Во время следующего похода Московский князь взял город Устюг Великий и присоединил к новгородским землям верховья Северной Двины. Но подобные успехи могли только настораживать Узбека. Достаточно сыну убитого Михаила Ярославича Тверского Дмитрию Михайловичу обвинить перед Узбеком Московского князя в утаивании части дани, взятой с тверичан, как князь Юрий вызывается в Орду для объяснений.
Юрию Даниловичу понадобилось несколько лет, чтобы собрать средства на соответствующий подарок Узбеку. Но в ханской ставке 21 ноября 1325 года оба князя встретились лицом к лицу. В припадке ярости Дмитрий Михайлович убил Московского князя. Тело Юрия Даниловича было привезено в Москву и похоронено митрополитом Петром в одном из кремлевских храмов. На великокняжеский стол поднялся младший брат убитого – Иван Данилович, по прозвищу Калита.
Крестник будущего московского митрополита святителя Алексея, Иван Калита был фактическим правителем Москвы начиная с 1322 года, поскольку последние годы своей жизни Юрий Данилович находился в походах, в Новгороде, а затем в Орде. Его главным советником был митрополит Петр, по-настоящему поддержавший нового князя тем, что в 1327 году перенес митрополичью кафедру из Владимира в Москву. Он подсказывает Калите необходимость превращения Москвы в духовную столицу русских земель. В августе 1326 года в Кремле был заложен Успенский собор. На новый, 1329 год последовало освящение храма Иоанна Лествичника (основа нынешней колокольни Ивана Великого). Тогда же решено было строить придел Успенского собора – Поклонения веригам апостола Петра, что обращалось к имени митрополита и напоминало о константинопольском храме Святой Софии, где хранилась одна из вериг.
Калита решает построить по аналогии с придворными монастырями Андрея Боголюбского и Всеволода Большое Гнездо придворный мужской монастырь. Для этого к построенной на великокняжеском дворе церкви Преображения были переведены в 1330 году иноки Данилова монастыря. Одновременно закладывается белокаменный Архангельский собор, ставший усыпальницей московских князей. И снова прямой намек на Киев, покровителем которого считался архангел Михаил, изображенный и на гербе города.
Примечательное обстоятельство. В одну из своих поездок в Орду Калита получает в подарок от хана Узбека восточную шапку-тюбетейку, которая со временем отделывается мехом и драгоценными каменьями и получает название шапки Мономаха. Ею начинают венчаться на царство московские князья.
Наконец в ноябре 1339 года начинается строительство мощных кремлевских стен «в едином дубу», окончания которого Калите не довелось увидеть: он умер 31 марта 1340 года, приняв перед кончиной постриг под именем Анания. Согласно духовной великого князя его земли были разделены между тремя сыновьями: Семеном, Иваном и Андреем.
Обитель на берегу Москвы-реки была забыта, хотя около нее к тому времени уже выросло монастырское поселение Даниловское. Но внимания великих князей она к себе не привлекала вплоть до эпизода с великим князем Иваном III, описанного в «Степенной книге».
Во время поездки великого князя на охоту вблизи Данилова монастыря споткнулся конь под одним из бояр, и перед ним появился светозарный муж со словами: «Не бойся меня, я христианин и господин сего места. Имя мое Даниил, князь Московский. По воле Божьей и положен здесь. Скажи от меня великому князю: „Сам ты утешаешь себя, а меня забыл, но не забыл меня Бог“.
Переданные Ивану III слова видения возымели относительное действие. Великий князь распорядился петь отныне в старом храме соборные панихиды и раздавать милостыню в память о своем предке. Но свою бурную строительную деятельность – в это время шло в Кремле строительство дошедших до наших дней соборов – на древний монастырь не распространил. Решение о возрождении святыни принял его 17-летний внук, Иван Грозный. В 1547 году, одновременно с коронацией на царство.
В январе 1547 года Иван Васильевич объявил боярам и митрополиту Макарию о своем желании принять новый титул – царя. Собственно, и раньше отца и деда Грозного величали иногда царями, но в принципе этот титул применялся к татарскому хану Золотой Орды. Однако уже более полувека, как Орда распалась – в 1480 году. Московское княжество превратилось в единое и независимое государство. Титул царя должен был окончательно подтвердить произошедшие перемены. В свою очередь, закладываемый в Даниловской обители каменный храм в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов и образование там монастыря на началах общежития свидетельствовали о древности царского рода. Грозный установил: к месту погребения Даниила Александровича Московского ежегодно совершать крестный ход и служить панихиду.
Храм Святых Отцов Семи Вселенских Соборов.
Первый во Вселенской церкви храм с таким посвящением был освящен митрополитом Макарием в 1561 году. А спустя ровно тридцать лет Данилову монастырю пришлось участвовать в обороне Москвы от крымского хана Казы-Гирея.
Нападение это было актом открытого и никак не ожидаемого московским правительством предательства. Брат и с 1588 года преемник крымского хана Ислама, Казы-Гирей жил в полном мире с Москвой. Более того – обменивался дружескими письмами с царем Федором Иоанновичем, вернее, с правившим государством Борисом Годуновым, ограничиваясь набегами на Литву. И в 1591 году внезапно вторгся в пределы Московского государства, перешел Оку, разбил наголову воеводу Бахтеярова и подступил с войском в сто пятьдесят тысяч человек к Москве. И тем не менее здесь его ждал полный разгром, начало которому положило сражение у стен Данилова монастыря. Казы-Гирей вскоре обратился в бегство, оставив значительную часть обоза. Недалеко от Тулы русским удалось взять в плен около тысячи крымчаков.
Все это не помешало Казы-Гирею снова завести переписку с московским царем, просить Федора Иоанновича о возобновлении дружбы, ради которой крымский хан якобы готов был «отложиться» от Порты. Через три года крымчаку удалось добиться примирения с московским царем, получить от него десять тысяч рублей и множество ценных подарков. Денежные дары продолжали удерживать его дружбу вплоть до начала правления «боярского царя» Василия Шуйского.
Уже не против крымчаков, а против мятежных отрядов Ивана Болотникова собирает в 1606 году у стен Данилова монастыря свои дружины народный любимец полководец Михаил Скопин-Шуйский.
Очередные бои развертываются у Данилова монастыря в сентябре 1610 года, когда монастырские стены были сильно повреждены отрядами «Тушинского вора» – Лжедмитрия II. И каждый раз победу одерживают правительственные войска – «под благословенной сенью обители первого нашего князя», как напишут историки ХIX столетия.
При первом царе из рода Романовых монастырь полностью восстанавливается и отстраивается. Алексей Михайлович и патриарх Никон приказывают перенести останки князя Даниила Александровича в храм Святых Отцов Семи Вселенских Соборов и положить в серебряную раку. Одновременно князь Даниил был причислен к лику святых Русской православной церкви.
Особенно большие потери несет монастырь во время наполеоновского нашествия. Обитель была полностью разорена и заново восстановлена после победы над Наполеоном. С начала ХХ века здесь существовала богадельня для служителей церкви и вдов из духовного звания, отличавшаяся, по замечанию современников, особо трогательной заботой о своих подопечных.
Все это время не прекращалась и застройка монастыря. В конце XVII века обитель была обнесена кирпичной стеной с семью башнями и надвратной церковью над северными воротами. В XVIII веке приобретает свой окончательный вид собор Семи Вселенских Соборов с церковью Даниила Столпника. В 1838 году заканчивается строительство церкви Троицы по проекту известного московского архитектора Е. Д. Тюрина. От XVII столетия остался Братский корпус.
Особое значение для Москвы приобретает монастырское кладбище. Не отличавшееся богатством, оно было знаменито именами. Здесь покоились поэты А. С. Хомяков и М. И. Языков, основатель Московской консерватории Н.Г. Рубинштейн, художник В. Г. Перов. Здесь был похоронен Н. В. Гоголь и положено начало бесконечным и одинаково далеким от истины легендам о смерти великого писателя.