В апреле 1626 г. Валленштейн нанес решительное поражение протестантам у Дессауского моста на Эльбе. Затем он двинулся в Венгрию и принудил тамошних мятежников к покорности. Тем временем Тилли подле Люттера обратил в бегство Кристиана. Вся северная Германия поспешила изъявить покорность императору Валленштейн и Тилли, преследуя датчан, завладели всей Голштинией, Шлезвигом и Ютландией В 1629 г. Фердинанд заключил с Кристианом мир. Датский король получил обратно все свои владения, но должен был отказаться от вмешательства в германские дела В марте того же года император обнародовал эдикт реституции (восстановления), по которому протестанты должны были вернуть католикам все земли, захваченные ими после Аугсбургского мира. Этог закон отнимал у протестантов два архиепископства, двенадцать епископств, множество монастырей, приорств и других владений. Приведением его в исполнения протестантская партия была бы окончательно сломлена. Однако на пути честолюбивых замыслов Фердинанда встал шведский король Густав Адольф. Летом 1630 г. он объявил войну императору и быстро овладел Померанией с Мекленбургом.

Война возобновилось с прежним ожесточением. В том же году Тилли взял Магденбург и предал его страшному разорению. Город сгорел дотла, около 20 тысяч человек погибло от меча, огня и ужаса. Затем Тилли вторгся в Саксонию и занял Лейпциг Возмущенные саксонцы, до этого соблюдавшие нейтралитет, перешли на сторону Густава Адольфа. 17 сентября 1631 г. у деревни Брейтенфельд произошло большое сражение, и Тилли потерпел в нём поражение. После этой важной победы Густав Адольф завладел Вюр-цбургом и вторгся в Рейнский Пфальц. В 1632 г. он двинулся против Баварии. В апреле в сражении на Лехе Тилли был разбит во второй раз и получил смертельную рану. Но когда вслед за этим шведский король напал на лагерь Валлен-штейна близ Нюрнберга, он встретил сильный отпор и отступил с большими потерями. Валленштейн вступил за ним в Саксонию. 16 ноября при Люценне произошла решительная битва. Под напором шведов полки Валленштейна были рассеяны и отброшены. Но победитель Густав Адольф пал в этом бою, и это свело на нет весь успех его армии. Протестантская коалиция распалась. Шведы избегали решительных действий и уже не казались такими опасными. Но явилась другая угроза. К началу 30-х годов власть Валленштейна сделалась так велика, что стала внушать опасения самому императору. В 1634 г. высшие офицеры армии составили заговор в пользу своего командующего. Узнав об этом, Фердинанд приказал верным войскам подавить мятеж со всей возможной твердостью, вместе с тем он отдал тайный приказ эгерскому губернатору Гордону расправиться с Валленштейном. 25 февраля знаменитый полководец был внезапно застигнут убийцами в своём замке и умерщвлен в ту минуту, когда выходил из ванной.

Новый начальник императорской армии Галлас взял Регенсбург, а в сентябре разбил шведов при Нордлингене Саксонский курфюрст должен был отступиться от своих союзников и весной 1635 г. заключил с императором мир в Праге. Этот договор оставил за протестантами те земли, которыми они владели в 1552 г. и право в продолжение 40 лет пользоваться владениями, присвоенными между 1552 и 1555 гг. Другие протестантские князья негодовали на измену саксонцев, но вынуждены были один за другим присоединяться к заключённому миру. На этом война могла бы кончиться, если бы не вмешательство Франции. В октябре 1635 г. кардинал Ришелье привлек на свою сторону герцога Бернарда Веймарского На французское золото тот набрал большую армию и повел успешные действия против имперских полководцев. Война стала разгораться с новой силой. Фердинанд так и не дожил до её конца – он умер через два года после Пражского мира.