По возвращении из Палестины Филипп посватался к дочери датского короля Ингеборге, очень красивой и скромной девушке. Впрочем, руководствовался король не её внешностью, а исключительно денежными расчетами, так как брат Ингеборги, Кнут VI, был очень богат и давал за ней хорошее приданное. Бракосочетание состоялось в августе 1193 г. На следующий день, когда новая королева должна была короноваться, Филипп неожиданно отверг её под предлогом непреодолимого отвращения, удержав, однако, все её деньги. Собрав епископов королевства, он приказал им узаконить развод, и, как ни ничтожен был предлог, как ни умоляла бедная Ингеборга епископов защитить против Филиппа святость только что совершенного таинства, пастыри церкви слишком боялись короля, чтобы противиться его требованиям. Даже когда папа Целестин III, у которого Кнут просил защиты, отдал дело на пересмотр собору французского духовенства, епископы вели себя, по выражению одного современного писателя, как немые собаки, не смевшие лаять в страхе за свою шкуру. Ингеборга не согласилась вернуться в Данию, и тогда король заточил её в монастырь, где с ней обходились чрезвычайно дурно. В июне 1196 г. Филипп женился на Агнесе, дочери герцога Меранского, хотя папа объявил развод с Ингебергой недействительным. Новый папа Иннокентий III также требовал, чтобы Филипп отослал Агнесу из Франции и возвратил Ингеборге права королевы. Филипп не повиновался. Папа долго медлил, прежде чем приступить к решительным мерам. Побуждаемый со всех сторон, он наложил в 1199 г. на Францию интердикт. Однако Филипп не покорился и после этого. Он отрешил от мест всех духовных, намеревавшихся выполнить папский эдикт, и конфисковал их имения; сверх того, раздор с церковью послужил ему благовидным предлогом к поборам со своих подданных Он лишил баронов, оказавших непослушание, части их имений и обложил города огромными налогами. Но изгнание священников, соблюдавших интердикт, не восстановило совершение богослужебных обрядов, так как некому было исполнять их. Народ печалился, началось глухое волнение. Папа грозил королю совершенным отлучением от церкви. В 1201 г. Филипп созвал большой собор духовных и светских вельмож для решения спора с папой. Обе жены короля находились тут же. Большинство вельмож жалело об Агнесе, но все-таки говорило, что должно быть исполнено требование папы. Посреди собрания король внезапно вышел из зала, выведя с собою Ингеборгу, посадил её к себе на коня и ускакал с ней в Париж. С этого времени он позволил ей жить в столице, но обращался с ней не лучше прежнего. Не разошелся он и с Агнесой и, таким образом, жил с двумя женами. Вскоре Агнеса умерла, и хотя папа не признал её женой короля, дети её были объявлены законными. Что касается Ингеборги, то король только в 1213 г. освободил её из заключения в Этанском замке и стал обращаться с ней как с королевой и своей женой. Папа Иннокентий должен был удовлетвориться этим и снял свой интердикт с Франции.

Погруженный в свои семейные проблемы, Филипп не переставал заботиться о главном деле своей жизни – собирании французских земель. В 1194 г. возобновилась война с Англией, продолжавшаяся шесть лет, но не принесшая ничего, кроме опустошения французских владений. Чтобы изыскать необходимые средства Филипп притеснял подданных всевозможными налогами и повинностями, изгонял евреев и вновь за огромные деньги позволял им вернуться. Наконец, при посредничестве папы Целестина, хлопотавшем о новом крестовом походе, короли съехались в 1199 г. на свидание и заключили мир. По его условиям Ричард сохранил все свои владения на континенте. Пока этот храбрый государь оставался жив, Филипп остерегался начинать новую войну. После смерти Ричарда на английский престол взошел его брат Иоанн. Годы его правления были временем постоянных смут и мятежей. Занятый ссорами со своими баронами Иоанн оставил французские владения без всякой поддержки, и Филипп не замедлил воспользоваться этим. Первая война между ними началась уже в 1159 г. Поводом к ней послужило то, что Иоанн принял на себя управление Нормандией, не спросив согласия французского короля и не дав ему присяги на верность. В тоже время вместе с французскими вассалами против Иоанна восстал его племянник Артур, граф Бретанский. Филипп пригласил Артура в Париж, возвел юношу в рыцари и принял от него ленную присягу как от государя Анжу, Бретани, Мэна, Турени и Пуату. Но оба короля были вскоре отвлечены внутренними делами. В мае 1200 г. они встретились и договорились о заключении мира. Иоанн должен был уплатить Филиппу довольно большую сумму, а король Французский заставил Артура принести вассальную присягу своему дяде. Из всех владений у Артура осталась только Бретань. Этот мир, однако, не мог быть прочным, и уже в 1202 г. Филипп разорвал его. Незадолго до этого французские подданные вновь восстали против Иоанна. Артур поддержал инсургенгов. В августе 1202 г. он вместе с другими знатными вельможами был взят в плен у замка Мирбо и затем злодейски умерщвлен по прямому приказу Иоанна (а по некоторым сведеньям, даже его собственной рукой). Убийство Артура произвело сильное впечатление в Бретани. Филипп, как верховный сюзерен Артура и Иоанна, потребовал, чтобы английский король явился в Париж и предстал перед судом пэров французского королевства. Иоанн отвечал, что, имея королевский сан, он не может признать над собой суда пэров. Тем не менее заочный суд над ним состоялся. Пэры объявили, что Иоанн виновен в нарушении обязанностей вассала и потому лишается всех своих владений во Франции и ленов короля Французского, который имеет право отнять их у непокорного вассала. Филипп поклялся всеми святыми исполнить приговор суда и двинул свои войска в Нормандию. В 1203-1204 гг. вся эта обширная провинция была завоевана французами. Почти без сопротивления Филипп овладел Га-льяром, Каном, Кутансом, Байе и другими городами. Руан, всегда сохранявший неизменную преданность нормандским герцогам, пытался сопротивляться, но, не получая никакой поддержки из Англии, тоже должен был покориться. Из Нормандии французские войска двинулись в другие владения Плантагенетов на континенте. В 1203-1206 гг. Филипп овладел Анжу, Мэном, Туреныо и всеми землями между Луарой и Гаронной. Бретань признала его своим сеньором. Другие захваченные владения были присоединены непосредственно к королевскому домену. В результате Филипп приобрел такое могущество, что не только по имени, но и на самом деле сделался владыкой своих вассалов.