сравнивает его, как образцового экзегета, с Платоном, Аристотелем, Цицероном, Оригеном… Дидим и был прежде всего экзегетом, он мыслил библейскими образами и оборотами. Его система есть прежде всего система библейских истин. Библия для него Божественная и духовная книга, «Богом помазанная» книга. И потому Ветхий и Новый Завет различаются только, как аспекты, только «в примышлении». Ветхий Завет есть временная скиния, тень истины, приготовление к Евангельской полноте. Говорившие в тенях, однако, не не ведали истины, которой они были символом, — в частности, это относится к Псалмопевцу, к пророку Исаии. Этим определяется метод Дидима всегда аллегорический. Задачу экзегета вслед за Оригеном Дидим видит в том, чтобы вскрыть в Писании высший и духовный смысл, — сквозь букву, тени, образы проникнуть в истину. Это путь иносказания или восхождения αναγωγή… В этом отношении он был верным учеником Оригена. Однако, гораздо внимательнее относился к буквальному смыслу, — в особенности в Новом Завете. Очень часто он останавливается на филологическом анализе и на разночтениях.

Дидим был прежде всего Троическим богословом, — это объясняется не только из исторических обстоятельств его времени, но из его личного опыта. Только тот, кто непорочно исповедует Троицу, есть для него истинный христианин. В Ветхом Завете истина Троичности не было открыта, но только таинственно указана, — может быть, только в Пс. 109 она выражена явственно и не загадочно. И в этом главное несовершенство Ветхаго Завета в сравнении с Новым. В учении о Боге Дидим исходит из оригеновскаго трансцендентизма. Бог превыше всего и недоступен даже серафимским взорам. И о Нем можно говорить только в отрицаниях и в образах. Когда говорится о сущности Божией или о природе, всегда нужно подчеркивать, что это — пресущественная сущность. Среди апофатических определений Божественнаго бытия Дидим особенно часто называет «безколичественность», — это определение кроме Дидима встречается только у Кирилла Александрийскаго… Поэтому, разум может только изумевать пред Богом, и познание возможно только чрез откровенное Писание. Однако, Дидим не удаляет Бога от мира: Он вечнодвижен и действен в мире; в этом всепроницающем провидении Божием Дидим видит оправдание молитвенных прошений о мирских вещах и делах. — Троическая терминология Дидима определяется Каппадокийским влиянием: он говорит твердо о трех ипостасях и единой сущности. Однако, у него остаются следы прежнего отождествления понятий: ουσία и ύπόστασις, — в частности он повторяет Никейское: «из сущности Отца». Но вместе с тем, нередко он говорит по рождении Слова «из ипостаси Отца», — это значить: рождение Сына есть ипостасное свойство Отца… Вместе с тем, понятие ипостаси Дидим прежде всего подчеркивает момент реальности. Менее ясно проводится им каппадокийское отождествление: ύπόστασις и ιδιότης. Термин: πρόσωπον Дидим вообще не употребляет. Таким образом, сквозь каппадокийское влияние у него сказываются воспоминания о прежней неопределенности богословского языка. И вообще Дидим не стремится к четкости формул, — это общеалександрийская черта. — С особой резкостью выражен у Дидима мотив Троическаго единства и для этого он накопляет изобилие определений. Он говорит о едином Царстве, о единой Державе, о едином Господстве, единой Воле и Хотении. Особенно подчеркивает он единство действия и отсюда заключает о единосущии. Это общая мысль отцов IV-го века. Все эти определения смыкаются в понятии об едином Божестве, о тожестве Божества. 0 единосущии Дидим говорит постоянно и не только о взаимном единосущии ипостасей, но и об единосущии Троицы, и от ομοούσιος образует: όμοουσιότης. Единосущие для него означает именно тожество сущности, — όμοούσιος он нередко заменяет через: ταυτούσιος. По историческим обстоятельствам (против ариан) Дидим ясно подчеркивает равночестность Троических ипостасей. Потому он отвергает несимметрическую формулу славословия: чрез Сына, как дающую повод к неверному пониманию, — нужно соединять имена ипостасей предлогом. С этим связано, и то, что Дидим постоянно подчеркивает «владычественность» Сына и Духа. — Ипостасные свойства Сына и Духа Дидим, вслед за Григорием Богословом (к которому он вообще всего ближе из Каппадокийцев), определяет, как «рождение и исхождение». Различие этих образов бытия недоведомо даже ангельским силам. При этом Дидим подчеркивает несоизмеримость Божественного рождения с тварным. Отец есть единое начало или корень Божества. У Дидима нет оборотов аналогичных «чрез Сына» у Григория Нисского, — он ясно говорит об исхождении Духа из безсмертнаго источника Отца… Это не вносит никакого неравенства в Троическую жизнь, и Дидим с последней резкостью подчеркивает мотив совершенного равенства. В уста Слова он влагает такую речь к еретикам: «Отец есть Бог, — говорят они, — и Я также: ибо Я Сын его Единородный, истинный, возлюбленный. Отец есть Господь и Я тоже, — Господь всего, наследник Отца живого, владыка наследия, ибо Я обладаю Моим и как Творец, и как Сын истинный. Чрез воплощение Я стал наследником. Отец есть Создатель и Царь, — и Я тоже. Ибо Я вам сказал: был Царь и он сотворил браки Сыну своему Царю… Отец неизменен и Я тоже. Ибо обо мне сказано: Ты пребываешь во веки и годы Твои не прейдут… Отец бесстрастен, и Я тоже, и Я даю Моим причастие этого бесстрастия. Отец безначален, и Я тоже, — ибо не было времени, когда бы Отец не обладал своим именем, личным сиянием славы своей, образом ипостаси, образом Своего Божества, — и это Я. Отец есть Жизнь, Свет, Благо и Сила, и Истина, и Премудрость, и все, что достойно Бога. И Я тоже, как вы слышали. И Я еще Спаситель, сияющее солнце на праведных и грешных, не воздающий злом за зло. Отец любит человеков, и Я люблю, предаю Самого Себя за вас, принимая зрак раба и претерпевая от вас осмеяние, оплевание и крест»… Нельзя с большею силою и подъемом свидетелствовать о единосущии Сына. — В своем Троическом богословии Дидим совершенно свободен от Оригеновсвих соблазнов. Он совпадает с каппадокийцами. И это не внешнее совпадение, не богословское согласие. В книге Дидима о Троице чувствуется непосредственность и яркость созерцания, молитвенная твердость. Это — один из самых ярких памятников Троическато богословия.