В 1378 г., после смерти папы Григория XI, в западной церкви возник раскол, имевший самые пагубные последствия для Жанны. Кардиналы избрали папой Урбана VI; но, едва вступив на престол, этот папа своими насильственными поступками оскорбил большинство кардиналов, неаполитанскую королеву и римский народ. Двенадцать кардиналов вступили тогда в заговор с Жанной и избрали нового папу, Климента VII, который поселился в Авиньоне. Оба папы немедленно предали друг друга проклятию и отлучению. Урбан направил свою месть также на неаполитанскую королеву. Он отлучил её от церкви, объявил против неё крестовый поход и уговорил венгерского короля послать в Неаполь войско во главе с Карлом Дураццо. Жанна хотела получить помощь от Франции. Вскоре она усыновила и назначила своим наследником брата французского короля анжуйского герцога Людовика.

Два соперника на неаполитанское наследство готовились вступить между собой в войну. Но Людовик был задержан домашними делами, в то время как Карл уже был в Италии. С большой армией, набранной на папские деньги, он двинулся на юг полуострова. Оттон Брауншвейгский отважно защищался, но при всем своём искусстве не мог остановить продвижение Карла. Неаполитанские вельможи были более расположены к венгерскому принцу, родившемуся в их стране, чем к немцу, мужу своей королевы. Они изменили Оттону; в сражении при Сан-Джермано, в июне 1381 г., Оттон был разбит. Карл вступил в Неаполь. Жанна бежала в замок Кастельнуово; враги осадили её и там. Оттон пытался освободить жену, однако в августе потерпел новое поражение и попал в плен. Окруженная со всех сторон в Кастельнуово, Жанна на другой день сдалась. Карл держал её под стражей, но поступал с ней почтительно. Он надеялся, что королева отменит своё усыновление Людовика Анжуйского. Но Жанна оставалась непреклонна. Карла озлобило её сопротивление, и, во избежание лишних осложнений, он предпочел разделаться с ней. 22 мая 1382 г. несколько венгерских наёмников удавили Жанну шелковым шнурком в замке Муро. Чтобы оправдать свою жестокость, Карл объявил, что это месть за убийство несчастного Андрея.