В первый же год своего управления в академии Афанасий представил через академическую конференцию в Святейший Синод составленный им учебник «Сокращенной Герменевтики», где излагал основные начала своего богословского мировоззрения. Филарет Киевский решительно отказался разбирать и рецензировать представленную книгу. Пришлось тогда просить об этом Филарета Московского. Филарет дал отзыв резкий и подробный…

Афанасий был этим отзывом оскорблен и возмущен, хотел привлекать Филарета к суду восточных патриархов…

Филарета глубоко смущала и тревожила эта попытка для возвышения значения Предания набросить тень на само Писание, которое якобы «не излагает образца здравого учения» и содержит «не все догматы». Афанасий слишком изощрялся показать недостаточность текстов Писания, непонятность, противоречивость или двусмысленность, и даже намеренную их темноту. «Дух Святый изглаголал Священное Писание, чтобы просвещать, а не чтобы затмевать», возражает Филарет. Разногласия и разночтения Афанасий считал несогласимыми и безнадежными. Филарет отвечает. «Если бы принять суждение рассматриваемой герменевтики за справедливое, мы не знали бы достоверно ни в Ветхом, ни в Новом Завете, которое слово есть слово Божие и которое человеческое. Страшно и помыслить о сем. Слава Богу, что суждение рассматриваемой герменевтики несправедливо». Потрясение доверия к Писанию есть ли средство «довольно осторожное», и не ставится ли этим и достоверность Предания под удар…

«Долг верности перед Богом и святым Его словом и святою Его Церковию обязывает свидетельствовать здесь, что суждения о Священном Писании, основанные на усиленном внимании открывать в нем мнимые недостатки, без указания в то же время на истинные его совершенства, сколь не сообразны с достоинством богодуховного Писания, столько могут быть опасны для православия…»

Так резко и тревожно отзывался не один только Филарет. В 1845-м году прот. В. Б. Баженову, духовнику Государя, по званию члена академической конференции, пришлось читать экзаменские сочинения студентов. В одном из них он встретил нечто, над чем остановился с недоумением. Это было сочинение Тарасия Серединского (впоследствии известный посольский протоиерей в Берлине). Автор ставить Евангелие и отеческие творения под общее обозначение: Слово Божие. И различает только тем, что Евангелие названо Словом Божиим писанным, а сочинения помянутых церковных писателей Словом Божиим изустно преданным. Такая новизна совершенно противна учению православной Церкви и касается важного пункта его, и рецензент счел своей обязанностью обратить внимание конференции на то, откуда студент Серединский мог получить такое неправильное понятие о Слове Божием, — вина ли это его собственная или плод внушений сторонних…

Вслед затем Бажанов должен был выйти из членов конференции…

Сторонники «обратного хода» стремились сдвинуть Библию далее, чем на второй план. Настойчиво говорили о том, чтобы вовсе воспретить чтение Слова Божия мирянам, во избежание ложных толкований. «Одна мысль о запрещении чтения Священного Писания простым христианам приводит меня в страх», писал Григорий Постников, тогда архиепископ Тверской, Филарету Московскому. «Не могу постигнуть, откуда происходит такое мнение. Не есть ли оно изобретение скрытно действующих агентов латинства? Или это мнение есть порождение умножающегося в наше время вольнодумства, дабы потом, как оно прежде поступало с духовенством западной церкви, смеяться над нами?»..

Подымался вопрос и о том, чтобы провозгласить славянский текст Библии, на подобие Вульгаты, «исключительно самостоятельным», утвердить его в обязательном и исключительном употреблении, храмовом, школьном и домашнем…

Легко себе представить, какими несвоевременными и неуместными должны были казаться в такое время эти повторные и нескромные попытки Макария Глухарева привлечь сочувствие к новому русскому переводу Ветхого Завета, да еще и с еврейского…

Подозрительность и ожесточение от таких напоминаний только еще более возрастали. И еще большее возбуждение вызвано было распространением налитографированного студентами Петербургской академии библейского перевода прот. Г. П. Павского…

Дело о переводе Павского началось с анонимного письма, посланного из города Владимира к трем митрополитам. Как вскоре было обнаружено, составлено и разослано это письмо было иеромонахом Агафангелом Соловьевым, инспектором Московской академии (был впоследствии архиепископом Волынским и в 60-х годах откровенно выступал с обличениями обер-прокурорского засилия и произвола; † в 1876 г.) Агафангел совсем не был противником библейского перевода на русский, он и сам занимался переводами, и впоследствии издал книги Иова и Иисуса, сына Сирахова, по-русски, в своем переводе (1860 и 1861). Именно поэтому его и встревожило молчаливое распространение перевода, прикрытого авторитетом ученого имени, но слишком неточного с точки зрения доктринальной и богословской. «И когда авторитет его учености и слава многоведения грозит обширным распространением переводу, тогда ни молчание не уместно, ни терпение не спасительно…»

Автор письма приводит примеры ложного толкования пророчеств, отмечает неудачные грубоватости в переводе, вряд ли не намеренные. И в целом отзывается о переводе очень резко: «произведете сего нового Маркиона»; «не глаголы Бога живого и истинного, но злоречие древнего змия…»

Однако, вывод от этого автор делает к необходимости лучшего перевода. «Нет нужды отбирать экземпляры русского перевода: сею мерою можно только вооружить христиан против власти церковной.Распространению перевода способствует не желание читателей разделить мысли переводчика, но общее чувство нужды в переводе… Христианин не может удовлетворить себя славянским переводом, которого темнота и неверность по местам закрывают от него истину. У него нет другого перевода; он по необходимости обращается к мутным водам, чтобы чем-нибудь утолить свою жажду. Люди, получившие светское образование, давно уже не читают славянского перевода Ветхого Завета и прибегают к иностранным переводам…»

Письмо было разослано в конце 1841-го года. Автор наивно не рассчитал, что кто-то будет расследовать дело и обсуждать его донесение и советы. С наивной неосторожностью он довольно резко задевает и власть имущих сторонников «обратного хода». Он настаивает на издании русской Библии. «Справедливо, что при сем деле невозможно избежать роптания со стороны людей суеверных или упорствующих в темноте невежества. Но чем же виновны души, ищущие истины, чтобы, из опасения возмутить покой суеверия и грубости, отказывать им в пище…»

Автор, странным образом, точно забыл, что к числу этих «упорствующих в темноте невежества», прежде всего, принадлежали Петербургский митрополит, Обер-прокурор Святейшего Синода и многие другие на Синодских верхах…

Филарет Московский пробовал остановить движение поданного доноса. Но опоздал, и Филарет Киевский уже успел передать свой экземпляр безымянного письма в руки Пратасова, встревоженный превратным переводом. При предварительном рассмотрении дела в Синоде Филарет Московский выразил свое решительное пожелание, чтобы русский перевод Библии был открыто возобновлен и был издаваем от имени Святейшего Синода. Пратасов предложил ему сделать о том письменный доклад. И затем, не возобновляя о том суждения в Синоде, Пратасов приказал составить от имени престарелого митрополита Серафима резкое опровержение мнения Филарета (составлял его, вероятно, Афанасий), легко получил подпись полувменяемого от дряхлости старца, («писанное полумертвою рукою представлено, как написанное живою и сильною», отозвался об этом Филарет), внес оба мнения на Высочайшее благовоззрение, и снова без всякого труда получил Высочайшее согласие с нетерпимым и непреклонным суждением митр. Серафима, — Николай I болезненно не любил разногласий и расхождения мнений, в особенности по делам церковным, где все должно быть решаемо вполне единомысленно и единогласно, обосновано «не на умствованиях и толкованиях, а на точном смысле догматов…»